Τα έγγραφα εργασίας ελέγχου αντιπροσωπεύουν τα έγγραφα που συντάσσονται και κατατίθενται από τους ελεγκτές ως αποδεικτικά στοιχεία της διαδικασίας ελέγχου. Τα έγγραφα θα περιλαμβάνουν τυπικές πληροφορίες που απαιτούνται συχνά από τα εθνικά πρότυπα ελέγχου για να αποδεικνύεται ότι οι έλεγχοι σχεδιάστηκαν σωστά και πραγματοποιήθηκαν με επαρκή επίβλεψη, ότι τα βήματα επιτόπιας εργασίας ήταν κατάλληλα και ακολουθήθηκαν αναλόγως, και υπάρχουν επαρκή στοιχεία για την υποστήριξη της ελεγκτικής γνώμης. Οι περισσότερες λογιστικές εταιρείες θα διατηρούν το έγγραφο εργασίας ελέγχου επ’ αόριστον. Οποιαδήποτε νομική ενέργεια προκύψει ως αποτέλεσμα ενός ελέγχου μπορεί να απαιτήσει από την εταιρεία να αποδείξει ότι η διαδικασία ελέγχου της είναι επαρκής και κατάλληλη. Μπορούν να συμπεριληφθούν και άλλα έγγραφα με τα τυπικά έγγραφα εργασίας.
Όλοι οι έλεγχοι θα ακολουθήσουν ένα συγκεκριμένο σχέδιο πριν από τη φάση της επιτόπιας εργασίας. Τα λογιστικά ή/και ελεγκτικά γραφεία πρέπει να παρουσιάζουν πληροφορίες στους πελάτες σχετικά με το προτεινόμενο σχέδιο ελέγχου. Το σχέδιο θα υπαγορεύσει το μέγεθος και το εύρος του άρθρου για να διασφαλίσει ότι οι ελεγκτές θα επιλέξουν ένα κατάλληλο δείγμα λογιστικών εγγράφων. Τα έγγραφα σχεδιασμού συχνά περιγράφουν λεπτομερώς τα βήματα που έγιναν για την επιλογή ενός δείγματος, καθώς αυτό είναι ένα κρίσιμο μέρος της διαδικασίας σχεδιασμού ελέγχου. Η αποτυχία παροχής πληροφοριών σχετικά με τη διαδικασία δειγματοληψίας μπορεί να έχει ως αποτέλεσμα την αδυναμία να αποδειχθεί γιατί οι ελεγκτές θεώρησαν ότι το δείγμα τους ήταν μια αντιπροσωπευτική εικόνα των λογιστικών πληροφοριών του πελάτη.
Οι έλεγχοι πρέπει να έχουν επαρκή εποπτεία από επικεφαλής ελεγκτή ή συνεργάτη της λογιστικής εταιρείας. Οι περισσότεροι έλεγχοι απαιτούν από τον επόπτη να υπογράψει όλα τα έγγραφα εργασίας ελέγχου. Αυτή η υπογραφή παρέχει διαβεβαίωση ότι όλα τα βήματα που λαμβάνονται για τον σωστό έλεγχο των φύλλων εργασίας, των περιοδικών, των λογιστικών βιβλίων ή άλλων εγγράφων πελατών ακολουθούν τα κατάλληλα πρότυπα ελέγχου. Οι επικεφαλής ελεγκτές μπορεί επίσης να χρειαστεί να λάβουν αποφάσεις σχετικά με την επιλογή ενός δεύτερου δείγματος για δοκιμή ή να γράψουν σημειώσεις σε έγγραφα για να δώσουν μια περαιτέρω εξήγηση σχετικά με μια διαδικασία επιτόπιου ελέγχου. Η αποτυχία παροχής πληροφοριών σχετικά με την επαρκή εποπτεία των ελέγχων μπορεί να ακυρώσει ολόκληρο τον έλεγχο και να υποβάλει τις λογιστικές εταιρείες σε βαριές κυρώσεις. Τα έγγραφα εργασίας ελέγχου που συντάσσονται από άτομα χωρίς εξειδίκευση συνήθως δεν μπορούν να υποστηρίξουν την τελική ελεγκτική γνώμη.
Επειδή η φάση της επιτόπιας εργασίας είναι συχνά το πιο σημαντικό μέρος της διαδικασίας ελέγχου, η μεγάλη πλειονότητα των εγγράφων εργασίας ελέγχου προέρχεται από αυτή τη διαδικασία. Όλα τα έγγραφα εργασίας που συντάσσονται από ελεγκτές που εργάζονται για τον έλεγχο θα εμπίπτουν σε αυτήν την κατηγορία. Οι περισσότεροι πελάτες θα δημιουργήσουν ένα αντίγραφο των λογιστικών εγγράφων τους για τη χρονική περίοδο που επιλέγουν οι ελεγκτές. Αυτά τα χαρτιά θα περιέλθουν στη συνέχεια στην ιδιοκτησία της λογιστικής εταιρείας. Οι ελεγκτές θα ελέγξουν αυτά τα έγγραφα για την ακρίβεια και θα δημιουργήσουν ένα αρχείο για να διατηρήσουν αυτά τα έγγραφα στο χώρο αποθήκευσης της λογιστικής εταιρείας. Οι επικεφαλής ελεγκτές συνήθως δημιουργούν ένα αρχείο και παρέχουν μια επισκόπηση των εγγράφων εργασίας ελέγχου για εύκολη εξέταση από άτομα που δεν εργάζονται στον έλεγχο.