Ένας βιομηχανικός μικροβιολόγος, που μερικές φορές αναφέρεται ως βιοτεχνολόγος, χρησιμοποιεί μικροσκοπικούς οργανισμούς στην παραγωγή και την παραγωγή εμπορεύσιμων προϊόντων για εμπορική χρήση. Αυτή η θέση χρησιμοποιείται στη δημιουργία πολλών κοινών ειδών οικιακής χρήσης, όπως καθαριστικά, αντιβιοτικά και προϊόντα διατροφής. Οι απαιτήσεις εργασίας ποικίλλουν ανάλογα με τη βιομηχανία προσλήψεων και μπορούν να απαιτήσουν από τους εργαζόμενους να πραγματοποιήσουν έρευνα και να αναπτύξουν νέα προϊόντα χρησιμοποιώντας μικροβιακή μηχανική. Οι μικροβιολόγοι απασχολούνται από όλες τις πτυχές της βιομηχανίας τροφίμων, των φαρμακευτικών εταιρειών και των συστημάτων επεξεργασίας αποβλήτων.
Οι οργανισμοί που χρησιμοποιούνται συνήθως σε αυτόν τον τύπο παραγωγής είναι μύκητες, ιοί, πρωτόζωα, βακτήρια και φύκια. Αυτά τα μικρόβια μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη διάσπαση μεγαλύτερων οργανικών υλικών και τη σύνθεση νέων ενώσεων μέσω της φυσικής τους ικανότητας να προκαλούν νέες χημικές αντιδράσεις στα υλικά με τα οποία αλληλεπιδρούν. Ένας βιομηχανικός μικροβιολόγος είναι εκπαιδευμένος να σχεδιάζει αυτές τις αντιδράσεις σε ελεγχόμενο περιβάλλον για διαφορετικούς σκοπούς. Μπορεί επίσης να ασχολείται με την προστασία των προϊόντων από την εισβολή αυτών των οργανισμών. Για παράδειγμα, τα αντιβακτηριακά προϊόντα και τα συντηρητικά έχουν σχεδιαστεί για να εμποδίζουν την ανάπτυξη βακτηρίων σε επιφάνειες και σε ορισμένα τρόφιμα.
Μεταξύ άλλων, οι βιομηχανίες που απασχολούν βιομηχανικό μικροβιολόγο περιλαμβάνουν τη διαχείριση απορριμμάτων, τις ζυθοποιίες, τα αρτοποιεία και τα φαρμακευτικά προϊόντα. Τα φύκια και τα βακτήρια τρέφονται φυσικά με οργανικά περιττώματα και συχνά εισάγονται σε μονάδες επεξεργασίας αποβλήτων για να καθαρίσουν το νερό και να διασπάσουν μεγαλύτερες ποσότητες απορριμμάτων. Η μαγιά είναι η μικροσκοπική μορφή ζωής που είναι υπεύθυνη για τη διαδικασία ζύμωσης που δημιουργεί αλκοολούχο περιεχόμενο μπύρας και μεγάλο μέρος της γεύσης της. Αυτός ο οικιακός οργανισμός είναι επίσης ο λόγος που το ψωμί, τα ρολά και η ζύμη φουσκώνουν όταν αφήνονται να καθίσουν και να ζεσταθούν. Διαφορετικοί τύποι αντιβιοτικών δημιουργούνται μέσω της διαδικασίας ζύμωσης των μικροοργανισμών γνωστών ως ακτινομύκητες.
Αυτοί οι βιοτεχνολόγοι είναι βασικοί στην παραγωγή των περισσότερων εμβολίων. Ένα εμβόλιο δημιουργείται τυπικά με την απομόνωση ορισμένων τμημάτων ιικού DNA και την έγχυση τους σε ένα υγιές άτομο. Το ανοσοποιητικό σύστημα του σώματος αναλύει το ξένο DNA και αρχίζει να παράγει αντισώματα που θα το καταστρέψουν. Όταν ο εμβολιασμένος ασθενής συναντήσει τελικά την πλήρη μορφή του ιού, μέσω πιθανής έκθεσης σε μολυσμένο άτομο, το σώμα του είναι ήδη έτοιμο να αντιμετωπίσει την ασθένεια. Για παράδειγμα, το ιικό στέλεχος της γρίπης αλλάζει εποχιακά και πρέπει να δημιουργείται τακτικά ένα νέο εμβόλιο για την καταπολέμηση κάθε νέου στελέχους καθώς προσβάλλει το γενικό πληθυσμό.
Ένας βιομηχανικός μικροβιολόγος μπορεί να είναι υπεύθυνος για την έρευνα, τον έλεγχο προϊόντων, τον ποιοτικό έλεγχο, την ανάπτυξη προϊόντων και τη γενετική μηχανική. Αυτή η πορεία καριέρας απαιτεί την ολοκλήρωση ενός μεταπτυχιακού τίτλου σπουδών με μαθήματα που εστιάζουν στη βιολογία, τη μικροβιολογία και τη βιοχημεία. Ορισμένες θέσεις εργασίας απαιτούν επίσης οι υποψήφιοι να διαθέτουν μεταπτυχιακό στη μικροβιολογία επίσης, αν και αυτό δεν είναι βιομηχανικό πρότυπο.