Τα παιδιά των έγκλειστων γονέων αντιμετωπίζουν πολλές προκλήσεις. Ένα από τα πιο σοβαρά είναι η απουσία ενός γονιού που να τα φροντίζει και να συμμετέχει ενεργά στην ανατροφή τους. Συχνά, αυτά τα παιδιά στέλνονται να ζήσουν με συγγενείς ή, σε ορισμένες περιπτώσεις, καταλήγουν σε ανάδοχη φροντίδα. Ο δεσμός μεταξύ του έγκλειστου γονέα και του παιδιού υποφέρει επίσης, καθώς πολλά παιδιά με έγκλειστους γονείς επισκέπτονται σπάνια τους γονείς τους και μερικά δεν επισκέπτονται καθόλου. Σε πολλές περιπτώσεις, αυτός ο χωρισμός μπορεί να οδηγήσει σε προβλήματα προσκόλλησης καθώς και σε προβλήματα αντιμετώπισης ακραίων συναισθημάτων, συμπεριλαμβανομένου του θυμού.
Η μοίρα των παιδιών των έγκλειστων γονέων εξαρτάται συχνά από την οικογενειακή κατάσταση του έγκλειστου γονέα. Εάν ο γονέας που είναι έγκλειστος ήταν παντρεμένος ή ακόμη και ζούσε με τον άλλο γονέα του παιδιού, αυτό μπορεί τουλάχιστον να ελαχιστοποιήσει την αναταραχή της οικογενειακής ζωής του παιδιού. Σε μια τέτοια περίπτωση, το παιδί μπορεί να συνεχίσει να ζει στο σπίτι της οικογένειας με τον υπόλοιπο γονέα. Σε περίπτωση που οι γονείς του παιδιού δεν ζούσαν μαζί, το παιδί μπορεί να πάει να ζήσει με τον άλλο γονέα του κατά τη διάρκεια της ποινής φυλάκισης.
Δυστυχώς, πολλά παιδιά έγκλειστων γονέων δεν έχουν άλλο γονέα με τον οποίο μπορούν να ζήσουν ενώ ο γονέας που είχε την επιμέλεια είναι έγκλειστος. Σε ορισμένες περιπτώσεις, ο άλλος γονέας μπορεί να έχει πεθάνει. Μερικές φορές, ωστόσο, ο υπόλοιπος γονέας δεν μπορεί ή δεν θέλει να φροντίσει το παιδί ενώ ο άλλος γονέας βρίσκεται στη φυλακή. Σε μια τέτοια περίπτωση, τα παιδιά των έγκλειστων γονέων μπορεί να σταλούν να ζήσουν με άλλους συγγενείς ή να τα φροντίσουν ανάδοχοι γονείς.
Εκτός από τις ανατροπές που επηρεάζουν τις ρυθμίσεις διαβίωσης, τα παιδιά των έγκλειστων γονέων αντιμετωπίζουν την απώλεια της καθημερινής προσοχής και φροντίδας ενός γονέα. Μάλιστα, πολλά παιδιά έγκλειστων γονέων όχι μόνο χάνουν την καθημερινή παρουσία του έγκλειστου γονέα στη ζωή τους αλλά υφίστανται ζημιά στον δεσμό που απολάμβαναν με τον γονέα. Συχνά, παιδιά φυλακισμένων γονέων επισκέπτονται τον φυλακισμένο γονέα τους σπάνια ή καθόλου. Επιπλέον, η τηλεφωνική και γραπτή επικοινωνία είναι συχνά ελάχιστη.
Τα παιδιά των φυλακισμένων γονέων μπορεί επίσης να υποφέρουν οικονομικά και συναισθηματικά. Σε πολλές περιπτώσεις, η απώλεια του εισοδήματος του έγκλειστου γονέα έχει άμεση επίδραση στον τρόπο ζωής του παιδιού. Σε ένα νοικοκυριό με δύο γονείς, για παράδειγμα, η απώλεια του εισοδήματος ενός γονέα μπορεί να οδηγήσει σε σημαντικές οικονομικές δυσκολίες. Συχνά, τα παιδιά των έγκλειστων γονέων παλεύουν επίσης με συναισθηματικό πόνο, σύγχυση και θυμό.