Στον εγκέφαλο, υπάρχουν τρεις διαφορετικοί τύποι βλαστικών κυττάρων του εγκεφάλου, διαφορετικοί από τα άλλα βλαστοκύτταρα του σώματος. Κάποιοι μετατρέπονται σε νευρώνες, άλλοι γίνονται αστροκύτταρα και ο τρίτος τύπος μετατρέπεται σε ολιγοδενδροκύτταρα. Και οι τρεις τύποι παραμένουν ανενεργοί στον εγκέφαλο μέχρι να συμβεί βλάβη και να χρειαστούν νέες. Η ενεργοποίηση και ο σχηματισμός των διαφορετικών κυττάρων παρουσιάζει μεγάλο ενδιαφέρον για τους επιστήμονες, καθώς πιστεύεται ότι αυτό αποτελεί το κλειδί για την πρόληψη ή τη θεραπεία ορισμένων ασθενειών.
Τα βλαστικά κύτταρα του εγκεφάλου είναι αρκετά διαφορετικά από κάθε άλλο τύπο βλαστοκυττάρων. Αυτά είναι μη εξειδικευμένα κύτταρα που θα μετατραπούν σε διαφορετικά συστατικά του εγκεφάλου και του νωτιαίου μυελού όταν χρειάζεται. Κατατάσσονται ως ανήκουν σε ενήλικες, οι οποίοι διαφέρουν από εκείνους που είναι εμβρυϊκοί ή προκαλούνται πολυδύναμοι. Τα επαγόμενα πολυδύναμα κύτταρα είναι κανονικά κύτταρα που έχουν μετατραπεί σε βλαστοκύτταρα στο εργαστήριο, ενώ τα εμβρυϊκά κύτταρα προέρχονται από έμβρυα.
Οι επαγόμενοι πολυδύναμοι και εμβρυϊκοί τύποι μπορούν να μετατραπούν σε οποιοδήποτε συστατικό του σώματος, όχι μόνο σε συστατικά του εγκεφάλου. Τα βλαστικά κύτταρα του εγκεφάλου μπορούν να μετατραπούν μόνο σε ορισμένους τύπους κυττάρων, εκείνων που βρίσκονται στον εγκέφαλο και τον νωτιαίο μυελό. Ο τελικός τύπος περιορίζεται στην προέλευση του ιστού. Αυτά που προέρχονται από τον εγκέφαλο δεν μπορούν να μετατραπούν σε δέρμα ή κύτταρα αίματος, παρά μόνο σε αυτό που υπάρχει στον νωτιαίο μυελό και τον εγκέφαλο.
Τα νευρικά βλαστοκύτταρα του εγκεφάλου είναι εκείνα στον εγκέφαλο που μετατρέπονται σε νευρώνες. Αυτά είναι πολύ σημαντικά για διάφορους τύπους ασθενειών συμπεριλαμβανομένου του Πάρκινσον και της σκλήρυνσης κατά πλάκας. Οι επιστήμονες πιστεύουν ότι ο προσδιορισμός του τι προκαλεί αυτόν τον τύπο αναγέννησης μπορεί να είναι το κλειδί για την πρόληψη ή τη θεραπεία αυτών των ασθενειών.
Τα βλαστικά κύτταρα του εγκεφάλου που μετατρέπονται σε ολιγοδενδροκύτταρα είναι σημαντικά για το νωτιαίο μυελό. Τα ολιγοδενδροκύτταρα είναι κύτταρα που παρέχουν μόνωση και προστασία στα νεύρα κατά μήκος του νωτιαίου μυελού. Η έρευνα διερευνά πώς αυτά μπορούν να διορθώσουν τη βλάβη του νωτιαίου μυελού. Η βλάβη λόγω τραυματισμού ή ασθενειών όπως η εγκεφαλική παράλυση μπορεί να ωφεληθεί από τη θεραπεία με θεραπείες με βλαστοκύτταρα.
Ένας τρίτος τύπος βλαστικών κυττάρων του εγκεφάλου θα αναγεννηθεί σε αστροκύτταρα. Αυτά έχουν συνήθως σχήμα αστεριού και παρέχουν θρεπτικά συστατικά στους ιστούς, επιδιορθώνουν τη βλάβη του εγκεφάλου και υποστηρίζουν τα κύτταρα στο αιματοεγκεφαλικό φράγμα. Έχει διεξαχθεί μεγάλη έρευνα για αυτά, καθώς μπορούν επίσης να μετατραπούν σε όγκους.
Η πιθανή χρήση αυτών των στοιχείων στον εγκέφαλο περιλαμβάνει καλύτερη κατανόηση της ανθρώπινης ανάπτυξης. Άλλες έρευνες αναζητούν τη σχέση μεταξύ ενεργών και ανενεργών γονιδίων και διαφοροποίησης. Οι βλαστικές γραμμές χρησιμοποιούνται για τον έλεγχο νέων φαρμάκων και την ανάπτυξη κυτταρικών θεραπειών.