Η βακτηριακή ταυτοποίηση είναι μια διαδικασία που χρησιμοποιείται για τον εντοπισμό της ταυτότητας συγκεκριμένων βακτηρίων. Αποτελεί σημαντικό μέρος της ιατρικής θεραπείας, καθώς πολλές θεραπείες εξαρτώνται σε μεγάλο βαθμό από την ταυτότητα του συγκεκριμένου οργανισμού που προκαλεί ένα ιατρικό πρόβλημα, και είναι επίσης σημαντικό μέρος της επιστημονικής έρευνας. Ένας αριθμός τεχνικών χρησιμοποιούνται για την αναγνώριση βακτηρίων και νέες τεχνικές επινοούνται συνεχώς καθώς οι άνθρωποι μαθαίνουν περισσότερα για τα βακτήρια και αναπτύσσεται νέος ιατρικός εξοπλισμός.
Το πρώτο στάδιο της βακτηριακής ταυτοποίησης περιλαμβάνει τη δημιουργία ενός απομονώματος, ενός δείγματος εργασίας των εν λόγω βακτηρίων. Οι απομονώσεις ξεκινούν με ένα μικρό στυλεό των ύποπτων βακτηρίων που λαμβάνονται από έναν ασθενή ή ένα αντικείμενο. Το προϊόν απομόνωσης δημιουργείται με την εύρεση ενός μέσου ανάπτυξης που θα υποστηρίξει τα βακτήρια και την επιτυχή καλλιέργεια αρκετών βακτηρίων για μελέτη. Αυτό μπορεί να είναι μια πραγματική πρόκληση, καθώς τα βακτήρια είναι πολύ επιλεκτικά και δεν θα αναπτυχθούν σε οποιοδήποτε μέσο. Είναι επίσης σημαντικό να αποφύγετε τη μόλυνση του μέσου ανάπτυξης ή του δείγματος, καθώς αυτό μπορεί να προκαλέσει σύγχυση στα αποτελέσματα.
Μόλις ένα βακτήριο έχει καλλιεργηθεί, μπορεί να χρησιμοποιηθεί μια μεγάλη ποικιλία εργαλείων για την παροχή ενδείξεων για την ταυτότητά του. Μία από τις πιο βασικές είναι μια χρώση Gram, η οποία διαιρεί τα βακτήρια σε Gram-θετικά και Gram-αρνητικά βακτήρια με τη χρήση μιας χημικής χρώσης. Άλλοι λεκέδες μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την αύξηση της αντίθεσης, καθιστώντας τα βακτήρια πιο ευδιάκριτα στο μικροσκόπιο. Η οπτική αναγνώριση κάτω από ένα μικροσκόπιο μπορεί συνήθως να επιτευχθεί με οικεία βακτηριακά είδη, ειδικά εκείνα με διακριτικό σχήμα.
Υπάρχουν περισσότερα εργαλεία στο οπλοστάσιο βακτηριακής ταυτοποίησης. Ένας ερευνητής μπορεί να χρησιμοποιήσει ορολογικές μεθόδους, που περιλαμβάνουν την έκθεση ενός δείγματος άγνωστων βακτηρίων σε διάφορα αντισώματα για να δει εάν υπάρχει αντίδραση ή αλληλουχία γονιδίου, στην οποία αποκαλύπτεται ο γενετικός κώδικας ενός βακτηρίου. Η αλληλουχία γονιδίων μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για τη διαφοροποίηση μεταξύ δύο στενά συνδεδεμένων στελεχών βακτηρίων, παρέχοντας πληροφορίες σχετικά με το γιατί ένα στέλεχος ανταποκρίνεται σε μια συγκεκριμένη θεραπευτική αγωγή ενώ ένα άλλο όχι. Μπορούν επίσης να μελετηθούν οι αποκρίσεις σε διάφορες χημικές ουσίες και ερεθίσματα όπως η υπεριώδης ακτινοβολία.
Η βακτηριακή ταυτοποίηση πραγματοποιείται κλασικά σε εργαστήριο, καθώς τα εργαστήρια διαθέτουν ιατρικό εξοπλισμό, χημικά και εργαλεία που μπορούν να χρησιμοποιηθούν κατά την ανίχνευση της ταυτότητας ενός βακτηρίου. Ορισμένα εργαστήρια ειδικεύονται στην καλλιέργεια και την αναγνώριση δειγμάτων από νοσοκομεία και ιατρικές κλινικές, ενώ άλλα επικεντρώνονται στην έρευνα, τον εντοπισμό δειγμάτων νέων και άγνωστων βακτηρίων, ώστε να μπορούν να ταξινομηθούν. Το εργαστηριακό περιβάλλον ελέγχεται αυστηρά για την αποφυγή μόλυνσης και τυχαίας μόλυνσης των εργαζομένων στο εργαστήριο, με ιδιαίτερα λοιμογόνους οργανισμούς να μελετώνται σε εργαστήρια υψηλής ασφάλειας που περιλαμβάνουν πολλά στρώματα προστασίας για τους επιστήμονες.