Το μεσαίο έντερο αναφέρεται στο ενδιάμεσο τμήμα της πεπτικής οδού, που εκτείνεται από την κορυφή του λεπτού εντέρου έως το κατά προσέγγιση μέσο σημείο του παχέος εντέρου. Προηγείται το μπροστινό έντερο, το οποίο περιλαμβάνει το στόμα, τον οισοφάγο, το στομάχι, το συκώτι, το πάγκρεας, τη χοληδόχο κύστη και το ανώτερο τμήμα του δωδεκαδακτύλου, το πρώτο τμήμα του λεπτού εντέρου. Μετά το μεσαίο έντερο έρχεται το οπίσθιο έντερο, το οποίο αποτελείται από ένα τμήμα του εγκάρσιου παχέος εντέρου, τα φθίνουσα και σιγμοειδή κόλον και το ορθό – όλα τα μέρη του παχέος εντέρου. Περιλαμβάνονται στο μεσαίο έντερο τα δύο τελευταία από τα τέσσερα τμήματα του δωδεκαδακτύλου. Αυτά είναι η νήστιδα και ο ειλεός, που είναι επίσης τμήματα του λεπτού εντέρου, και στο παχύ έντερο, το τυφλό, ανιούσα κόλον και τα άνω δύο τρίτα του εγκάρσιου κόλου.
Το μεσαίο έντερο θεωρείται ότι ξεκινά στο δεύτερο τμήμα του δωδεκαδακτύλου, όπου βρίσκονται ο παγκρεατικός πόρος και ο χοληφόρος πόρος και όπου λαμβάνει χώρα μεγάλο μέρος της χημικής διάσπασης των τροφίμων. Βρίσκονται λίγα εκατοστά κάτω από τον πυλωρό, την είσοδο από το στομάχι στο λεπτό έντερο, αυτοί οι αγωγοί βρίσκονται σε αυτό που είναι γνωστό ως το φθίνουσα τμήμα του δωδεκαδακτύλου. Παρέχουν τα ένζυμα μέσω του παγκρεατικού χυμού και της χολής, που παράγονται στο ήπαρ και αποθηκεύονται στη χοληδόχο κύστη κοντά, που διασπούν τα τρόφιμα στα μακροθρεπτικά μέρη του: υδατάνθρακες, λίπη και πρωτεΐνες.
Από εδώ, το μεσαίο έντερο περνά από τα άκρα ή τα κάτω δύο μέρη του δωδεκαδακτύλου και εισέρχεται στην νήστιδα στη μέση του λεπτού εντέρου. Η νήστιδα είναι όπου πολλά από τα θρεπτικά συστατικά που απελευθερώνονται στο δωδεκαδάκτυλο απορροφώνται στα επιθηλιακά κύτταρα στο τοίχωμα του εντέρου, συμπεριλαμβανομένων των σακχάρων γλυκόζη και φρουκτόζη από τους υδατάνθρακες, αμινοξέα από την πρωτεΐνη και αρκετές βιταμίνες και μέταλλα. Τα μη απορροφημένα θρεπτικά συστατικά και το νερό συνεχίζονται μέσω του ειλεού, του επόμενου τμήματος του λεπτού εντέρου. Εδώ απορροφώνται πρόσθετα άπεπτα θρεπτικά συστατικά, συμπεριλαμβανομένης της βιταμίνης Β12, των λιπαρών οξέων και της γλυκερόλης από τη διάσπαση των λιπών, καθώς και τα υποπροϊόντα της πέψης, όπως τα χολικά άλατα.
Κάτω από τη νήστιδα στο μεσαίο έντερο βρίσκεται το τυφλό, το οποίο σηματοδοτεί την έναρξη του παχέος εντέρου, το τμήμα του πεπτικού σωλήνα που είναι υπεύθυνο για την απορρόφηση νερού, αλατιού και λίγων βιταμινών που απομένουν καθώς και την απομάκρυνση των αποβλήτων από το σώμα. Κάμπτοντας απότομα προς τα πάνω από το τυφλό είναι το ανερχόμενο κόλον, το οποίο στη συνέχεια κάνει μια απότομη στροφή 90 μοιρών για να σχηματίσει το εγκάρσιο κόλον. Το εγκάρσιο κόλον είναι λίγο πολύ επίπεδο με τα ανώτερα όρια του μεσαίου εντέρου. Τα πρώτα δύο τρίτα του μήκους του περιλαμβάνονται στο μεσαίο έντερο, ενώ το υπόλοιπο μήκος αποτελεί την αρχή του οπίσθιου εντέρου ακριβώς δίπλα στη σπλήνα.