Αν και το σκόρδο συχνά υποτίθεται ότι έχει οφέλη για την υγεία, περιστασιακά οι άνθρωποι αναπτύσσουν είτε αλλεργία είτε δυσανεξία στο βότανο. Οι αλλεργίες στο σκόρδο είναι δυσμενείς, μερικές φορές επικίνδυνες, αντιδράσεις κατά την κατάποση, το άγγιγμα ή την αναπνοή του σκόρδου. Αν και οι τροφικές αλλεργίες είναι συχνές, μια αλλεργία στο σκόρδο είναι σχετικά σπάνια, αν και η δυσανεξία στο σκόρδο είναι ελαφρώς πιο συχνή. Τα συμπτώματα της αλλεργίας στο σκόρδο περιλαμβάνουν στομαχικές διαταραχές και έμετο, κνίδωση και εξάνθημα και δύσπνοια ή συριγμό.
Οι αλλεργίες εμφανίζονται όταν το ανοσοποιητικό σύστημα του σώματος αντιδρά σε αβλαβείς ουσίες σαν να αποτελούσαν απειλή. Το σώμα παράγει ανοσοσφαιρίνη Ε (IgE), ένα είδος αντισώματος, για την καταπολέμηση αυτών των ουσιών. Αυτά τα αντισώματα παραμένουν στο σύστημα αφού πρώτα παρασκευαστούν, προσκολλώνται σε διάφορα κύτταρα, επομένως την επόμενη φορά που το αλλεργικό άτομο έρχεται σε επαφή με τη συνήθως αβλαβή ουσία, τα επικαλυμμένα με IgE κύτταρα ερεθίζονται και απελευθερώνονται μεγάλες ποσότητες ισταμινών και άλλων χημικών ουσιών. Αυτός είναι ο λόγος για τον οποίο οι επακόλουθες αλλεργικές αντιδράσεις είναι συχνά χειρότερες από την αρχική αντίδραση.
Το σκόρδο σε σκόνη, θρυμματισμένο ή ολόκληρο μπορεί να προκαλέσει αντιδράσεις σε ευαίσθητα άτομα. Η σκόνη σκόρδου που εισπνέεται ακούσια μπορεί επίσης να προκαλέσει αντίδραση. Όταν κόβετε φρέσκο σκόρδο, μπορεί να εμφανιστούν τοπικές αντιδράσεις από την αλισίνη, μια ένωση που παράγεται όταν το βότανο κόβεται σε φέτες.
Αν και πολλοί άνθρωποι χρησιμοποιούν τον όρο «αλλεργία» για να σημαίνει δυσανεξία, η δυσανεξία δεν είναι το ίδιο με μια αλλεργία. Η αλλεργία είναι μια σοβαρή αντίδραση που συχνά απαιτεί επίσκεψη στο νοσοκομείο για την καταπολέμηση της και μπορεί να είναι απειλητική για τη ζωή. Μια δυσανεξία προκαλεί άβολες, μερικές φορές επώδυνες, αντιδράσεις, αλλά δεν είναι απειλητική για τη ζωή και σπάνια απαιτεί επαγγελματική ιατρική φροντίδα.
Τα άτομα με δυσανεξία στο σκόρδο θα έχουν γενικά στομαχικές διαταραχές, καούρες ή αέρια όταν τρώνε σκόρδο σε οποιαδήποτε μορφή. Όσο περισσότερο σκόρδο τρώγεται, τόσο μεγαλύτερη θα είναι η αντίδραση. Οι δυσανεξίες δεν εμποδίζουν ένα άτομο να φάει σκόρδο και μπορεί να καταπολεμηθεί με φάρμακα που καταπραΰνουν το στομάχι. Στην πραγματικότητα, τα άτομα που πάσχουν από ήπιες δυσανεξίες μπορεί να μην αισθάνονται καμία αρνητική επίδραση από μικρές ποσότητες σκόρδου στα τρόφιμα.
Τα συμπτώματα αλλεργίας στο σκόρδο περιλαμβάνουν επίσης αυτά που παρατηρούνται σε δυσανεξίες, αλλά είναι γενικά πιο σοβαρά, συμπεριλαμβανομένης της ναυτίας και του εμέτου. Άλλα συμπτώματα περιλαμβάνουν πρήξιμο του λαιμού, των χειλιών και της γλώσσας, καθώς και συριγμό ή βήχα λόγω του οιδήματος στην τραχεία. Εάν αφεθεί χωρίς θεραπεία, τα συμπτώματα μπορεί να γίνουν αρκετά σοβαρά ώστε να προκαλέσουν πτώση της αρτηριακής πίεσης και απώλεια συνείδησης. Μπορεί επίσης να εμφανιστεί κνησμός, εξάνθημα, ερυθρότητα και καταρροή, ιδιαίτερα όταν το σκόρδο έρχεται σε επαφή με το δέρμα.
Δεν υπάρχει θεραπεία για την αλλεργία στο σκόρδο. Τα αντιισταμινικά μπορεί να μειώσουν τα συμπτώματα, αλλά ένα άτομο με αλλεργία στο σκόρδο θα πρέπει να αποφεύγει τροφές με σκόρδο. Εάν υπάρχει υποψία, ένας αλλεργιολόγος μπορεί να χορηγήσει μια εξέταση για να καθορίσει εάν υπάρχει αλλεργία πριν από την κατάποση του σκόρδου. Εάν καταποθεί σκόρδο και υπάρχει υποψία αλλεργικής αντίδρασης, θα πρέπει να αναζητηθεί αμέσως ιατρική βοήθεια.