Η αμυγδαλή, που ονομάστηκε έτσι επειδή μοιάζει με αμύγδαλο, είναι ένα σύνολο πυρήνων στον εγκέφαλο που βρίσκονται κοντά μεταξύ τους και επομένως ομαδοποιούνται με το ίδιο όνομα. Μεταξύ των πιο σημαντικών είναι το βασικόπλευρο σύμπλεγμα, ο κεντροϊικός πυρήνας και ο φλοιώδης πυρήνας. Η αμυγδαλή είναι μέρος του μεταιχμιακού συστήματος, υπεύθυνο για τη ρύθμιση των συναισθημάτων. Συνήθως συνδέεται με τα συναισθήματα φόβου και άγχους και το μέγεθός του συσχετίζεται θετικά με το επίπεδο επιθετικότητας σε ένα δεδομένο είδος. Συνδέεται επίσης με το συναίσθημα της ευχαρίστησης, αν και κυρίως με αρνητική έννοια, δηλαδή την ευχαρίστηση που ενίοτε ενυπάρχει στην επιθετικότητα.
Υπάρχουν δύο αμυγδαλές, συμμετρικά τοποθετημένες κοντά στο κέντρο του εγκεφάλου, ακριβώς πάνω από τον υποθάλαμο. Έχουν έκταση περίπου 1 ίντσα (2.54 εκατοστά). Αυτή η δομή έχει λάβει μεγάλη προσοχή τις τελευταίες δεκαετίες και έχει αποτελέσει το επίκεντρο πολλών ερευνητικών έργων.
Η αμυγδαλή παίζει βασικό ρόλο στο λεγόμενο «δίκτυο ελέγχου αμυντικής αντίδρασης γενικής χρήσης» και αντιδρά σε δυσάρεστα αξιοθέατα, αισθήσεις ή μυρωδιές. Ο θυμός, η αποφυγή και η αμυντικότητα είναι συναισθήματα που ενεργοποιούνται σε μεγάλο βαθμό από αυτό το τμήμα του εγκεφάλου. Η εξελικτική του προέλευση έγκειται στα πρώιμα ψάρια και έχει άμεσες συνδέσεις με μια από τις παλαιότερες αισθητηριακές περιοχές, τον οσφρητικό βολβό. Η αμυγδαλή είναι υπεύθυνη για την ενεργοποίηση των προγονικών σημείων δυσφορίας, όπως «τεντωμένο στόμα» και αμυντικές στάσεις, όπως το σκύψιμο.
Όπως πολλά μέρη του μεταιχμιακού συστήματος, η λειτουργία της αμυγδαλής δεν σχετίζεται καθαρά με κανένα συναίσθημα. Η κακή αμυγδαλική λειτουργία έχει συσχετιστεί με άγχος, αυτισμό, κατάθλιψη, ναρκοληψία, διαταραχή μετατραυματικού στρες, φοβίες και σχιζοφρένεια. Μελέτες για τραυματισμούς με πιθήκους έδειξαν ότι όταν αυτή η δομή εξασθενεί πριν από την ηλικία των έξι μηνών, τα άτομα δυσκολεύονται να προσαρμοστούν στην κοινωνική ζωή. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι η αμυγδαλή είναι απαραίτητη όχι μόνο για να βιώσει συναισθήματα όπως ο φόβος, αλλά και για να μοντελοποιήσει και να αναγνωρίσει γρήγορα την παρουσία αυτών των συναισθημάτων σε άλλους. Έτσι, ένας κατεστραμμένος έχει συσχετιστεί με την κατάσταση του αυτισμού ή της κοινωνικής τύφλωσης.
Στους ανθρώπους, η αμυγδαλή είναι η δομή του εγκεφάλου που ποικίλλει ευρύτερα μεταξύ των δύο φύλων. Όταν τα αρσενικά ευνουχίζονται, το μέγεθος του συρρικνώνεται κατά 30%. Η κατάθλιψη έχει συσχετιστεί με ασύμμετρα μεγέθη αμυγδαλής.