Cât timp trăiesc balenele în apă dulce a devenit o problemă de dezbatere cu mai multe vizite ale balenelor în medii cu apă dulce. Interesul pentru această chestiune a atins apogeul pentru prima dată când Humphrey, balena cu cocoașă, a făcut o ocolire în râul Sacramento în 1985, în timpul sezonului anual de migrație a balenelor. Humphrey a reușit câteva săptămâni în apa salmatră (apa dulce) a râului Sacramento înainte de a se întoarce în cele din urmă în Golful San Francisco și apoi în Oceanul Pacific. Chestiunea a fost revizuită în mai 2007, când o mamă cocoșată și puiul ei au intrat în râul Sacramento.
În general, unii experți spun că este neobișnuit să vezi balene în apă dulce mai mult de câteva săptămâni. Există câteva specii de delfini care sunt în mod special mamifere de apă dulce, dar majoritatea balenelor sunt construite pentru medii cu apă sărată. Oamenii de știință nu sunt exact siguri cât timp pot trăi balenele în apă dulce, deoarece sunt mamifere de apă sărată. O problemă este că, în apă dulce, ei nu au acces la sursele lor obișnuite de hrană.
O preocupare suplimentară pentru balene în apă dulce este că apa sărată îndeplinește unele funcții naturale pentru balenă. Tăieturile sau zgârieturile mici, de exemplu, se vindecă ușor în apă sărată. Mediile cu apă dulce nu oferă acces la aspectele benefice de vindecare ale sării. Sa observat în incidentul din Sacramento din mai 2007 că ambele balene păreau să fie rănite de elicea unei bărci. Din fericire, cele două balene în acest caz au fost transportate înapoi în Oceanul Pacific la aproximativ două săptămâni după ce și-au făcut apariția în Delta Sacramento.
De asemenea, mediile cu apă dulce nu sunt naturale pentru activitățile de înot și scufundări ale unei balene. Majoritatea balenelor înoată în apă care are cel puțin 20 de picioare (6.1 m) adâncime, dacă nu considerabil mai adâncă. Râurile de apă dulce pot fi cu doar câțiva metri mai adânc decât circumferința corpului unei balene. Acest lucru îi face mai probabil să fie plajați.
Balena cu cocoașă și multe alte specii de balene sunt animale migratoare prin obicei. Abaterile de la tiparele tipice de migrație pot crea probleme balenelor. Deoarece nu sunt obișnuite cu traseul pe care îl parcurg, balenele se pot încurca cu ușurință. Instinctul de a migra este înnăscut, așa că, oricât de interesant ar fi să vezi balene în apă dulce, este o chestiune de îngrijorare pentru iubitorii de balene.
Atunci când este posibil, guvernele și grupurile de mediu își folosesc resursele pentru a ajuta balenele să se întoarcă în mediul lor natural cât mai repede posibil. Biologii marini sunt siguri că biologia balenei nu poate supraviețui la infinit în apă sălmată și că cel mult, puține balene în apă dulce vor supraviețui mai mult de o lună.