Ο έλεγχος μισθοδοσίας είναι μια επιθεώρηση των αρχείων μισθοδοσίας από τρίτο μέρος. Ο έλεγχος μπορεί να διεξαχθεί για διάφορους λόγους, που κυμαίνονται από την επιθυμία να επιβεβαιωθεί εσωτερικά ότι οι πληροφορίες μισθοδοσίας είναι σωστές έως μια επιθεώρηση εκ μέρους μιας ασφαλιστικής εταιρείας για τον προσδιορισμό του κατάλληλου ποσού του ασφαλίστρου για την ασφάλιση αποζημίωσης εργαζομένων. Συνιστάται ο τακτικός εσωτερικός έλεγχος, ειδικά σε μεγάλες εταιρείες, για να διασφαλιστεί ότι τα αρχεία είναι ακριβή και καλά διατηρημένα και για τον εντοπισμό προβλημάτων πριν προκύψουν σε εξωτερικό έλεγχο.
Σε έναν έλεγχο μισθοδοσίας, ο ελεγκτής επιθεωρεί όλη την τεκμηρίωση που σχετίζεται με τη μισθοδοσία, επαληθεύοντας ότι είναι σωστή και αναζητά σημάδια ζητημάτων όπως υπαλλήλους με ελλιπές ιστορικά μισθοδοσίας, κρατήσεις που δεν αντιστοιχούν στις εισφορές κ.λπ. Ο ελεγκτής προσδιορίζει επίσης ποια μέλη της εταιρείας είναι υπεύθυνα για το χειρισμό των διαδικασιών μισθοδοσίας και εξετάζει το πρωτόκολλο της εταιρείας για τη διαχείριση μισθοδοσίας για να εντοπίσει προβληματικές περιοχές και να ελέγξει τους υπαλλήλους για να επιβεβαιώσει ότι χρησιμοποιούν το πιο πρόσφατο πρωτόκολλο.
Για έναν εσωτερικό έλεγχο, οι εταιρείες μπορούν να χρησιμοποιήσουν το δικό τους προσωπικό ή να προσλάβουν μια υπηρεσία ελέγχου και να ζητήσουν τη διενέργεια του ελέγχου. Η χρήση τρίτου μέρους μπορεί να διασφαλίσει ότι τα αποτελέσματα του ελέγχου μισθοδοσίας έχουν μεγαλύτερη ακεραιότητα, επειδή ένα τρίτο μέρος δεν θα πρέπει να έχει καμία σύγκρουση συμφερόντων που θα μπορούσε να αλλοιώσει τα αποτελέσματα του ελέγχου. Τα αποτελέσματα εσωτερικού ελέγχου μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να γίνουν πιο αυστηρές οι διαδικασίες, να επιβεβαιωθεί ότι οι εργαζόμενοι ακολουθούν το πρωτόκολλο και να εντοπιστούν περιοχές όπου ενδέχεται να συμβαίνουν ακατάλληλες δραστηριότητες.
Εξωτερικοί έλεγχοι ενδέχεται να ζητηθούν από τις φορολογικές αρχές και τις ασφαλιστικές εταιρείες. Σε αυτές τις περιπτώσεις, η οντότητα που ζητά τον έλεγχο χειρίζεται τον έλεγχο ή προσλαμβάνει έναν ελεγκτή για να κάνει τον έλεγχο μισθοδοσίας. Οι εταιρείες πρέπει να γνωρίζουν ότι η άρνηση ενός ελέγχου θεωρείται γενικά ως παραδοχή ενοχής. Ακόμα κι αν τίποτα δεν είναι λάθος, όταν τελικά πραγματοποιηθεί ο έλεγχος, τα αρχεία θα ελέγχονται για τυχόν σημάδια παραβίασης. Συνιστάται η συνεργασία και η διατήρηση νομικών συμβούλων για να μάθετε περισσότερα σχετικά με τα έγγραφα που πρέπει να παραδοθούν στον ελεγκτή και πώς λειτουργεί η διαδικασία ελέγχου.
Το αποτέλεσμα ενός εξωτερικού ελέγχου μπορεί να ποικίλλει, ανάλογα με το γιατί παραγγέλθηκε και ποια ήταν τα αποτελέσματα. Μια ασφαλιστική εταιρεία, για παράδειγμα, μπορεί να προσαρμόσει το ποσό του ασφαλίστρου με βάση τον έλεγχο. Εάν ένας έλεγχος μισθοδοσίας αποκαλύψει ότι μια εταιρεία κάνει πράγματα όπως εισπράττει φορολογικές εισφορές και δεν υποβάλλει τα κεφάλαια στην κυβέρνηση, η εταιρεία θα αντιμετωπίσει νομικές κυρώσεις.