Ένα φυλογενετικό λείψανο είναι ένα όργανο του σώματος που έχει χάσει την πραγματική του χρήση και εξακολουθεί να υπάρχει μόνο επειδή δεν υπάρχει ιδιαίτερα ισχυρή πίεση επιλογής ενάντια στην ύπαρξή του. Ένα κοινό παράδειγμα στους ανθρώπους είναι το παράρτημα. Η σκωληκοειδής απόφυση πιστεύεται ότι είναι ένα φυλογενετικό λείψανο ενός σωματικού οργάνου που υπάρχει σε πολλά φυτοφάγα ζώα που ονομάζεται τυφλό, το οποίο περιέχει ειδικά βακτήρια για την πέψη της κυτταρίνης, του σκληρού υλικού των φυτών. Στην ανθρώπινη σκωληκοειδή απόφυση λείπουν αυτά τα βακτήρια, επομένως οι άνθρωποι δεν μπορούν να αφομοιώσουν την κυτταρίνη.
Η επίφυση κάποτε πιστευόταν ότι ήταν φυλογενετικό λείψανο, μέχρι τη δεκαετία του 1960, όταν ανακαλύφθηκε ότι παρήγαγε μελατονίνη, μια ορμόνη που ρυθμίζει τους κιρκάδιους ρυθμούς. Η μοναδικότητα και η μυστηριώδης φύση της επίφυσης έκανε τον Ρενέ Ντεκάρτ να τον αποκαλέσει «έδρα της ψυχής», ένα σωματικό όργανο που συνέδεε τους ανθρώπους με τον Θεό, αν και δεν έχουμε δει αυτή τη θεωρία να προωθείται πρόσφατα στα περιοδικά βιολογίας.
Μερικές φορές ο όρος φυλογενετικό λείψανο χρησιμοποιείται επίσης για να περιγράψει είδη που δεν έχουν κανένα σύγχρονο ξάδερφο είδος και έχουν περισσότερα κοινά με τα είδη που έζησαν εκατοντάδες εκατομμύρια χρόνια πριν από τα σημερινά. Αυτά περιλαμβάνουν τα κυκάδια, το πέταλο καβούρι και τη διάσημη κοελακάνθη, που αρχικά πιστευόταν ότι είχε εξαφανιστεί για δεκάδες εκατομμύρια χρόνια, η οποία αλιεύτηκε στα ανοικτά των ακτών της Αφρικής το 1938. Αυτά τα είδη έχουν αλλάξει ελάχιστα κατά τη διάρκεια εκατοντάδων εκατομμυρίων χρόνια. Τα φυλογενετικά λείψανα αναφέρονται επίσης μερικές φορές ως ζωντανά απολιθώματα.
Το Vampire Squid, ή Vampyroteuthis infernalis, που σημαίνει «καλαμάρι βαμπίρ από την κόλαση», είναι ένας μικρός βελούδινος μαύρος οργανισμός που κατοικεί βαθιά στον ωκεανό. Δεν είναι ούτε καλαμάρι ούτε χταπόδι αλλά φυλογενετικό λείψανο ενός σε μεγάλο βαθμό εξαφανισμένου φύλου. Το tuatara, ένας τύπος ερπετού, έχει έναν εξαιρετικά ανεπτυγμένο κωνοειδή αδένα, με μέσο επίφυση, παράφυση και επίφυση, σε μεγάλη αντίθεση με τον ομοιογενή επίφυση αδένα μας, γεγονός που υποδηλώνει ότι η επίφυση είναι πράγματι εν μέρει λείψανο παρά το μικρό του ορμονικός ρόλος στον άνθρωπο. Στοιχεία όπως αυτό μας επιτρέπουν να εκτιμήσουμε εάν ένα συγκεκριμένο όργανο ή είδος είναι φυλογενετικό λείψανο ή όχι.
Σε ένα σημείο ή στο άλλο, οι βιολόγοι έχουν υποστηρίξει διάφορους καρχαρίες, τρωκτικά, καρκινοειδή, φυτά και πολλά άλλα ως φυλογενετικά λείψανα. Ένα καρκινοειδές, το Neoglyphea neocaledonica, μοιάζει με μια παράξενη διασταύρωση γαρίδας και αστακού. Υπάρχουν πολλά άλλα ενδιαφέροντα ζωντανά απολιθώματα που μπορείτε να βρείτε αν κάνετε μια αναζήτηση στο διαδίκτυο για τον όρο.