Perioada barocului s-a desfășurat în Europa între 1600 și 1750, formând o punte între perioada Renașterii și perioada clasică. Instrumentele baroc au fost, în general, aceleași folosite în timpul Renașterii, deși mulți au experimentat îmbunătățiri prin inovații tehnologice și mecanice. Perioada barocă a cunoscut dezvoltarea familiei de viori, care a înlocuit familia de viole a instrumentelor cu coarde, care era proeminentă în timpul Renașterii. Instrumentele cu claviatura, cum ar fi organele și clavecinul, au jucat un rol principal. Instrumentele de suflat au fost, de asemenea, populare.
Viorile erau instrumentele baroc cele mai des folosite. Instrumentele cu coarde cântate cu arcuri în această perioadă diferă de cele moderne deoarece nu aveau nicio fretă. În perioada barocului familia viorilor a atins apogeul. Stradivarius și-a creat viorile în această perioadă, care sunt considerate a fi capodopere pe care niciun meșter nu a reușit să le depășească. Alte instrumente cu coarde folosite cu arcuri în această perioadă au fost violoncelul, viola și contrabasul.
Chitara este un alt instrument cu coarde folosit în muzica baroc. Avea trase din intestin care erau legate în jurul gâtului chitarei. Aceste instrumente baroc erau mai mici decât chitarele folosite astăzi și aveau nouă sau zece coarde.
În perioada barocului au apărut pentru prima dată orchestrele. Trâmbița și cornul francez erau principalele instrumente baroc din familia alamelor care erau folosite în orchestre. Spre deosebire de trompetele moderne și cornurile franceze, aceste instrumente baroc nu aveau supape, o invenție care nu a apărut până în secolul al XIX-lea. Lipsa supapelor a limitat utilizarea aramei la o înflorire ocazională pentru a adăuga un pic de culoare compozițiilor orchestrale. Trombonele erau de asemenea folosite ocazional, dar aceste instrumente baroc erau mai mici decât trombonele folosite astăzi.
Clavecinul, care a fost inventat în secolul al XIV-lea, și-a atins cea mai mare importanță în perioada barocului în compozițiile lui Johann Sebastian Bach. Majoritatea clavecinilor aveau o formă mai îngustă și mai lungă decât pianul, care nu a fost dezvoltată până în secolul al XIX-lea. Corzile clavecinului au fost ciupite atunci când tastele erau apăsate. Unele clavecinuri aveau două coarde conectate la fiecare cheie, iar unele aveau câte o coardă pe tastă. Bach a scris și multe compoziții pentru orgă.
Oboi, flaut și fagot au fost cele mai obișnuite instrumente de suflat din lemn baroc, iar flotul, un vestigiu din perioada Renașterii, era încă în uz. Multe flaute din perioada barocului au fost construite astfel încât muzicianul a suflat într-un muștiuc la un capăt, în loc să sufle printr-o gaură, în felul în care se cântă un flaut modern. Instrumentele de suflat din lemn în această epocă erau făcute din lemn.