În teoria gramaticii transformaționale, propozițiile au două moduri în care pot fi reprezentate: structura profundă și cea de suprafață. Structura profundă se referă la sensul de bază al unei propoziții, așa cum este reprezentată și înțeleasă în creier. Acesta servește ca un contrapunct pentru structura de suprafață, care este forma reală scrisă sau vorbită a propoziției. Acest concept a fost creat de Noam Chomsky în cartea sa din 1957, Syntactic Structures, care a formulat teoria gramaticii transformaționale. Conform acestei teorii, oamenii folosesc transformările, un tip de proces cognitiv, pentru a mapa relațiile structurale dintre referenții de propoziție înțeleși în regiunile lingvistice ale creierului și conținutul real al unei propoziții care este văzută sau auzită.
Conceptul de structură profundă susține că informațiile legate de fiecare componentă a unei propoziții, cum ar fi subiectele și predicatele acesteia, sunt codificate în bucăți abstracte în interiorul creierului. Propozițiile care sunt diferite în ceea ce privește structura lor de suprafață, cum ar fi „Băiatul a lovit mingea” și „Mingea a fost lovită de către băiat”, pot avea aceeași structură profundă. Motivul pentru aceasta este că piesele componente pentru fiecare propoziție sunt legate în același mod în creier, astfel încât oamenii să poată înțelege propozițiile ca echivalente semantic, chiar dacă sunt diferite din punct de vedere sintactic. Cu propoziții ambigue, cum ar fi „Am văzut un om conducând”, cu o singură structură de suprafață, pot fi create mai multe interpretări structurale prin rearanjarea pieselor componente, cum ar fi „Am văzut un om conducând” sau „Am văzut un bărbat”. care conduce în mod normal.”
Structura profundă, așa cum este descrisă de Chomsky, a fost supusă anumitor reguli care sunt înnăscute în creierul uman. Acestea includ reguli de transformare pentru a deriva semnificația structurii de suprafață a unei propoziții, cum ar fi adăugarea unui obiect implicit la o propoziție: comanda „Doar conduceți!” devine o instrucțiune pentru „Conduceți mașina”, prin regula adunării, de exemplu. Prin alte transformări, structura profundă a unui gând este convertită în propoziții corecte din punct de vedere gramatical, care pot fi înțelese de ascultător sau cititor. Aceste reguli, precum și capacitatea de a menține idei abstracte în creier, sunt înnăscute, conform teoriei, astfel încât oamenii nu trebuie să fie învățați să codifice limbajul în termeni de structură profundă; este un proces care are loc automat. Deși conceptul de structuri rămâne important în lingvistică, majoritatea lingviștilor nu mai cred că structura profundă este singura modalitate prin care oamenii obțin sens din limbaj.