Η αντιγραφή του ιού αναφέρεται στη διαδικασία με την οποία ένας ιός αναπαράγεται μέσα σε έναν ζωντανό οργανισμό. Αυτό γενικά περιλαμβάνει τη μετατροπή των μολυσμένων κυττάρων σε εργοστάσια ιών, τα οποία κατασκευάζουν αντίγραφα του γενετικού κώδικα του ιού και τα διώχνουν για να εξαπλωθούν στο σώμα του ξενιστή. Αυτό στρέφει το μολυσμένο σώμα εναντίον του, χρησιμοποιώντας τα δικά του κύτταρα ως εργαλεία μαζικής παραγωγής και μόλυνσης.
Μόλις ένας ιός μολύνει το σώμα του ξενιστή, στοχεύει διαφορετικούς τύπους ζωντανών κυττάρων, ανάλογα με τη φύση του. Ο ιός ξεκινά με την προσκόλληση του σε ένα ευάλωτο κύτταρο, στη συνέχεια διεισδύοντας στην επιφάνειά του ή με κάποιο άλλο τρόπο εγχύεται στην πρωτογενή ουσία του κυττάρου ξενιστή. Διαφορετικοί τύποι ιών έχουν διαφορετικούς τρόπους για να εισέλθουν στο κυτταρικό σώμα ή να συντηχθούν με το κυτταρικό τοίχωμα, αλλά γενικά η διαδικασία συνεπάγεται διακύβευση της ακεραιότητας του κυττάρου. Σε αυτό το σημείο ακολουθεί η διαδικασία αντιγραφής του ιού, κατά την οποία ο ιός αναλαμβάνει τις αναπαραγωγικές λειτουργίες του ίδιου του κυττάρου και το επαναπρογραμματίζει για να δημιουργήσει αντίγραφα του DNA ή του RNA του ιού. Η διαδικασία αντιγραφής του ιού συνεχίζεται έως ότου το κύτταρο εκραγεί σε ένα στάδιο που ονομάζεται αποβολή, απελευθερώνοντας πολλαπλά αντίγραφα του αρχικού ιού στο σώμα του ξενιστή. Κάθε αντίγραφο στοχεύει πιο ευαίσθητα κύτταρα, προσκολλάται και ξεκινά εκ νέου τη διαδικασία αναπαραγωγής.
Τα στάδια αντιγραφής ποικίλλουν για διαφορετικούς τύπους ιών, όπως οι διαφορετικοί συνδυασμοί δίκλωνων και μονόκλωνων, θετικών ή αρνητικών, DNA ή RNA ιών. Πολλοί τύποι απαιτούν συγκεκριμένες συνθήκες μέσα σε ένα κύτταρο ξενιστή προτού ξεκινήσει η αναπαραγωγή του ιού. Μερικά είναι ικανά να αναπαραχθούν παρά την κατάσταση του κυττάρου ξενιστή, καθιστώντας τα πιο λοιμώδη και πιο επικίνδυνα.
Άλλα είδη ιών μπορούν να αναπαραχθούν μόνο σε ορισμένους τύπους κυττάρων, ενώ μερικοί μπορούν να εισέλθουν στα κύτταρα, να αναπαραχθούν για κάποιο χρονικό διάστημα και στη συνέχεια να παραμείνουν αδρανείς εντός του κυττάρου για απροσδιόριστες περιόδους. Αυτή η αδρανής περίοδος ονομάζεται λανθάνουσα κατάσταση και μπορεί να διαρκέσει έως ότου ένας παράγοντας ενεργοποίησης επανενεργοποιήσει τον ιό και τον αναγκάσει να αρχίσει ξανά να αναπαράγεται στο κύτταρο ξενιστή.
Η μελέτη της ιικής αναπαραγωγής ήταν το κλειδί για την κατανόηση των μολυσματικών ασθενειών, όπως ο έρπης και το HIV-AIDS. Η λανθάνουσα κατάσταση του ιού στον HIV τον αναγκάζει να εισχωρήσει σε βασικές περιοχές του πυρήνα του κυττάρου ξενιστή, καθιστώντας τον σχεδόν αναπόσπαστο μέρος της κανονικής διαδικασίας αντιγραφής του κυττάρου. Η κατανόηση του κύκλου και της μεθοδολογίας αναπαραγωγής του ιού επιτρέπει στους ερευνητές να προτείνουν θεωρίες για την εξαγωγή του ιού, την πρόληψη της μετατροπής του DNA του ξενιστή σε ιικό DNA ή την αποτροπή του από το να διεισδύσει στο κύτταρο ξενιστή για να ξεκινήσει η διαδικασία μόλυνσης.