Οι μηχανικοί σκαφών είναι συνήθως υπεύθυνοι για την εκτέλεση διαγνωστικών και επισκευών σε μια ποικιλία διαφορετικών μηχανικών συστημάτων. Μερικά από τα συστήματα των μηχανικών σκαφών πρέπει να έχουν γνώση για να συμπεριλάβουν εσωτερικούς και εξωλέμβιους κινητήρες, συστήματα μετάδοσης κίνησης, σύνδεσμο διεύθυνσης και ηλεκτρονικά. Ορισμένοι μηχανικοί σκαφών ειδικεύονται στην επισκευή μικρών κινητήρων και έχουν εκτεταμένη γνώση διαφόρων εξωλέμβιων συστημάτων κινητήρων, ενώ άλλοι εργάζονται αποκλειστικά σε μεγάλους, θαλάσσιους κινητήρες αυτοκινήτων. Ένας έμπειρος μηχανικός σκαφών μπορεί επίσης να βρει δουλειά ως μηχανικός πλήρους απασχόλησης σε εμπορικό σκάφος, όπως αλιευτικό σκάφος ή μηχανότρατα.
Υπάρχει ένας αριθμός διαφορετικών μηχανικών συστημάτων που μπορούν να συσχετιστούν με σκάφη, οπότε οι μηχανικοί που εργάζονται σε αυτά μπορεί να διαθέτουν ένα ευρύ φάσμα γνώσεων. Ο κύριος τομέας στον οποίο πολλοί μηχανικοί σκαφών κάνουν το μεγαλύτερο μέρος της δουλειάς τους είναι το σύστημα πρόωσης. Αυτό περιλαμβάνει το σύστημα μετάδοσης κίνησης, μαζί με τον κινητήρα ή τον κινητήρα. Οι εξωλέμβιοι κινητήρες είναι συνήθως ένας ενοποιημένος συνδυασμός ενός μικρού κινητήρα και μιας χαμηλότερης μονάδας που περιέχει τον μηχανισμό κίνησης, αν και σε ορισμένες περιπτώσεις μπορεί να είναι αρκετά μεγάλοι. Κατά την επισκευή εξωλέμβιων, ένας μηχανικός σκάφους μπορεί να είναι υπεύθυνος για τη διόρθωση δύο ή τετράχρονων κινητήρων, τη διάγνωση ηλεκτρικών προβλημάτων και την αντιμετώπιση προβλημάτων του συστήματος καυσίμου.
Ο άλλος κύριος τύπος κινητήρα στον οποίο μπορεί να δουλέψει ένας μηχανικός σκαφών είναι ο εσωτερικός. Σε μικρότερα σκάφη αναψυχής, αυτές είναι συχνά μαριναρισμένες εκδόσεις δημοφιλών κινητήρων αυτοκινήτων. Η εργασία σε έναν από αυτούς τους κινητήρες θαλάσσιου αυτοκινήτου μπορεί να απαιτήσει πολλές από τις ίδιες δεξιότητες με την επισκευή οποιασδήποτε άλλης μηχανής. Ένας μηχανικός σκαφών μπορεί να χρειαστεί να διαγνώσει και να επισκευάσει τα συστήματα ανάφλεξης και καυσίμου, να πραγματοποιήσει τακτική συντήρηση και επίσης να έχει εξειδικευμένη γνώση των μοναδικών συστημάτων ψύξης που χρησιμοποιούν πολλοί από αυτούς τους κινητήρες.
Οι εσωτερικοί κινητήρες μπορούν να χρησιμοποιήσουν έναν άξονα μετάδοσης κίνησης και μια βίδα πρόωσης ή ένα outdrive, οπότε ένας μηχανικός σκάφους μπορεί να χρειαστεί να εργαστεί σε οποιοδήποτε από αυτά τα συστήματα. Το outdrive μοιάζει κάπως με τη χαμηλότερη μονάδα ενός εξωλέμβιου κινητήρα, αν και είναι τοποθετημένο απευθείας στο τραβέρσα ενός σκάφους και τροφοδοτείται από μια εσωτερική. Το ίδιο το outdrive μπορεί να απαιτεί επισκευές ή μπορεί να απαιτείται μηχανικός σκάφους για τη διάγνωση ή τη διόρθωση της σύνδεσης που το συνδέει με τον κινητήρα.
Ένα άλλο σύστημα για το οποίο μπορεί να ευθύνεται η μηχανική των σκαφών είναι η σύνδεση του τιμονιού. Κάθε σκάφος που έχει τιμονιέρα ή πιλοτήριο απαιτεί κάποιου είδους μηχανική σύνδεση ή ηλεκτρονικό σύστημα κίνησης για τον έλεγχο της εξωλέμβιας, του πηδαλίου ή του υπερόπλου. Η διάγνωση προβλημάτων με αυτά τα συστήματα και η επακόλουθη επισκευή τους μπορεί επίσης να είναι ευθύνη ορισμένων μηχανικών σκαφών.