Ως «βασικό» σπονδυλωτό σημαίνει ένα σπονδυλωτό στη βάση του οικογενειακού δέντρου των σπονδυλωτών, είτε ένα από τα σπονδυλωτά από τα οποία προήλθαν όλα τα άλλα είτε ένας στενός ξάδερφος του. Μερικά βασικά σπονδυλωτά είναι σπονδυλωτά της βλαστικής ομάδας, που σημαίνει ότι είναι παλαιότερα από τον πρώτο κοινό πρόγονο όλων των ζωντανών ειδών σπονδυλωτών.
Τα σπονδυλωτά, όπως όλα τα άλλα ζώα, είναι εξαιρετικά ηλικιωμένα. Το πρώτο βασικό απολίθωμα σπονδυλωτών είναι πιθανότατα το Yunnanozoon lividum, το οποίο έζησε πριν από 530 εκατομμύρια χρόνια στη σημερινή Κίνα, αν και ορισμένοι ερευνητές διαφωνούν, αποκαλώντας το είδος ημιχορδικό και όχι πραγματικό χορδό (σπονδυλωτό). Ένα άλλο βασικό σπονδυλωτό, το Pikaia gracilens, μοιάζει με ένα σύγχρονο λόγχη. Ένα τρίτο βασικό σπονδυλωτό, το Myllokunmingia, είναι ένα πρωτόγονο ψάρι και ένα από τα πρώτα σπονδυλωτά. Ανάλογα με το άρθρο, την ιστοσελίδα ή το χαρτί, το καθένα αναφέρεται μερικές φορές ως το παλαιότερο σπονδυλωτό.
Είναι ένα μυστήριο ως προς το πώς εξελίχθηκαν αρχικά τα βασικά σπονδυλωτά. Υπάρχει μια γενική συναίνεση ότι η σπονδυλική στήλη είναι χρήσιμη για το κολύμπι, δίνοντας στους μύες κάτι να τραβήξουν ενάντια, δημιουργώντας την κομψή κίνηση σε σχήμα «S» που συνήθως συνδέουμε με τα ψάρια. Το πρώτο σπονδυλωτό μπορεί να ήταν ένα ζώο που κατοικούσε σε ιζήματα που εξέλιξε ένα πιο επίπεδο σώμα για κολύμπι, μια κινητή προνύμφη κάποιου είδους που άρχισε να διατηρεί τα χαρακτηριστικά της προνύμφης της στην ενηλικίωση ή μια σταθερή τροφοδοσία φίλτρου που εξελίχθηκε σε ζώο που κολυμπούσε ελεύθερο. Δεν γνωρίζουμε με βεβαιότητα, γιατί το αρχείο απολιθωμάτων απέχει πολύ από το τέλειο.
Σύμφωνα με μοριακές μελέτες, τα χιτωνοφόρα, γνωστά και ως θαλάσσια squirts, είναι οι πιο στενοί εν ζωή συγγενείς των σπονδυλωτών. Τα χιτωνοφόρα θεωρούνται χορδοειδή, αλλά όχι τα σπονδυλωτά, επειδή έχουν μια νωτιαία χορδή κατά το πρώιμο στάδιο της ανάπτυξής τους. Άλλοι συγγενείς των σπονδυλωτών περιλαμβάνουν τα ημιχορδοειδή, τα οποία περιλαμβάνουν ζώα όπως το σκουλήκι των βελών, και τα εχινόδερμα, τα οποία περιλαμβάνουν αστερίες και συγγενείς.
Όποια και αν ήταν η αιτία της εξέλιξης των βασικών σπονδυλωτών, έγιναν μια πολύ επιτυχημένη ομάδα σχετικά σύντομα. Από το Παλαιοζωικό και μετά, τα ψάρια, τα πολυπληθέστερα σπονδυλωτά, κυριαρχούν σε μεγάλο βαθμό στις θάλασσες. Για την εξέλιξη μεγάλων και εξελιγμένων ζώων της ξηράς, η ραχοκοκαλιά είναι απαραίτητη. Τα ασπόνδυλα ζώα της ξηράς, όπως τα σαλιγκάρια και τα έντομα, δεν έχουν την τάση να μεγαλώνουν πολύ ή να αναπτύσσουν μεγάλο μέρος ενός πολύπλοκου εγκεφάλου.