Η καθίζηση με αιθανόλη είναι μια διαδικασία εκχύλισης DNA κατά την οποία αυτό το υλικό εξάγεται από ένα αλμυρό διάλυμα με την προσθήκη αιθανόλης. Το DNA είναι μια διπλή έλικα δύο αρνητικά φορτισμένων σκελετών φωσφορικών σακχάρων, κατά μήκος των οποίων συνδέονται τα νουκλεϊκά οξέα, επομένως θετικά φορτισμένα ιόντα όπως το ασβέστιο ή το νάτριο θα έλκονται στη ραχοκοκαλιά του. Τα ιοντικά άλατα και το DNA διαλύονται εύκολα στο νερό αλλά όχι τόσο εύκολα στην αιθανόλη γιατί και τα δύο απαιτούν έναν πολικό διαλύτη όπως το νερό για να διαχωριστούν. Η προσθήκη αιθανόλης σε ένα αλμυρό διάλυμα, επομένως, προκαλεί το DNA να σφαιροποιηθεί και να καταβυθιστεί από το διάλυμα.
Το DNA είναι ένα πολικό μόριο και, επειδή «το όμοιο διαλύεται όπως», τα πολικά μόρια διαλύονται εύκολα σε πολικούς διαλύτες. Αν και διαλύεται εύκολα στο νερό, το DNA δεν διαλύεται σε λιγότερο πολικό διαλύτη όπως η αιθανόλη. Η αιθανόλη εξακολουθεί να είναι ένα πολικό μόριο, αλλά έχει μια μικρή, μη πολική αλυσίδα άνθρακα. Αυτή η μικρή διαφορά στην πολικότητα επιτρέπει την καθίζηση αιθανόλης με βάση την αδυναμία του DNA να διαλυθεί τόσο εύκολα στην αιθανόλη όσο και στο νερό.
Εάν ένας πειραματιστής προσέθετε αιθανόλη απευθείας σε διάλυμα διαλυμένου DNA σε νερό, το μόριο δεν θα καταβυθιζόταν. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι το DNA θα εξακολουθούσε να περιβάλλεται από πολικά μόρια νερού και πολικές ομάδες σε αιθανόλη που θα μπορούσαν να λειτουργήσουν σαν ασπίδα, διαχωρίζοντας το φορτισμένο DNA από τις αφόρτιστες αλυσίδες άνθρακα της αιθανόλης. Το αλάτι έχει αποδειχθεί ζωτικός παράγοντας στη διαδικασία.
Με την προσθήκη αλατιού σε ένα διάλυμα πριν από την προσθήκη αιθανόλης, το DNA απελευθερώνεται από την εξάρτησή του από το νερό ως ασπίδα πολικότητας. Τα θετικά στοιχεία του αλατιού, τα οποία διασπώνται και είναι ελεύθερα επιπλέοντα θετικά φορτισμένα ιόντα στο νερό, έλκονται έντονα από το αρνητικό φορτίο στο DNA. Αυτή η έλξη αλατιού προκαλεί το DNA να έλκεται από αυτά τα ιόντα παρά από τη θετική πολικότητα των μορίων του νερού, επιτρέποντάς του να απομακρυνθεί εύκολα από το νερό όταν προστίθεται ένας λιγότερο πολικός διαλύτης όπως η αιθανόλη.
Επιτρέποντας στο ασβέστιο ή άλλα θετικά φορτισμένα ιόντα να έλκονται στο DNA και στη συνέχεια κατακρημνίζοντας το αλάτι από το διάλυμα μειώνοντας την περιεκτικότητα σε νερό με την προσθήκη αιθανόλης, παρέχεται στους επιστήμονες μια μέθοδος μέσω της οποίας μπορεί να εξαχθεί το DNA από το διάλυμα. Πολλές μελέτες βασίζονται στην απομόνωση και την επεξεργασία του DNA για γενετικές οθόνες και έκφραση πρωτεϊνών, έτσι πολλοί πειραματιστές πιστεύουν ότι η καθίζηση αιθανόλης έχει αποδειχθεί ένα ανεκτίμητο επιστημονικό εργαλείο.