Τα φυτικά κύτταρα διαφέρουν δομικά από τα κύτταρα των περισσότερων άλλων οργανισμών με μερικούς βασικούς τρόπους. Συγκεκριμένα, είναι συνήθως μεγαλύτερα από τα ζωικά κύτταρα και περιβάλλονται από ένα άκαμπτο κυτταρικό τοίχωμα κατασκευασμένο από κυτταρίνη. Έχουν επίσης συχνά ένα μεγάλο κεντρικό κενοτόπιο που καταλαμβάνει το μεγαλύτερο μέρος του κυττάρου και εάν πραγματοποιήσουν φωτοσύνθεση, τα κύτταρα θα έχουν χλωροπλάστες. Αυτό δεν σημαίνει ότι όλα αυτά τα κύτταρα είναι ίδια, και στην πραγματικότητα, υπάρχει ένας αριθμός διαφορετικών τύπων κυττάρων που βρίσκονται στα περισσότερα φυτά.
Τα φυτά έχουν βασικά τρεις τύπους ιστών, οι οποίοι αποτελούνται από διαφορετικούς τύπους κυττάρων. Ο επιφανειακός ιστός σχηματίζει το προστατευτικό εξωτερικό στρώμα που καλύπτει το φυτό. Οι θεμελιώδεις ή απλοί ιστοί συνήθως αποτελούνται μόνο από έναν τύπο κυττάρου και συνήθως ομαδοποιούνται με βάση το επίπεδο πάχους του κυτταρικού τοιχώματος. Οι αγγειακοί ιστοί είναι σύνθετοι ιστοί που αποτελούνται από περισσότερους από έναν τύπους κυττάρων. Υπάρχουν μόνο δύο τύποι αγγειακού ιστού: το ξυλόμαλο και το φλοιό.
Ο επιφανειακός ιστός ή η επιδερμίδα ενός φυτού έχει συχνά πάχος μόνο ενός κυττάρου, αν και μπορεί να είναι πολύ πιο παχύς εάν το φυτό ζει σε πολύ ξηρό περιβάλλον και η προστασία από την απώλεια νερού είναι ζωτικής σημασίας. Αποτελείται από επιδερμικά κύτταρα, τα οποία συχνά έχουν πολύ μεγάλο κενοτόπιο. Το κυτταρικό τοίχωμα που βλέπει προς το εξωτερικό του φυτού είναι συχνά παχύτερο από το κυτταρικό τοίχωμα που βλέπει προς το φυτό.
Τα επιδερμικά κύτταρα στα φύλλα μπορεί να είναι εξειδικευμένα ως προστατευτικά κύτταρα. Αυτά τα κύτταρα ελέγχουν το άνοιγμα και το κλείσιμο των μικρών οπών στα φύλλα, που ονομάζονται στομία. Με αυτόν τον τρόπο ρυθμίζουν την κίνηση των αερίων μέσα και έξω από το φυτό. Η λειτουργία των επιδερμικών κυττάρων που επενδύουν τις ρίζες είναι η απορρόφηση νερού από το έδαφος. Για να αυξηθεί η επιφάνεια, πολλά επιδερμικά κύτταρα αναπτύσσουν μακριά μαλλιά, ή νήματα, από την επιφάνειά τους.
Υπάρχουν διάφοροι τύποι θεμελιωδών ιστών, συμπεριλαμβανομένου του παρεγχύματος, του κολεγχύματος και του σκληρογχύματος. Το παρέγχυμα αποτελείται από κύτταρα παρεγχύματος και εμφανίζεται στις ρίζες, τα φύλλα και τους μίσχους των φυτών. Αυτά τα φυτικά κύτταρα είναι σχετικά μη εξειδικευμένα και περιέχουν μεγάλα κενοτόπια και ένα λεπτό κυτταρικό τοίχωμα. Μέσα στα φύλλα και τους μίσχους, οι περισσότεροι από τους χλωροπλάστες βρίσκονται στα κύτταρα του παρεγχύματος. Δίνουν στα κύτταρα το πράσινο χρώμα τους και επιτρέπουν τη φωτοσύνθεση.
Τα κύτταρα του κολενχύματος είναι μακρύτερα από τα κύτταρα του παρεγχύματος και τα κυτταρικά τους τοιχώματα είναι πολύ παχύτερα. Η λειτουργία τους είναι να παρέχουν υποστήριξη σε νεαρά φυτά και στους μίσχους και τα φύλλα μη ξυλωδών μεγαλύτερων φυτών. Τα κύτταρα Sclerenchyma παρέχουν επίσης υποστήριξη στα φυτά και είναι πολύ πιο εξειδικευμένα από τα collenchymas κύτταρα. Έχουν ένα παχύ δευτερεύον τοίχωμα που σκληραίνει για να ενισχύσει το φυτό και αυτά τα κύτταρα είναι συνήθως νεκρά στην ωριμότητα.
Το ξυλέμιο και το φλόημα είναι οι δύο τύποι αγγειακού ιστού που βρίσκονται σε ένα φυτό. Το ξυλώμα αποτελείται από κύτταρα παρεγχύματος και δύο εξειδικευμένα κύτταρα που ονομάζονται τραχειίδες και στοιχεία αγγείων. Τόσο οι τραχείδες όσο και τα στοιχεία των αγγείων είναι νεκρά και η λειτουργία τους είναι να παρέχουν υποστήριξη και μεταφορά νερού από τις ρίζες μέχρι το υπόλοιπο φυτό.
Ο ιστός του φλοίμιου είναι ζωντανός και αποτελείται από κύτταρα παρεγχύματος και σκληρύνματος. Επιπλέον, περιέχει εξειδικευμένα φυτικά κύτταρα που ονομάζονται κύτταρα σωλήνα κόσκινου και κύτταρα συντροφιάς. Η λειτουργία του φλοιώματος είναι η μεταφορά υλικού σε όλο το φυτό προς όλες τις κατευθύνσεις και δεν περιέχουν πυρήνα και πολύ λίγο κυτταρόπλασμα. Τα συνοδευτικά κύτταρα συνδέονται στενά με τα κύτταρα σωληναρίου κόσκινου και πιστεύεται ότι εκτελούν κυτταρικές λειτουργίες και για τους δύο τύπους κυττάρων.