Οι κοινές μορφές σάλτσας σόγιας που διατίθενται στην αγορά παρασκευάζονται με σιτάρι, ένα προβληματικό συστατικό για όσους υποφέρουν από δυσανεξία στη γλουτένη και κοιλιοκάκη. Μια σάλτσα σόγιας χωρίς γλουτένη χρησιμοποιεί ρύζι αντί για σιτάρι για να αποφύγει την πρωτεΐνη γλουτένης και αυτό το συστατικό παρασκευάζεται μαζί με σόγια, νερό και αλάτι. Η πιστοποίηση μιας σάλτσας σόγιας χωρίς γλουτένη διασφαλίζει ότι κάθε συστατικό της σάλτσας σόγιας έχει υποστεί επεξεργασία χωρίς σιτάρι ή άλλα συστατικά που περιέχουν γλουτένη. Όταν τα προϊόντα υποβάλλονται σε επεξεργασία με συστατικά που περιέχουν γλουτένη, όπως το σιτάρι και η σίκαλη, μπορεί να εμφανιστεί διασταυρούμενη μόλυνση και να παρουσιάσει προβλήματα σε όσους υποφέρουν από δυσανεξία στη γλουτένη.
Οι παραδοσιακές μέθοδοι παρασκευής σάλτσας σόγιας χρησιμοποιούν σόγια και σιτάρι σε συνδυασμό με νερό και αλάτι, το οποίο στη συνέχεια εμφιαλώνεται και χρησιμοποιείται ως κοινό καρύκευμα στα ασιατικά τρόφιμα. Δεδομένου ότι το σιτάρι περιέχει γλουτένη, μια δύσπεπτη πρωτεΐνη που βρίσκεται στο σιτάρι, πολλά άτομα με δυσανεξία στη γλουτένη και κοιλιοκάκη δεν μπορούν να καταναλώσουν παραδοσιακή σάλτσα σόγιας. Η σάλτσα σόγιας χωρίς γλουτένη αντικαθιστά συχνά το συστατικό του σιταριού με λευκό ή καστανό ρύζι και διατηρεί όλα τα άλλα συστατικά ίδια. Το ρύζι είναι φυσικά χωρίς γλουτένη και επιτρέπει σε όσους είναι ευαίσθητοι στη γλουτένη να απολαμβάνουν το καρύκευμα σε τρόφιμα όπως σούσι, σπρινγκ ρολς και διάφορα άλλα ασιατικά πιάτα.
Κάθε συστατικό μιας σάλτσας σόγιας χωρίς γλουτένη πρέπει να είναι πιστοποιημένο χωρίς γλουτένη από ανεξάρτητο ή αναγνωρισμένο από την κυβέρνηση οργανισμό για την υγεία και την ασφάλειά του. Κάθε συστατικό πρέπει να υποβάλλεται σε επεξεργασία σε εγκαταστάσεις με αυστηρούς κανονισμούς σχετικά με τη γλουτένη. οι εγκαταστάσεις δεν πρέπει να επεξεργάζονται συστατικά που μπορεί να περιέχουν γλουτένη, όπως σιτάρι, κριθάρι και σίκαλη. Εάν ένα συστατικό σε μια σάλτσα σόγιας υποβληθεί σε επεξεργασία με αυτά τα συστατικά, η πρωτεΐνη γλουτένης μπορεί να μολυνθεί και να προσκολληθεί στα φυσικά τρόφιμα χωρίς γλουτένη. Η διαδικασία πιστοποίησης βοηθά τους καταναλωτές να επιλέξουν με σιγουριά μια σάλτσα σόγιας χωρίς γλουτένη, γνωρίζοντας ότι κάθε συστατικό είναι απαλλαγμένο από την πιθανότητα μόλυνσης από γλουτένη.
Ένα είδος σάλτσας σόγιας που ονομάζεται tamari είναι συχνά χωρίς γλουτένη, αλλά δεν είναι πάντα πιστοποιημένο ως χωρίς γλουτένη και δεν είναι απαραίτητα απαλλαγμένο από συστατικά που περιέχουν γλουτένη. Είναι σημαντικό να ελέγχετε προσεκτικά την ετικέτα κάθε σάλτσας σόγιας για να βεβαιωθείτε ότι δεν περιέχει σιτάρι ή παράγωγα σιταριού, εάν προσπαθείτε να αποφύγετε τη γλουτένη. Η βιολογική σάλτσα σόγιας δεν είναι επίσης απαλλαγμένη από μόλυνση από γλουτένη, καθιστώντας σημαντικό να διαβάζετε πάντα τις διατροφικές ετικέτες του προϊόντος. Αν και η σάλτσα σόγιας χωρίς γλουτένη είναι ασφαλέστερη για όσους έχουν δυσανεξία στη γλουτένη, η υψηλή ποσότητα νατρίου στη σάλτσα σόγιας δεν σημαίνει απαραίτητα ότι είναι υγιεινή τροφή.