Ένα υβρίδιο εσπεριδοειδών είναι το αποτέλεσμα της διασταύρωσης οποιωνδήποτε δύο ειδών φυτών εσπεριδοειδών. Τα είδη του γένους των εσπεριδοειδών μπορούν να υβριδοποιηθούν εύκολα και πολλά κοινά εσπεριδοειδή είναι στην πραγματικότητα υβρίδια εσπεριδοειδών. Πιστεύεται μάλιστα ότι ορισμένα είδη εσπεριδοειδών που πολλαπλασιάζονται φυσικά στη φύση θα μπορούσαν στην πραγματικότητα να είναι υβρίδια. Αυτή η ευκολία υβριδισμού καθιστά ασαφές πόσα ακριβώς φυσικά είδη υπήρχαν αρχικά, και νέα υβρίδια εξακολουθούν να δημιουργούνται σήμερα. Ποικιλίες όπως πορτοκάλια, τάγγελοι και λάιμ χρονολογούνται στην αρχαιότητα, ενώ τα γκρέιπφρουτ και τα πορτοκάλια είναι πιο πρόσφατα παραδείγματα υβριδίων εσπεριδοειδών.
Μπορεί να υπήρχαν μόλις τέσσερα αρχικά είδη εσπεριδοειδών, με τα υπόλοιπα να είναι φυσικά ή τεχνητά υβρίδια. Τα πορτοκάλια είναι το αποτέλεσμα ενός αρχαίου υβριδισμού, πιθανώς μείγματος πόμελο και μανταρινιού, ενώ το λεμόνι έχει συνδεθεί γενετικά με το ξινό πορτοκάλι και το κίτρο. Το γκρέιπφρουτ είναι ένα πιο πρόσφατο υβρίδιο pomelo και γλυκό πορτοκάλι που χρονολογείται από τον 19ο αιώνα. Οι πιο κοινές ποικιλίες tangelo προέκυψαν από τη διασταύρωση μανταρινιού και γκρέιπφρουτ και χρονολογούνται στις αρχές του 20ου αιώνα. Το orangelo μπορεί να υβριδοποιήθηκε φυσικά, με το είδος να αναγνωρίστηκε για πρώτη φορά τη δεκαετία του 1950.
Αρκετά φρούτα της Αυστραλίας και της Νέας Ζηλανδίας, όπως το κουμ κουάτ, πιστεύεται τώρα ότι ανήκουν στο γένος των εσπεριδοειδών. Η θέση αυτών των φρούτων στο γένος των εσπεριδοειδών έχει οδηγήσει σε υβρίδια όπως το sunquat, μια διασταύρωση λεμονιών και κουμ κουάτ και το καλαμοντίνη από μανταρίνια και κουμ κουάτ. Τα κουμ κουάτ μερικές φορές τοποθετούνται στο δικό τους γένος, αλλά υβριδίζονται εύκολα με εσπεριδοειδή και έχουν οδηγήσει σε μια σειρά από υβριδικά εσπεριδοειδή.
Η ευκολία του υβριδισμού σημαίνει επίσης ότι οι σπόροι ενός εσπεριδοειδούς μπορεί να αναπτυχθούν για να αποδώσουν καρπούς που δεν μοιάζουν καθόλου με τον γονέα του. Αυτό οδήγησε όλους τους εμπορικούς καλλιεργητές εσπεριδοειδών να χρησιμοποιήσουν μια μέθοδο εμβολιασμού της επιθυμητής ποικιλίας εσπεριδοειδών σε απόθεμα ριζών. Αυτό μπορεί να εξασφαλίσει ότι ο επιθυμητός καρπός θα αναπτυχθεί, ενώ προσφέρει το πρόσθετο πλεονέκτημα της χρήσης καλά εδραιωμένου αποθέματος ρίζας.
Το υβρίδιο εσπεριδοειδών επέτρεψε σε τέσσερα βασικά είδη να γίνουν οι δεκάδες διαφορετικές ποικιλίες εσπεριδοειδών που απολαμβάνουν οι άνθρωποι σήμερα. Χωρίς το υβρίδιο των εσπεριδοειδών δεν θα υπήρχε γλυκό πορτοκάλι, λεμόνι ή πολλά από τα άλλα εσπεριδοειδή που έχουν γίνει κοινά τρόφιμα σε όλο τον κόσμο. Η ευκολία με την οποία τα εσπεριδοειδή υβριδοποιούνται μπορεί να οδηγήσει σε ορισμένες δυσκολίες για τους εμπορικούς καλλιεργητές, αλλά η τεράστια ποικιλία των εσπεριδοειδών δεν θα ήταν ποτέ δυνατή διαφορετικά.