Η αντιγονική παραλλαγή είναι μια μετατόπιση των επιφανειακών αντιγόνων σε έναν μολυσματικό οργανισμό για να βοηθήσει τον οργανισμό να αποφύγει το ανοσοποιητικό σύστημα των πιθανών ξενιστών. Οι οργανισμοί χρησιμοποιούν μια ποικιλία τακτικών για την αλλαγή της σύνθεσης των αντιγόνων στην επιφάνειά τους. Αυτό το εξελικτικό τέχνασμα τους επιτρέπει να συνεχίσουν να αναπτύσσονται και να εξαπλώνονται σε πληθυσμούς, διαιωνίζοντας την ύπαρξή τους. Οι ερευνητές ενδιαφέρονται για το πώς λειτουργεί αυτό, επειδή μπορεί να παίξει ρόλο στον τρόπο με τον οποίο οι άνθρωποι επαναμολύνονται από ασθένεια. Η αντιγονική παραλλαγή ενδιαφέρει επίσης τους ανθρώπους που είναι υπεύθυνοι για την ανάπτυξη εμβολίων και φαρμάκων για την πρόληψη και τη θεραπεία λοιμώξεων.
Οι οργανισμοί όπως οι ιοί, τα βακτήρια και τα παράσιτα έχουν όλοι ένα εξωτερικό περίβλημα, με μια σειρά από επιφανειακές πρωτεΐνες. Όταν ένας οργανισμός εισέρχεται σε έναν ξενιστή για πρώτη φορά, το ανοσοποιητικό σύστημα δεν αναγνωρίζει καμία από τις πρωτεΐνες και μπορεί να επιτρέψει στον οργανισμό να πολλαπλασιαστεί, δημιουργώντας μια μόλυνση. Το ανοσοποιητικό σύστημα θα μάθει ότι αυτές οι πρωτεΐνες είναι επικίνδυνες, και όταν εμφανιστεί ο οργανισμός στο μέλλον, το σώμα θα πάει στην επίθεση. Βλέπει τις πρωτεΐνες, τις αναγνωρίζει ως απειλή και στέλνει κύτταρα του ανοσοποιητικού για να σκοτώσουν τον οργανισμό.
Χωρίς αντιγονική παραλλαγή, οι μολυσματικοί οργανισμοί θα εξαφανίζονταν γρήγορα. Ο αριθμός των ευάλωτων ατόμων στον πληθυσμό θα μειωνόταν και οι οργανισμοί δεν θα μπορούσαν να επιβιώσουν. Εάν, ωστόσο, ο οργανισμός μπορεί να αλλάξει τις πρωτεΐνες στις μελλοντικές γενιές, μπορεί να προσαρμοστεί και να αρχίσει να αποφεύγει ξανά το ανοσοποιητικό σύστημα. Αυτό μπορεί να συμβεί μεταξύ των ξενιστών, αλλά μπορεί επίσης να συμβεί κατά τη διάρκεια μιας ενεργού μόλυνσης. Οι άνθρωποι συχνά παρατηρούν κυκλικά μοτίβα στις λοιμώξεις όπου αρχίζουν να βελτιώνονται, γίνονται πολύ χειρότερα και μετά βελτιώνονται ξανά. Αυτό είναι το αποτέλεσμα της αντιγονικής παραλλαγής σε πολλαπλές γενιές οργανισμών που αναπτύσσονται μέσα στο σώμα.
Μερικοί οργανισμοί εμφανίζουν τυχαίες μεταλλάξεις, οι οποίες μπορεί να συμβούν ανά πάσα στιγμή. Άλλοι στην πραγματικότητα προγραμματίζουν σε αντιγονική παραλλαγή. Αυτοί οι οργανισμοί έχουν πρωτεΐνες όπως οι πινακίδες σε ένα από τα αυτοκίνητα του Τζέιμς Μποντ. Μπορούν να ενεργοποιήσουν και να απενεργοποιήσουν τις πρωτεΐνες για να παρουσιάσουν έναν εντελώς διαφορετικό αριθμό πλάκας, σαν να λέγαμε, στο ανοσοποιητικό σύστημα. Καθώς κυκλοφορούν μέσα από τα διαφορετικά επιφανειακά αντιγόνα, ορισμένοι ξενιστές μπορεί να τους αντισταθούν επειδή έχουν εκτεθεί στο παρελθόν, αλλά άλλοι θα είναι ευάλωτοι σε μόλυνση.
Η αντιγονική παραλλαγή μπορεί να συμβεί μέσω ανασυνδυασμού, αναστροφής, διαγραφής και άλλων τεχνασμάτων του DNA. Μερικοί οργανισμοί είναι καλύτεροι σε αυτό από άλλους. Οι ιοί της γρίπης είναι ένα περιβόητο παράδειγμα. αλλάζουν τόσο πολύ που οι άνθρωποι πρέπει να σχεδιάζουν ένα νέο εμβόλιο κάθε χρόνο για να εμβολιάζουν τους ανθρώπους κατά της γρίπης. Ομοίως, ο ιός HIV μεταλλάσσεται πολύ γρήγορα και τυχαία, καθιστώντας δύσκολη την πρόληψη ή τη θεραπεία, επειδή είναι ένας κινούμενος στόχος.