Nivelurile de homocisteină din organism pot fi afectate de mulți factori diferiți, care pot fi foarte importanți, deoarece nivelurile crescute sunt cunoscute a fi asociate cu un risc crescut de cheaguri de sânge, atacuri de cord și accident vascular cerebral. Anumite tulburări genetice pot cauza probleme cu descompunerea homocisteinei, determinând creșterea nivelurilor. Persoanele care nu primesc suficiente vitamine B pot avea, de asemenea, niveluri ridicate. Mai multe afecțiuni medicale, inclusiv boli ale tiroidei și ale rinichilor, pot afecta cantitatea de aminoacizi pe care o are, la fel ca unele tipuri de medicamente. La femei, vârsta este adesea un factor, în primul rând pentru că modificarea nivelului de hormoni poate determina modificări ale nivelului de homocisteină.
Persoanele cu tulburări genetice care determină ca moleculele mediatoare, care ajută la descompunerea homocisteinei, să funcționeze defectuos sau să lipsească, au în general niveluri ridicate. Homocistinuria, o afecțiune gravă diagnosticată de obicei în copilărie, în care moleculele mediatoare nu sunt prezente, provoacă nenumărate probleme legate de nivelurile extrem de ridicate de homocisteină din sânge. O afecțiune mai ușoară este hiperhomocisteinemia, în care moleculele mediatoare sunt acolo, dar nu funcționează la niveluri optime.
Vitaminele B joacă, de asemenea, un rol major în nivelul de homocisteină al unei persoane. Acidul folic, vitamina B6 și vitamina B12 sunt toate esențiale pentru descompunerea homocisteinei, iar lipsa acestora determină creșterea nivelului. Cei care nu primesc suficiente din aceste vitamine în dieta lor ar putea avea nevoie să ia un supliment sau să mănânce mai multe alimente care le conțin pentru a reveni la normal la nivelurile de homocisteină.
Unele probleme medicale pot duce la creșterea nivelului de homocisteină. Scăderea producției de hormoni tiroidieni poate cauza problema, la fel ca și bolile de rinichi. De vină poate fi și psoriazisul tulburării pielii.
Medicamentele pot provoca, de asemenea, fluctuații ale nivelurilor de homocisteină din corpul unei persoane. Luarea de pilule contraceptive poate ajuta la scaderea nivelului, deoarece acestea cresc nivelul de estrogen, care pare sa influenteze homocisteina. Pacienții care iau medicamente pentru epilepsie pot avea cantități mai mari de homocisteină. Un alt medicament care poate determina creșterea nivelului este metotrexatul.
Femeile pot experimenta o schimbare a nivelurilor de homocisteină de-a lungul vieții din cauza modificărilor nivelului de estrogen. Femeile însărcinate constată adesea că nivelul lor scade, deoarece au mai mult estrogen decât de obicei. Femeile în vârstă care au trecut prin menopauză, când nivelurile de estrogen scad în mod natural, de obicei își văd homocisteina crește. Luarea suplimentelor de estrogen poate ajuta la reducerea acestora.