Ο υποσιτισμός στα παιδιά προκαλείται τόσο από εξωτερικούς όσο και από εσωτερικούς παράγοντες. Τα παιδιά υποσιτίζονται όταν δεν λαμβάνουν την κατάλληλη ποσότητα θρεπτικών συστατικών, όπως βιταμίνες και μέταλλα, στη διατροφή τους. Σε ορισμένες περιπτώσεις, ο υποσιτισμός προκύπτει επειδή το παιδί έχει μια ασθένεια που εμποδίζει τον οργανισμό του να απορροφήσει τα απαραίτητα θρεπτικά συστατικά. Σε άλλες περιπτώσεις, τα παιδιά υποσιτίζονται επειδή δεν έχουν πρόσβαση σε αρκετό φαγητό.
Οι καταστάσεις που μπορεί να προκαλέσουν υποσιτισμό στα παιδιά εάν δεν αντιμετωπιστούν σωστά περιλαμβάνουν κοιλιοκάκη και δυσανεξία στη λακτόζη. Τα παιδιά με κοιλιοκάκη δεν μπορούν να ανεχθούν τη γλουτένη, την πρωτεΐνη που βρίσκεται στο σιτάρι και ορισμένα άλλα δημητριακά. Με την κοιλιοκάκη, το ανοσοποιητικό σύστημα του παιδιού επιτίθεται στη γλουτένη, η οποία μπορεί να οδηγήσει σε βλάβη στα έντερα, εμποδίζοντας την απορρόφηση των θρεπτικών συστατικών.
Τα σημάδια ότι ένα παιδί μπορεί να υποφέρει από υποσιτισμό που προκαλείται από κοιλιοκάκη περιλαμβάνουν απώλεια βάρους και αναιμία. Το παιδί μπορεί επίσης να μην παίρνει αρκετό ασβέστιο, οδηγώντας σε ραχίτιδα ή μαλακωμένα οστά. Τα συμπτώματα της κοιλιοκάκης περιλαμβάνουν επίσης φούσκωμα και διάρροια.
Η δυσανεξία στη λακτόζη είναι μια άλλη κατάσταση που μπορεί να οδηγήσει σε υποσιτισμό στα παιδιά. Πολλά παιδιά χρειάζονται γαλακτοκομικά για να λαμβάνουν επαρκείς ποσότητες ασβεστίου στη διατροφή τους. Τα παιδιά με δυσανεξία στη λακτόζη δεν μπορούν να αφομοιώσουν σωστά το γάλα και άλλα γαλακτοκομικά προϊόντα και μπορεί να τα αποφύγουν. Ένας τρόπος για να αποφευχθεί ο υποσιτισμός στα παιδιά που προκαλείται από δυσανεξία στη λακτόζη είναι τα παιδιά να τρώνε άλλες πηγές ασβεστίου, όπως φυλλώδη χόρτα και ξηρούς καρπούς.
Μια άλλη ιατρική πάθηση που μπορεί να προκαλέσει υποσιτισμό είναι η κυστική ίνωση. Όταν ένα παιδί έχει κυστική ίνωση, τα βλεννώδη κύτταρα παράγουν παχύρρευστη βλέννα που φράζει τους αεραγωγούς καθώς και τους σωλήνες που συνδέουν τα έντερα και το πάγκρεας. Η σύνδεση μεταξύ του παγκρέατος είναι απαραίτητη για τη μεταφορά ενζύμων που βοηθούν το σώμα του παιδιού να απορροφήσει πρωτεΐνες και βιταμίνες A, C και K. Όταν οι σωλήνες είναι φραγμένοι, μπορεί να προκληθεί υποσιτισμός.
Μερικά μωρά και παιδιά μπορεί να υποσιτιστούν εάν πάσχουν από μια κατάσταση που κάνει το φαγητό δυσάρεστο. Ένα μωρό με παλινδρόμηση οξέος μπορεί να αρνηθεί να φάει. Εάν η πάθηση αφεθεί χωρίς θεραπεία, μπορεί να αναπτύξει δυσφαγία, η οποία καθιστά την κατάποση επώδυνη ή σε ορισμένες περιπτώσεις αδύνατη.
Η έλλειψη επαρκούς διατροφής είναι μια άλλη αιτία υποσιτισμού στα παιδιά. Ένα πολύ μικρό παιδί μπορεί να υποσιτιστεί εάν δεν λάβει σωστή διατροφή από τη μητέρα του αμέσως μετά τη γέννηση. Τα παιδιά σε χώρες όπου τα τρόφιμα είναι σπάνια ή όπου η φτώχεια είναι αχαλίνωτη διατρέχουν μεγαλύτερο κίνδυνο υποσιτισμού από τα παιδιά που ζουν σε ανεπτυγμένες χώρες, όπου πολλά τρόφιμα είναι εμπλουτισμένα με επιπλέον βιταμίνες και θρεπτικά συστατικά.