Ο ανθρώπινος εγκέφαλος αποτελείται από τέσσερις κύριες περιοχές: το στέλεχος του εγκεφάλου, την παρεγκεφαλίδα, το διαφράγμα και τον εγκέφαλο. Βρίσκεται κοντά στο κέντρο του εγκεφάλου, το διησεφαλόν αποτελείται από τον υποθάλαμο, τον θάλαμο και τον επιθάλαμο. Από τα τρία τμήματα που απαρτίζουν το νευροκέφαλο, ο επιθήλαμος είναι ο ραχιαίος, ή ο πιο μακρινός προς τα πίσω. Όσον αφορά τη λειτουργία, ο επιθήλαμος είναι υπεύθυνος για τη σύνδεση του λυμβικού συστήματος με τον υπόλοιπο εγκέφαλο, καθώς και για τη ρύθμιση των ορμονών που εκκρίνονται από την επίφυση.
Κοιτάζοντας μια πλάγια όψη του ανθρώπινου εγκεφάλου, ο επιθήλαμος βρίσκεται ακριβώς πάνω από τον επιμήκη μυελό και την υπόφυση. Ακολουθώντας τη διαδρομή του νωτιαίου μυελού στο κρανίο, ο μυελός μεταβαίνει στον εγκέφαλο μέσω της επιμήκης μυελού, καταλήγοντας στο κάτω τμήμα του μεσαίου εγκεφάλου. Ακριβώς πάνω και λίγα εκατοστά μπροστά, στηρίζεται η υπόφυση σε έναν οριζόντιο άξονα με τα μάτια και τα αυτιά. Εκτείνεται τόσο στον επιμήκη μυελό όσο και στην υπόφυση είναι ο επιθήλαμος και τα συναφή συστατικά του.
Οι δομές μέσα στον επιθάλαμο περιλαμβάνουν το habenula, το stria medularis και το κωνοειδές σώμα ή τον επίφυση. Οι ερευνητές δεν κατανοούν πλήρως όλες τις λειτουργίες των διαφόρων δομών μέσα στον επιθήλαμο, αν και ορισμένες λειτουργίες είναι εμφανείς. Για παράδειγμα, οι ερευνητές γνωρίζουν ότι η επίφυση, που βρίσκεται στο πίσω μέρος του επιθαλάμου, είναι υπεύθυνη για τη ρύθμιση των κιρκαδικών ρυθμών. Η μελατονίνη, η ορμόνη που είναι υπεύθυνη για την υπνηλία, εκκρίνεται από την επίφυση στον άνθρωπο και στα θηλαστικά για να προκαλέσει φυσιολογικούς κύκλους ύπνου.
Γνωστό ως «τρίτο μάτι», το επίφυση συμμετέχει επίσης σε άλλες λειτουργίες του σώματος. Όχι μεγαλύτερη από έναν κόκκο ρυζιού, η παραγωγή μελατονίνης από τον μικροσκοπικό επίφυση εμποδίζει επίσης τη σεξουαλική ανάπτυξη τόσο στους ανθρώπους όσο και στα ζώα μέχρι την εφηβεία. Τα συναισθήματα και ορισμένα κινητικά μονοπάτια επηρεάζονται επίσης, λόγω της στενής ομοιότητας μεταξύ της μελατονίνης και της σεροτονίνης.
Δίπλα στην επίφυση βρίσκεται η αμπενούλα, γνωστή και ως πυρήνας του τριχώματος. Οι επιστήμονες πιστεύουν ότι το habenula συμμετέχει στη ρύθμιση της πρόσληψης θρεπτικών συστατικών και νερού από το σώμα. Επιπλέον, η έρευνα δείχνει ότι το habenula περιέχει συγγενείς ή αισθητηριακές ίνες, που συνδέουν τη ραβδωτή ριβία με άλλα μέρη του εγκεφάλου που εμπλέκονται στην απελευθέρωση σεροτονίνης, ντοπαμίνης και νορεπινεφρίνης.
Προχωρώντας προς τα πίσω προς τους μη πυρήνες της κοιλότητας είναι η ραβδώσεις του θαλάμου. Λίγα είναι γνωστά για το stria medularis, εκτός από το ότι είναι μια δέσμη από απομακρυσμένες ή αισθητηριακές εξόδους, νευρικές ίνες δομημένες ώστε να σχηματίζουν μια κορυφογραμμή μεταξύ του θαλάμου και του επιθαλάμου. Ορισμένες βάσεις δεδομένων ανατομίας απαριθμούν το stria medularis ως μέρος του θαλάμου, ενώ άλλες τον αναφέρουν ως μέρος του επιθαλάμου.