Τα χολικά άλατα που παράγονται στο ήπαρ από εξειδικευμένα κύτταρα που ονομάζονται ηπατοκύτταρα, αποτελούν περίπου το 10 τοις εκατό της χολής. Είναι ιονισμένα χολικά οξέα, μια μορφή που τα κάνει πιο ενεργά στην πέψη του λίπους. Μόλις ιονιστούν, τα μόρια του χολικού άλατος έχουν μια υδρόφιλη πλευρά – το νερό αγαπά – και μια άλλη που είναι υδρόφοβη – το νερό που μισεί. Αυτό επιτρέπει στα μόρια να περιβάλλουν τα σταγονίδια λίπους στο λεπτό έντερο και να τα εμποδίσουν να συσσωρευτούν για να σχηματίσουν μεγάλες σφαίρες λίπους. Αν δεν υπήρχαν χολικά άλατα, τα λίπη θα περνούσαν από το σώμα σε μεγάλο βαθμό άπεπτα.
Μόλις παραχθούν, αυτά τα άλατα ρέουν μέσω των χοληφόρων αγωγών στο ήπαρ στον κοινό χολικό πόρο που συνδέει το συκώτι, τη χοληδόχο κύστη και το λεπτό έντερο. Από εδώ, είτε ρέουν στα έντερα είτε αποθηκεύονται στη χοληδόχο κύστη, ανάλογα με το στάδιο της πεπτικής διαδικασίας. Όταν υπάρχει τροφή στα έντερα, η χολή ρέει μέσω ενός σφιγκτήρα μεταξύ του κοινού χολικού πόρου και των εντέρων για να βοηθήσει πέψη των λιπών. Εάν δεν υπάρχει τροφή στα έντερα, η χολή αποθηκεύεται και συγκεντρώνεται στη χοληδόχο κύστη.
Η κύρια λειτουργία των χολικών αλάτων είναι η γαλακτωματοποίηση των λιπών στο λεπτό έντερο. Ενεργώντας με τον ίδιο τρόπο όπως τα απορρυπαντικά, τα χολικά άλατα διασπούν τα λίπη από τα τρόφιμα σε μικρότερα σωματίδια. Περιβάλλουν κάθε σταγονίδιο λίπους με την υδρόφοβη πλευρά στραμμένη προς το σωματίδιο λίπους. Αυτή η δράση της διάσπασης των λιπών σε μικρά σωματίδια αυξάνει τη συνολική επιφάνεια των λιπών που πρόκειται να αφομοιωθούν. Τα σωματίδια λίπους είναι πιο διαθέσιμα στα ένζυμα που θα ολοκληρώσουν την πέψη τους.
Μετά τη χρήση της χολής στα έντερα, τα περισσότερα χολικά άλατα επαναρροφούνται. Επιστρέφονται στο συκώτι και επανεπεξεργάζονται σε νέα άλατα. Έρευνες έχουν δείξει ότι εκτός από τη βοήθεια στην πέψη των λιπών, αυτά τα άλατα μπορεί να λειτουργήσουν ως ορμόνες. Αυτές οι ορμόνες παίζουν ρόλο στη ρύθμιση της χοληστερόλης στο σώμα. Ένας άλλος ρόλος των αλάτων είναι η βοήθεια στη σωστή πέψη και απορρόφηση των λιποδιαλυτών βιταμινών-βιταμινών Α, D, Ε και Κ.
Οι άνθρωποι που έχουν αφαιρέσει τη χοληδόχο κύστη δεν έχουν πλέον το σημείο όπου αποθηκεύεται η χολή, συμπυκνώνεται και διατίθεται για πέψη. Το ήπαρ εξακολουθεί να εκκρίνει χολή, αλλά χωρίς τη χοληδόχο κύστη, οι φυσιολογικές πεπτικές διαδικασίες μπορεί να διαταραχθούν. Μπορεί να υπάρχει περίσσεια εντερικής χολής κατά καιρούς ή όχι αρκετή σε άλλες. Συμπληρώματα χολικού αλατιού μπορούν να ληφθούν με τα γεύματα για να βοηθήσουν στην πέψη υγιών λιπών. η έλλειψη χολής μπορεί να προκαλέσει δυσκοιλιότητα.