Οι βιολογικοί παράγοντες είναι ιοί, βακτήρια και μύκητες που έχουν πιθανές εφαρμογές στον βιολογικό πόλεμο ή τη βιοτρομοκρατία. Ένα ευρύ φάσμα μολυσματικών παραγόντων θα μπορούσε ενδεχομένως να αναπτυχθεί ως βιολογικοί παράγοντες, και πολλά έθνη έχουν πραγματοποιήσει εκτεταμένα ερευνητικά προγράμματα για τον εντοπισμό τέτοιων παραγόντων και την ανάπτυξη μεθόδων απόκρισης σε βιολογικές επιθέσεις. Όπως τα πυρηνικά όπλα και οι χημικοί παράγοντες, οι βιολογικοί παράγοντες θεωρούνται όπλα μαζικής καταστροφής.
Διάφορα χαρακτηριστικά διακρίνουν έναν βιολογικό παράγοντα από έναν συνηθισμένο μολυσματικό οργανισμό ή οργανισμό που προκαλεί ασθένειες. Οι βιολογικοί παράγοντες είναι συχνά θανατηφόροι και είναι ιδιαίτερα αποτελεσματικοί, ακόμη και σε μικρές ποσότητες. Είναι επίσης εξαιρετικά δύσκολο να σκοτωθούν και μπορούν να διασκορπιστούν ευρέως και γρήγορα σε μια μεγάλη περιοχή. Μπορούν να δράσουν με μεγάλη ποικιλία τρόπων. Μερικά απελευθερώνουν τοξίνες που σκοτώνουν ανθρώπους και ζώα, ενώ άλλα επιτίθενται στο σώμα με κάποιο τρόπο, προκαλώντας βλάβη στο νευρικό σύστημα, οξεία αιμορραγία, πνευμονικά προβλήματα, διάρροια και άλλα συμπτώματα.
Υπάρχουν πολλές ανησυχίες σχετικά με τους βιολογικούς παράγοντες. Το πρώτο είναι ότι η απελευθέρωση βιολογικών οργανισμών είναι πολύ δύσκολο να ελεγχθεί. Εάν ένας τρομοκράτης απελευθέρωσε άνθρακα σε μια χώρα, για παράδειγμα, θα μπορούσε να εξαπλωθεί γρήγορα σε γειτονικές περιοχές ή να μεταφερθεί ακόμη πιο μακριά από το jet stream. Οι βιολογικοί παράγοντες επίσης δεν κάνουν διάκριση μεταξύ αμάχων, στρατιωτών, φίλων και εχθρών και μπορούν να προκαλέσουν σοβαρές μακροπρόθεσμες ζημιές, όπως μόλυνση της ξηράς και των πλωτών οδών.
Πολλά έθνη έχουν υπογράψει συνθήκες στις οποίες συμφώνησαν να απόσχουν από τη χρήση βιολογικών παραγόντων στον πόλεμο και να καταστρέψουν τα αποθέματα τέτοιων παραγόντων. Ωστόσο, τα ερευνητικά προγράμματα για τους βιολογικούς παράγοντες εξακολουθούν να ευδοκιμούν σε πολλά έθνη, με το επιχείρημα ότι οι άνθρωποι πρέπει να είναι προετοιμασμένοι για τη σκόπιμη ή τυχαία απελευθέρωση ενός βιολογικού παράγοντα. Η ασφάλεια και η ασφάλεια ορισμένων προγραμμάτων έχει αμφισβητηθεί, ειδικά μετά τις αποκαλύψεις για κλεμμένο βιολογικό υλικό που προήλθε από εργαστήρια στη Ρωσία στα τέλη του 20ού αιώνα.
Ενώ η διεθνής κοινότητα έχει συμφωνήσει ότι η χρήση βιολογικών παραγόντων πρέπει να απαγορευτεί, οι τρομοκράτες δεν έχουν υπογράψει τέτοια συμφωνία και αυτό προκαλεί μεγάλη ανησυχία. Μερικοί βιολογικοί παράγοντες είναι πολύ εύκολο να αποκτηθούν και να καλλιεργηθούν, με τα εργαστήρια σε όλο τον κόσμο να παρέχουν ελεύθερα βιολογικά υλικά για έρευνα. Ως αποτέλεσμα, οι τρομοκράτες θα μπορούσαν εύκολα να εξαπολύσουν επίθεση με βιολογικούς παράγοντες σε μια περιοχή στόχο της επιλογής τους. Τα αντιτρομοκρατικά προγράμματα σε όλο τον κόσμο διαθέτουν ειδικές μονάδες για την παρακολούθηση των πωλήσεων διάφορων δυνητικά επικίνδυνων οργανισμών, και αυτά τα προγράμματα ελέγχουν επίσης την ασφάλεια εργαστηρίων σε νόμιμα εργαστήρια και πραγματοποιούν έλεγχο ρουτίνας για βιολογικούς παράγοντες σε ανθρώπους και αγαθά που διασχίζουν διεθνή σύνορα.