Η αντιγονική μετατόπιση είναι μία από τις μεθόδους που χρησιμοποιούν ορισμένοι ιοί για να εξελιχθούν και να ξεφύγουν από την προσοχή του ανοσοποιητικού συστήματος του οργανισμού. Η αντιγονική μετατόπιση συμβαίνει όταν ένα νέο είδος ξενιστή εκτίθεται σε ένα στέλεχος ιού που δεν έχει ξαναδεί, μέσω μετάδοσης από είδος σε είδος και μέσω ανακατανομής γενετικού υλικού. Το ανοσοποιητικό σύστημα του νέου ξενιστή δεν αναγνωρίζει τον ιό αποτελεσματικά επειδή τα αντιγόνα που υπάρχουν στον ιό είναι διαφορετικά από τα προηγούμενα στελέχη του ιού στα οποία είχε εκτεθεί ο ξενιστής. Η διαδικασία έχει μελετηθεί περισσότερο στη γρίπη και είναι ένας σημαντικός παράγοντας στην εξέλιξη των νέων υποτύπων επιδημίας γρίπης.
Η αντιγονική μετατόπιση μπορεί να περιγραφεί με έναν από τους τρεις τρόπους. Δύο ιοί που μολύνουν το ίδιο κύτταρο μπορούν να παράγουν τμήματα γονιδίων που αναμιγνύονται για να σχηματίσουν ένα νέο στέλεχος ιού. Ένας ιός που κυκλοφορεί σε ένα συγκεκριμένο είδος μπορεί να μεταπηδήσει απευθείας σε ένα νέο ζώο ξενιστή. Εναλλακτικά, ένας ιός πτηνών, για παράδειγμα, μπορεί να μεταπηδήσει σε έναν ξενιστή χοίρου και στη συνέχεια σε έναν άνθρωπο ξενιστή.
Ο ιός της γρίπης έχει τρεις τύπους, Α, Β και Γ. Από αυτούς τους τύπους, μόνο ο ιός της γρίπης Α προκαλεί σοβαρή ασθένεια μέσω λοιμώξεων παγκοσμίως. Η γρίπη Α έχει δύο ομάδες κύριων αντιγόνων, τη νευραμινιδάση (Ν) και την αιμοσυγκολλητίνη (Η), στο εξωτερικό της κάψουλας του ιού. Αυτά είναι τα αντιγόνα που το ανοσοποιητικό σύστημα αναγνωρίζει και χρησιμοποιεί για να στοχεύσει τον ιό για καταστροφή. Η ιική τέχνη της αντιγονικής μετατόπισης σημαίνει ότι ο ιός μπορεί να εναλλάσσεται γύρω από αυτά τα αντιγόνα κατά τη διάρκεια της αντιγραφής για να σχηματίσει έναν νέο ιό που το ανοσοποιητικό σύστημα δεν αναγνωρίζει αρχικά.
Για παράδειγμα, η πανδημία γρίπης H2009N1 του 1 προκλήθηκε από έναν υποτύπο ιού με αντιγόνα Η1 και Ν1. Πιστεύεται ότι αυτός ο ιός της γρίπης προήλθε από τη γενετική αναδιάταξη δύο διαφορετικών ιών της γρίπης των χοίρων σε ένα κύτταρο χοίρου. Τα Κέντρα Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων των ΗΠΑ δήλωσαν ότι αυτή η νέα γρίπη είχε επίσης γονίδια από στελέχη γρίπης των πτηνών και ανθρώπων, αλλά ότι αυτά τα γονίδια πιθανότατα κυκλοφορούσαν σε χοίρους για δεκαετίες πριν από την πανδημία ως αποτέλεσμα προηγούμενης αντιγονικής μετατόπισης. Μετά την αντιγονική μετατόπιση στον χοίρο μέσω της γενετικής αναδιάταξης, ο ιός στη συνέχεια μεταπήδησε για να μολύνει τους ανθρώπους.
Η διαδικασία της αντιγονικής μετατόπισης δεν πρέπει να συγχέεται με μια άλλη μέθοδο που χρησιμοποιούν οι ιοί για την αλλαγή των αντιγόνων που ονομάζεται αντιγονική μετατόπιση. Η αντιγονική μετατόπιση είναι η σταδιακή μετάλλαξη των γονιδίων της γρίπης που μεταβάλλουν ελαφρώς το προϊόν των γονιδίων. Η αντιγονική μετατόπιση προκαλεί μικρές διαφορές στα ιικά σωματίδια που μπορούν επίσης να ξεγελάσουν το ανοσοποιητικό σύστημα ώστε να μην αναγνωρίσει αποτελεσματικά τον ιό.