Există mai multe tipuri de enzime ale sistemului digestiv, fiecare concepută pentru a descompune diferite părți ale alimentelor, care pot fi găsite în diferite puncte ale sistemului digestiv. Principalele categorii de enzime sunt amilaza, lipaza, proteaza și nucleaza. Glandele din gură, stomac, intestinul subțire și pancreas secretă unele sau toate acestea pe măsură ce alimentele trec de-a lungul tractului digestiv, astfel încât să poată fi descompuse și utilizate de organism. Majoritatea enzimelor digestive se găsesc în sucul pancreatic, deși sunt prezente și în saliva și sucurile digestive gastrice.
Una dintre primele enzime care începe procesul de digestie este amilaza. Acest tip de enzimă este conceput pentru a descompune carbohidrații în zaharuri simple pe care organismul le poate procesa. Mai întâi este secretat în gură de glandele salivare, unde începe să digere alimente precum fructele, legumele și fasolea. Mai multă amilază este apoi produsă de pancreas și trimisă în intestinul subțire, unde continuă să ajute la descompunerea carbohidraților. Există mai multe subcategorii de amilază, fiecare concepută pentru a procesa anumite tipuri de carbohidrați; de exemplu, lactaza descompune zaharurile din lapte, iar zaharaza descompune amidonul și zaharurile complexe.
Proteaza este grupul de enzime ale sistemului digestiv care descompune proteinele conținute în carne, nuci și brânzeturi. Stomacul și pancreasul creează protează, astfel încât procesarea proteinelor începe mai departe în sistemul digestiv decât carbohidrații. Proteinele trebuie descompuse în aminoacizi, care sunt esențiali pentru funcționarea tuturor celulelor. Principalele tipuri de protează găsite în corpul uman sunt pepsina și peptidaza.
O altă enzimă a sistemului digestiv este lipaza. Funcția lipazei este de a descompune grăsimile, cum ar fi cele găsite în uleiuri, carne și lactate. O parte din lipază este generată în gură și stomac, dar cea mai mare parte provine din pancreas și își face activitatea în intestinul subțire. Aici funcționează cu bila, generată de ficat, care emulsionează moleculele mari de grăsime, făcându-le mai mici, astfel încât lipaza o poate descompune apoi în glicerol și acizi grași.
Pancreasul generează, de asemenea, enzimele finale ale sistemului digestiv, nucleaza. Această enzimă este făcută pentru a descompune acizii nucleici precum ADN-ul și ARN-ul. Acționează pentru a separa legăturile dintre nucleotide, care apoi eliberează azot și zaharuri simple.