Όταν το ανοσοποιητικό σύστημα λειτουργεί κανονικά, το σώμα αναπτύσσει μια κατάσταση ανοχής ως απόκριση στις δικές του πρωτεΐνες. Σε ορισμένες περιπτώσεις, ωστόσο, μπορεί να αναπτυχθεί μια κατάσταση αυτοανοσίας, κατά την οποία το ανοσοποιητικό σύστημα αναγνωρίζει και αντιδρά σε μία ή περισσότερες από τις πρωτεΐνες του σώματος. Όταν συμβεί αυτό, η ανοσολογική αντίδραση που αναπτύσσεται μπορεί να έχει σοβαρό αντίκτυπο στην υγεία.
Το ανοσοποιητικό σύστημα έχει εξελιχθεί σε μια εξαιρετικά εξειδικευμένη απόκριση που αναγνωρίζει και καταστρέφει ξένες πρωτεΐνες και οργανισμούς. Από αυτή την άποψη, το ανοσοποιητικό σύστημα κάνει διάκριση μόνο μεταξύ «εαυτού» και «μη εαυτού». Οι πρωτεΐνες που παράγονται από το σώμα είναι μόνες τους και προκαλούν μια κατάσταση ανοσολογικής ανοχής. Οι πρωτεΐνες από ιούς, βακτήρια, παράσιτα, φυτά, ζώα και άλλους ανθρώπους, δεν είναι εαυτές και μπορούν δυνητικά να πυροδοτήσουν μια ανοσολογική απόκριση.
Η ανοσολογική ανοχή είναι μια κατάσταση κατά την οποία η ανοσολογική απόκριση καταστέλλεται ενεργά έναντι των πρωτεϊνών του εαυτού. Σε ορισμένες περιπτώσεις, ωστόσο, το σώμα μπορεί να αναπτύξει μια ανοσολογική απόκριση, αντί για ανοχή, σε μία ή περισσότερες πρωτεΐνες του εαυτού μας. Αυτή η αυτοκατευθυνόμενη ανοσοαπόκριση ονομάζεται αυτοάνοση.
Οι πιο γνωστές αυτοάνοσες διαταραχές περιλαμβάνουν τον διαβήτη τύπου 1 και τη ρευματοειδή αρθρίτιδα, καθώς και τη σκλήρυνση κατά πλάκας και τον λύκο. Σε κάθε περίπτωση, τα συμπτώματα της αυτοάνοσης νόσου προκαλούνται όταν το ανοσοποιητικό σύστημα επιτίθεται σε πρωτεΐνες του εαυτού του. Η προκύπτουσα ανοσοαπόκριση μπορεί να προκαλέσει καταστροφή ιστού, χρόνια φλεγμονή και άλλα εξουθενωτικά συμπτώματα.
Στην περίπτωση του διαβήτη τύπου 1, για παράδειγμα, τα κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος καταστρέφουν τα κύτταρα του παγκρέατος που παράγουν ινσουλίνη, οδηγώντας στην ανάγκη για μια εξωτερική πηγή ινσουλίνης. Αντίθετα, η ρευματοειδής αρθρίτιδα είναι το αποτέλεσμα μιας κυτταρικής ανοσολογικής απόκρισης στον ιστό των αρθρώσεων που προκαλεί χρόνιο πόνο και φλεγμονή. Ο συστηματικός λύκος εμφανίζεται όταν το σώμα παράγει αυτοάνοσα αντισώματα που αντιδρούν σε έναν τύπο πρωτεΐνης που βρίσκεται σχεδόν σε όλα τα κύτταρα του σώματος. Αυτή η μορφή της νόσου μπορεί να είναι ιδιαίτερα επικίνδυνη, με την ικανότητα να επηρεάζει όργανα, αρθρώσεις, μυς και αίμα.
Ενώ τα γενικά αίτια της αυτοάνοσης είναι άγνωστα, μια σειρά από θεωρίες επιχειρούν να εξηγήσουν τα πρότυπα ανάπτυξης αυτοάνοσων νοσημάτων στους πληθυσμούς. Μια θεωρία βασίζεται στο γεγονός ότι οι γυναίκες είναι πιο πιθανό να αναπτύξουν αυτοάνοση από τους άνδρες και επιπλέον ότι η εγκυμοσύνη αυξάνει τον κίνδυνο μιας γυναίκας να αναπτύξει μια αυτοάνοση διαταραχή. Σύμφωνα με αυτή τη θεωρία, αυτός ο κίνδυνος αυξάνεται επειδή οι γυναίκες εκτίθενται σε εμβρυϊκές πρωτεΐνες κατά μήκος του φραγμού του πλακούντα κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, γεγονός που μπορεί να διαταράξει την ανοχή της ίδιας της πρωτεΐνης.
Μια άλλη θεωρία επιχειρεί να εξηγήσει γιατί η συχνότητα των αυτοάνοσων διαταραχών έχει αυξηθεί σε πολλές δυτικές χώρες τις τελευταίες δεκαετίες. Η υπόθεση της υγιεινής εξηγεί ότι η αυξημένη εστίαση στην υγιεινή οδήγησε σε μειωμένη έκθεση σε μη εαυτού πρωτεΐνες και μειωμένη ευκαιρία για το ανοσοποιητικό σύστημα να «μάθει» πώς να διακρίνει τον εαυτό του από τον εαυτό του. Υπάρχουν κάποια στοιχεία για αυτή τη θεωρία στο γεγονός ότι η αυτοανοσία είναι πολύ πιο διαδεδομένη στον δυτικό κόσμο από ό,τι σε χώρες όπου μία ή περισσότερες μολυσματικές ασθένειες είναι ενδημικές στον πληθυσμό.