Există aproximativ 75,000 de specii de ciuperci identificate științific, oamenii de știință cred că ar putea exista până la un milion de specii de ciuperci încă neidentificate. Întrucât speciile diferite pot arăta la fel superficial, clasificarea lor precisă este dificilă și, de obicei, necesită aplicarea unor instrumente moleculare, cum ar fi secvențierea ADN-ului. Deoarece secvențierea ADN-ului este încă relativ costisitoare, chiar și pentru ciupercile cu genomul mult mai scurt decât mamiferele, probabil că vor trece multe decenii până când majoritatea vor fi clasificate cu certitudine.
Tipurile comune includ mucegaiuri – care cresc în fire numite hife, ciuperci – corpuri fructifere ale coloniilor de ciuperci și drojdii – numele oricăror ciuperci unicelulare. Cu toate acestea, aceștia sunt termeni largi, iar mucegaiurile, drojdiile și ciupercile pot fi găsite în mai multe categorii taxonomice. Clasificarea ciupercilor la nivel de phyla este complicată și este în mod constant remaniată. Ciupercile au fost clasificate greșit ca plante, dar investigațiile ulterioare au descoperit că de fapt au mai multe în comun cu animalele. Ca și plantele și animalele, sunt eucariote.
Filogenetic, există șapte fili de ciuperci. Prima este Chytridiomycota, sau chytrids, cea mai primitivă formă, cu aproximativ 1,000 de specii identificate. Acestea produc spori cu flageli (zoospori) și merg după amfibieni, porumb, lucernă, cartofi și alte organisme vulnerabile. Acestea sunt cele mai reprezentative pentru tipurile care au trăit de-a lungul erei paleozoice, fiind în primul rând acvatice.
Blastocladiomycota este a doua phlya, creată abia în 2007 ca categorie distinctă. La fel ca și chitridele, ele folosesc zoospori pentru a se reproduce și sunt parazite ale tuturor grupurilor eucariote majore. Al treilea phyla, Neocallimastigomycota, sunt ciuperci anaerobe care ocupă în principal stomacul rumegătoarelor. Numele lor conține sufixul grecesc referitor la bici, -mastix, pentru numeroșii lor flageli. Al doilea și al treilea phyla au fost inițial clasificate greșit ca chitride.
Al patrulea phyla sunt cei mai familiari Zygomycota, numiti pentru sporii sferici rezistenti pe care ii produc. Dacă vedeți o ciupercă cu puncte mici la vârfurile hifelor (filamente), aceasta este Zygomycota. Există peste 600 de specii ale acestui gen și include mucegaiul de pâine neagră, una dintre cele mai frecvent observate de oameni. Un altul este Pilobolus, care este capabil să ejecteze spori la câțiva metri prin aer.
Cel de-al cincilea phyla sunt Glomeromycota, cunoscute sub numele de ciuperci Arbuscular mycorrhizae (AM). Practic, acest termen înseamnă „ciuperci de copac”. Ele pot fi găsite în număr mare în rădăcinile a peste 80% din familiile de plante vasculare. Această relație este simbiotică și străveche, extinzându-se înapoi cu cel puțin 460 de milioane de ani, până la începutul vieții vegetale pe uscat.
Al șaselea phyla sunt Ascomycota, cunoscute sub numele de ciuperci de sac. Acestea formează saci sferici distincti pentru a-și păstra sporii și conțin cele mai multe specii dintre toate filele. Exemplele includ Penicillium, morels, trufe, drojdia de panificație, licheni, mucegaiuri și multe altele. Multe dintre aceste specii sunt plante patogene.
Al șaptelea phyla sunt Basidiomycota, sau ciupercile club. Acest grup conține cele mai comune ciuperci. Se distinge prin prezența unei structuri producătoare de spori numită basidium, cunoscută mai frecvent ca capac. Alături de Ascomycota, sunt cunoscuți ca ciuperci superioare.