Ένα πεπτιδικό αντιγόνο είναι η χρήση ενός πεπτιδίου για την ενεργοποίηση του ανοσοποιητικού συστήματος ενός ζώου για την ανάπτυξη αντισωμάτων σε αυτό το πεπτίδιο. Τα πεπτίδια είναι σύντομες σειρές αμινοξέων. Οι μακρύτερες αλυσίδες είναι γνωστές ως πρωτεΐνες. Ένα πεπτιδικό αντιγόνο μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως μέρος της ανάπτυξης ενός εμβολίου.
Τα πεπτίδια είναι οργανικά μόρια που αποτελούνται από άζωτο, οξυγόνο, άνθρακα, υδρογόνο και συνήθως θείο. Είναι αλυσίδες αμινοξέων και συνδέονται με πεπτιδικό δεσμό. Οι πεπτιδικοί δεσμοί είναι δεσμοί των ομάδων NH2 και COOH των δύο γειτονικών αμινοξέων.
Ένα αντιγόνο είναι ένα μόριο που συνδέεται με ένα αντίσωμα και δημιουργεί μια ανοσολογική απόκριση, την αντίδραση του σώματος σε μόρια που φαίνονται ξένα. Δεν είναι όλα τα είδη μορίων ικανά να αναγνωριστούν από το ανοσοποιητικό σύστημα. Πρωτεΐνες, πεπτίδια και αλυσίδες σακχάρων μπορούν να δράσουν ως αντιγόνα.
Υπάρχουν επίσης ανθρώπινα αντιγόνα. Αυτές περιλαμβάνουν πρωτεΐνες που υπάρχουν στην επιφάνεια των καρκινικών κυττάρων. Τέτοια αντιγόνα μπορεί επίσης να υπάρχουν στο αίμα. Αυτή είναι η βάση πίσω από την εξέταση ειδικού προστάτη αντιγόνου, η οποία χρησιμοποιείται συνήθως για τον έλεγχο για καρκίνο του προστάτη. Ορισμένα αντιγόνα εισάγονται σκόπιμα για να δράσουν ως εμβόλια και να δημιουργήσουν μια ανοσολογική απόκριση.
Τα αντισώματα είναι πρωτεΐνες στο αίμα που εξουδετερώνουν ένα συγκεκριμένο αντιγόνο. Μόνο ορισμένα μέρη ενός μορίου αναγνωρίζονται από ένα αντίσωμα. Η άκρη του αντισώματος περιέχει ένα παρατόπιο που αναγνωρίζει τη σύνθετη δομή του αντιγόνου. Αυτή η περιοχή του αντισώματος είναι υπεύθυνη για τη μεγάλη ποικιλία των αντισωμάτων που υπάρχουν σε έναν οργανισμό. Ένα άτομο μπορεί να έχει εκατομμύρια διαφορετικά αντισώματα.
Συχνά, χρησιμοποιούνται πεπτιδικά αντιγόνα επειδή αποτελούν μέρος μιας μεγαλύτερης πρωτεΐνης, η οποία μπορεί να μην έχει καθαριστεί. Όταν χρησιμοποιείται ένα πεπτιδικό αντιγόνο για την παραγωγή αντισωμάτων, είναι σημαντικό ο ερευνητής να χρησιμοποιεί ένα αντιγονικό τμήμα του πεπτιδίου. Οι ειδικοί στα αντιγόνα μπορούν να βοηθήσουν στο σχεδιασμό του αντιγόνου για να μεγιστοποιήσουν τις πιθανότητες το πεπτίδιο που χρησιμοποιείται ως αντιγόνο να δημιουργήσει ένα αντίσωμα. Είναι πολύ πιο εύκολο να προβλέψουμε ποιοι επίτοποι θα εκτεθούν εάν κάποιος έχει γνώση της τρισδιάστατης δομής της ένωσης.
Στις περισσότερες περιπτώσεις, δεν υπάρχει γνώση της συνολικής δομής του πεπτιδίου, αν και το προγνωστικό λογισμικό μπορεί να αναλύσει ποιο τμήμα του πεπτιδίου είναι πιθανό να είναι αντιγονικό. Τα πεπτίδια που είναι πιο πιθανό να συναντήσουν ένα αντίσωμα είναι αυτά στην επιφάνεια του κυττάρου. Είναι πιθανό να είναι υδρόφιλα — διαλυτά στο νερό. Η ευελιξία είναι επίσης ένα σημαντικό κριτήριο για να αντιδράσει ένα πεπτιδικό αντιγόνο με έναν επίτοπο.
Μόλις αναγνωριστεί ένα κατάλληλο πεπτιδικό αντιγόνο, δημιουργείται ένα συνθετικό πεπτίδιο. Στη συνέχεια μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε ανοσοποίηση. Ενίεται σε ένα ζώο για να δημιουργήσει μια ανοσολογική απόκριση. Μόλις απομονωθούν τα αντισώματα, αναλύονται για να διασφαλιστεί ότι ο οργανισμός έχει αναπτύξει αποτελεσματική ανοσολογική απόκριση.
Ένας συνηθισμένος τρόπος εξέτασης για να διαπιστωθεί εάν τα αντισώματα είναι ειδικά για την επιθυμητή πρωτεΐνη είναι η εκτέλεση Western Blot. Αυτό περιλαμβάνει τον διαχωρισμό των πρωτεϊνών που περιέχουν το πεπτίδιο σε μια γέλη χρησιμοποιώντας ηλεκτρικό ρεύμα. Αυτό ονομάζεται ηλεκτροφόρηση. Στη συνέχεια οι πρωτεΐνες μεταφέρονται σε μια μεμβράνη και ανιχνεύονται με το αντίσωμα.
Εάν υπάρχει αντίσωμα ειδικό για την πρωτεΐνη, θα συνδεθεί με την πρωτεΐνη στη μεμβράνη. Η μεμβράνη πλένεται και στη συνέχεια υποβάλλεται σε επεξεργασία με ένα δευτερεύον αντίσωμα. Εάν τα αντισώματα αναπτύχθηκαν σε ένα ποντίκι, για παράδειγμα, το δευτερεύον αντίσωμα θα ήταν ένα αντίσωμα κατά του ποντικού. Αυτό το αντίσωμα έχει κατασκευαστεί για να δημιουργεί χρώμα ή φωταύγεια, ώστε ο ερευνητής να μπορεί να δει πού έχει δεσμευτεί το αρχικό αντίσωμα.