Συνήθως, οι γυναίκες βιώνουν σημαντικές αλλαγές στα επίπεδα των ορμονών κατά την έμμηνο ρύση. Αυτή τη στιγμή, οι γυναίκες συνήθως βιώνουν μια πτώση στα επίπεδα οιστρογόνων, που είναι η κύρια ορμόνη του φύλου για τις γυναίκες, και της προγεστερόνης, μιας ορμόνης που είναι σημαντική τόσο στην έμμηνο ρύση όσο και στην εγκυμοσύνη. Κατά τη διάρκεια της εμμήνου ρύσεως παράγεται ορμόνη απελευθέρωσης γοναδοτροπίνης, η οποία διεγείρει την απελευθέρωση της ωοθυλακιοτρόπου ορμόνης. Η απελευθέρωση αυτής της ορμόνης δρα στις ωοθήκες μιας γυναίκας για να ξεκινήσει η διαδικασία παραγωγής ενός ωαρίου που μπορεί να γονιμοποιηθεί μετά την ωορρηξία.
Οι ορμόνες οιστρογόνο και προγεστερόνη είναι παρούσες σε διαφορετικά επίπεδα κατά τη διάρκεια του εμμηνορροϊκού κύκλου μιας γυναίκας. Ωστόσο, είναι συνήθως στα χαμηλότερα επίπεδα όταν μια γυναίκα έχει έμμηνο ρύση. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι τα οιστρογόνα και η προγεστερόνη παίζουν κρίσιμους ρόλους στην ανάπτυξη της επένδυσης της μήτρας που αποβάλλεται κατά τη διάρκεια της εμμήνου ρύσεως. Η πτώση των επιπέδων αυτών των ορμονών βοηθά στη διευκόλυνση της έναρξης της εμμήνου ρύσεως.
Μια άλλη ορμόνη που είναι ενεργή κατά την έμμηνο ρύση είναι η ορμόνη απελευθέρωσης γοναδοτροπίνης. Αυτή η ορμόνη παράγεται ως αποτέλεσμα της διέγερσης του υποθαλάμου αδένα, ο οποίος βρίσκεται στο τμήμα του εγκεφάλου ενός ατόμου που ελέγχει όχι μόνο τη συμπεριφορά του, αλλά και τα συναισθήματά του. Αυτός ο αδένας παράγει επίσης και απελευθερώνει διάφορες ορμόνες που επηρεάζουν την υπόφυση, η οποία βρίσκεται στο κάτω μέρος του ανθρώπινου εγκεφάλου. Συγκεκριμένα, ο υποθάλαμος εκκρίνει ορμόνη απελευθέρωσης γοναδοτροπίνης κατά τη διάρκεια μιας περιόδου, η οποία προκαλεί την έκκριση ορμονών από την υπόφυση κατά τη διάρκεια της εμμήνου ρύσεως.
Η υπόφυση απελευθερώνει ωοθυλακιοτρόπους ορμόνες κατά τη διάρκεια της εμμήνου ρύσεως. Αυτή η ορμόνη ξεκινά τη φάση στην οποία ωριμάζουν τα ωοθυλάκια μιας γυναίκας. Τελικά, αυτή η ορμόνη διεγείρει επίσης την αύξηση των επιπέδων οιστρογόνων που οδηγεί σε αύξηση της ωχρινοτρόπου ορμόνης αργότερα στον κύκλο της γυναίκας. Αυτή η απότομη αύξηση της ωχρινοτρόπου ορμόνης εμφανίζεται συνήθως αρκετές ημέρες μετά το τέλος της εμμήνου ρύσεως και διεγείρει το σκάσιμο ενός ωαρίου από ένα ωοθυλάκιο. Αυτό το συμβάν αναφέρεται ως ωορρηξία.
Συχνά, οι αλλαγές στις ορμόνες κατά τη διάρκεια της εμμήνου ρύσεως σηματοδοτούν επίσης μια περίοδο συναισθηματικής αλλαγής. Καθώς τα επίπεδα οιστρογόνων και προγεστερόνης πέφτουν μέχρι την έμμηνο ρύση, πολλές γυναίκες εμφανίζουν προεμμηνορροϊκό σύνδρομο, το οποίο χαρακτηρίζεται από εναλλαγές της διάθεσης, κόπωση, αλλαγές στην όρεξη και τη λίμπιντο και φούσκωμα. Μόλις ξεκινήσει η έμμηνος ρύση, ωστόσο, πολλές γυναίκες αισθάνονται καλύτερα από ό,τι κατά την προεμμηνορροϊκή φάση. Συχνά, οι γυναίκες αισθάνονται πιο ήρεμες κατά τη διάρκεια αυτής της φάσης και έχουν λιγότερες συναισθηματικές διακυμάνσεις. Αυτό το αίσθημα ηρεμίας μπορεί να προκύψει από την ομαλοποίηση των επιπέδων των οιστρογόνων και της προγεστερόνης.