Η αφαίρεση πέους αναφέρεται στην πράξη ή τη διαδικασία αποκοπής του πέους από το σώμα ενός αρσενικού. Το πέος μπορεί να αφαιρεθεί για ιατρικούς λόγους, όπως ο καρκίνος. Ένα τρανσέξουαλ ή τρανσέξουαλ άτομο μπορεί να επιθυμεί να αφαιρέσει το πέος του χειρουργικά σε χειρουργική επέμβαση αλλαγής σεξ. Έχουν καταγραφεί περιπτώσεις κατά τις οποίες το πέος αφαιρέθηκε ακούσια μέσω κάποιας μορφής προσωπικής επίθεσης. Η αφαίρεση πέους είναι σπάνια σε όλες σχεδόν τις σύγχρονες κοινωνίες.
Ο ιατρικός όρος για τη χειρουργική αφαίρεση του πέους είναι η πηνεκτομή. Οι πιο συνηθισμένοι ιατρικοί λόγοι για τη διενέργεια πηνεκτομής είναι ο καρκίνος του πέους και ο τραυματισμός του πέους ενός παιδιού κατά την περιτομή. Ο καρκίνος του πέους είναι ένα ασυνήθιστο φαινόμενο στη Βόρεια Αμερική και την Ευρώπη, αλλά στην Αφρική και τη Νότια Αμερική, ο καρκίνος του πέους αποτελεί σχεδόν το 10% όλων των καρκίνων που αναπτύσσονται από άνδρες. Σε σπάνιες περιπτώσεις, μια παιδική περιτομή μπορεί να οδηγήσει σε σοβαρή παραμόρφωση που καθιστά το πέος σχεδόν άχρηστο. Σε σοβαρές περιπτώσεις, η μόνη ιατρική επιλογή μπορεί να είναι η αφαίρεση του πέους.
Η πηνεκτομή μπορεί να είναι είτε μερική είτε ριζική, ανάλογα με τη σοβαρότητα της πάθησης. Μια μερική πηνεκτομή μπορεί να πραγματοποιηθεί για να σωθεί μέρος του πέους, με μόνο ορισμένα τμήματα, συνήθως το άκρο ή τη βάλανο, να απαιτούν αφαίρεση. Μια ριζική πηνεκτομή αφαιρεί ολόκληρο το πέος. Σε τέτοιες περιπτώσεις, αφαιρείται ολόκληρος ο άξονας του πέους και ένας σωλήνας εισάγεται στην ανδρική ουρήθρα στον κορμό για να βοηθήσει στην ούρηση.
Οι τρανσεξουαλικές γυναίκες, άτομα που γεννήθηκαν στο ανδρικό φύλο αλλά ταυτίζονται με το γυναικείο φύλο, μπορούν να προχωρήσουν σε χειρουργική επέμβαση αλλαγής σεξ. Οι επεμβάσεις που απαιτούνται για αυτή τη διαδικασία είναι πολλές, αλλά τελικά πραγματοποιείται πηνεκτομή. Αυτός ο τύπος αφαίρεσης πέους είναι τις περισσότερες φορές μερική, καθώς οι χειρουργοί δεν αφαιρούν εντελώς το όργανο, αλλά το αναδιαμορφώνουν στην επιθυμητή γυναικεία ανατομία.
Κατά τη διάρκεια των πενεκτομών για σεξουαλική αλλαγή, ο άξονας του πέους αναστρέφεται για να δημιουργηθεί ένας κόλπος, ενώ η βάλανο του πέους διαμορφώνεται σε μια πλήρως λειτουργική κλειτορίδα. Η ουρήθρα μετατοπίζεται στην ανατομικά σωστή θηλυκή θέση της. Σε σπάνιες περιπτώσεις, μπορεί να χρειαστεί ριζική πηνεκτομή λόγω ιατρικών επιπλοκών.
Έχουν αναφερθεί περιπτώσεις επίθεσης, κατά τις οποίες το πέος αφαιρείται ακούσια με τη βία. Συχνά το κίνητρο της αναγκαστικής αφαίρεσης του πέους λέγεται ότι είναι η εκδίκηση ή η επιθυμία να δουν τον άνδρα αποκαρδιωμένο. Ορισμένοι κατακτητές στρατοί στην αρχαιότητα αναφέρθηκαν ότι έκοψαν τα πέη από τους υποταγμένους εχθρούς τους. Μπορεί να έγινε είτε για να εκτιμηθούν οι συνολικές απώλειες της αντίπαλης πλευράς είτε για να συλλεχθεί κάποιο τρόπαιο.