Există câteva diferențe între un microscop compus și un microscop de disecție. Deși fiecare dintre aceste instrumente este folosită pentru a mări un subiect care este plasat pe scena microscopului, cantitatea de mărire care poate fi atinsă variază considerabil între aceste două dispozitive. Ele sunt, de asemenea, construite în moduri diferite, în principal în ceea ce privește lentilele obiectivului și ocularele.
Una dintre principalele diferențe dintre un microscop compus și un microscop de disecție este mărirea care poate fi obținută prin fiecare dintre aceste instrumente. Microscoapele compuse sunt de obicei capabile să mărească un obiect de 400 de ori, deși nu este neobișnuit să găsești un microscop compus care poate mări un obiect de 1,000 de ori. Microscoapele de disecție, pe de altă parte, măresc de obicei doar un obiect de 40 de ori sau mai puțin.
Motivele acestor diferențe în puterea de mărire deosebesc, de asemenea, un microscop compus și de disecție unul de celălalt. Microscoapele compuse sunt utilizate în general pentru a vizualiza lucruri foarte mici, relativ subțiri, cum ar fi celulele. Microscoapele cu disecție sunt folosite pentru a privi obiecte mai mari care au un grad mai mare de adâncime, cum ar fi boabele de polen. După cum sugerează și numele lor, microscoapele de disecție sunt, de asemenea, utilizate în mod obișnuit pentru a diseca forme de viață mici, cum ar fi insectele.
Microscoapele compuse și de disecție folosesc, de asemenea, lentile diferite. Microscoapele de disecție au adesea o singură lentilă obiectiv care poate permite unui obiect să fie mărit într-un interval stabilit de măriri, cum ar fi de 10 până la 30 sau de 20 până la 40 de ori. Există trei lentile obiective pe un microscop compus: una care permite obiectului să fie văzut la aproximativ aceeași mărire ca cea a microscopului de disecție, una care mărește la putere maximă, adesea de 400 de ori, și una intermediară. Obiectivele unui microscop compus sunt, de asemenea, mult mai aproape de scenă decât sunt pe un microscop de disecție. Spațiul suplimentar dintre scenă și obiectiv pe un microscoape de disecție oferă spectatorului spațiu pentru a manipula subiectul în timp ce îl examinează.
O altă diferență între un microscop compus și un microscop de disecție este că un microscop de disecție este întotdeauna realizat cu două piese oculare, astfel încât privitorul să poată privi subiectul cu ambii ochi. Acest lucru permite subiectului să fie vizualizat în trei dimensiuni. Microscoapele compuse, pe de altă parte, sunt adesea realizate cu un singur ocular. Deși există microscoape compuse cu două piese oculare, acestea permit privitorului să vadă doar o bucată subțire a subiectului, chiar dacă este tridimensional, așa că un singur ocular este de obicei suficient.