Για κάθε είδος καλλιέργειας που ένας αγρότης θέλει να καλλιεργηθεί βιολογικά, χωρίς τη βοήθεια χημικών λιπασμάτων ή φυτοφαρμάκων, παρουσιάζεται ένα διαφορετικό σύνολο δυσκολιών. Η παραγωγή μιας κερδοφόρας απόδοσης βιολογικής πατάτας, για παράδειγμα, είναι πιθανό να απαιτεί περισσότερο χρόνο και χρήμα πριν από την αγορά και υψηλότερη τιμή στο σταμπλό από εκείνα που καλλιεργούνται με συμβατικά μέσα. Η απόσβεση είναι τα λαχανικά που δεν έχουν δυνητικά επιβλαβείς τοξίνες για τους ανθρώπους και τη γη τους.
Το Κέντρο Ολοκληρωμένων Αγροτικών Συστημάτων στο Πανεπιστήμιο του Ουισκόνσιν διαπίστωσε κατά τη διάρκεια μιας μελέτης του 1990 για βιολογικές πατάτες ότι αυτές που καλλιεργήθηκαν με χημικά φυτοφάρμακα, ζιζανιοκτόνα και λιπάσματα καθώς και γενετικά τροποποιημένους σπόρους, είχαν υψηλότερες αποδόσεις και μικρότερο κόστος. Σε ένα χρόνο, οι συμβατικές φάρμες της μελέτης απέδωσαν περίπου 32,800 λίβρες. (σχεδόν 15,000 κιλά) ανά στρέμμα πατάτας, ενώ τα βιολογικά αγροκτήματα απέδωσαν περίπου 21,200 λίβρες. (σχεδόν 10,000 κιλά) ανά στρέμμα. Επίσης, τα αγροκτήματα βιολογικής πατάτας ήταν ελαφρώς πιο ακριβά στη λειτουργία τους, με μέσες τιμές στα 1,074 δολάρια ΗΠΑ (USD) ανά στρέμμα, σε αντίθεση με τα 928 δολάρια (USD) ανά στρέμμα για τα συμβατικά αγροκτήματα. Για να ανταγωνιστεί, η UW σημείωσε ότι οι παραγωγοί βιολογικών προϊόντων έπρεπε να αυξήσουν δραματικά τις τιμές για να δικαιολογήσουν την εργασία τους.
Το πρόσθετο κόστος και ο χρόνος που σχετίζεται με την καλλιέργεια βιολογικών πατατών περιλαμβάνει διάφορους παράγοντες. Αντί να χρησιμοποιούν χημικά λιπάσματα ή ζιζανιοκτόνα για την καταστολή των ασθενειών της πατάτας, οι αγρότες πρέπει να φυτεύουν σε χωράφια που παρήγαγαν καλαμπόκι ή μηδική το προηγούμενο έτος για να αποτρέψουν ορισμένες ασθένειες. Οι αγρότες πρέπει να μαζεύουν τα ζιζάνια με το χέρι ή να χρησιμοποιούν μη χημικά φάρμακα που σκοτώνουν τα ζιζάνια, αντί να πνίγουν ζιζάνια με ζιζανιοκτόνα.
Ίσως η μεγαλύτερη απειλή για τις βιολογικές πατάτες είναι τα πολλά παράσιτα που προσελκύονται από αυτές. Συνήθως, οι αγρότες χρησιμοποιούν δυνητικά επιβλαβή εντομοκτόνα για να αποκρούσουν τα ζωύφια που έλκονται περισσότερο από τα φυτά. Σύμφωνα με το Τμήμα Εντομολογίας του Πανεπιστημίου του Κεντάκι, αυτά τα σφάλματα μπορούν να χωριστούν σε δύο λόγους. Οι επίγειες απειλές είναι οι μικροσκοπικές αφίδες, τα φυλλοβόλα πατάτας και τα σκαθάρια της πατάτας. Κάτω από το έδαφος υπάρχουν οι εξίσου καταστροφικές λευκές γρίλιες και καφέ συρμάτινα σκουλήκια. Αυτές είναι απλώς οι πιο διαδεδομένες απειλές σε αυτό το μέρος του κόσμου.
Οι βιολογικές πατάτες απαιτούν ειδικά λιπάσματα, εντομοκτόνα, διαχείριση υγρασίας και αμειψισπορά για να παράγουν εμπορεύσιμη απόδοση. Αυτό είναι επίσης πιθανό να σημαίνει περισσότερο χρόνο για την εξάλειψη παρασίτων και ασθενειών. Ωστόσο, το υψηλότερο κόστος στην αγορά μεταφράζεται σε ένα πιο υγιεινό έδαφος στο οποίο αναπτύσσονται τα φυτά – και μια πιο υγιεινή τροφή στο τραπέζι.