Ένα ανασυνδυασμένο αντιγόνο είναι ένα μόριο που αποτελείται από πολλούς διαφορετικούς τύπους πρωτεϊνών που πυροδοτεί μια ανοσολογική απόκριση. Ανάλογα με τους τύπους πρωτεϊνών που περιέχονται στο αντιγόνο, ένα συγκεκριμένο αντιγόνο μπορεί να διεγείρει την παραγωγή πολλαπλών τύπων αντισωμάτων. Αυτός ο μηχανισμός χρησιμοποιείται συχνά στην ιατρική για να ενθαρρύνει σκόπιμα το ανθρώπινο σώμα να παράγει αντισώματα, όπως τα εμβόλια. Τα αντιγόνα στα εμβόλια προκαλούν μια ανοσολογική απόκριση προσαρμοσμένη στην ανασυνδυασμένη δομή τους.
Οι κατάλληλες ανοσοαποκρίσεις σε ένα ανασυνδυασμένο αντιγόνο είναι απαραίτητες όταν διεγείρεται η μακροχρόνια αντίσταση σε ασθένειες. Ορισμένα αντιγόνα διεγείρουν το ανοσοποιητικό σύστημα αρκετά ισχυρά, ώστε μια έκθεση να προσφέρει μια ολόκληρη ζωή προστασίας εναντίον τους στο μέλλον, ενώ άλλα παράγουν μια ηπιότερη απόκριση που μειώνεται με την πάροδο του χρόνου. Ορισμένα εμβόλια χρειάζονται μόνο μία φορά, καθώς μια και μόνο έκθεση σε αντιγόνο είναι αρκετή για να προστατεύσει ένα άτομο εφ’ όρου ζωής, ενώ άλλα πρέπει να χορηγούνται περιοδικά κατά τη διάρκεια της ζωής ενός ατόμου, ώστε η αντοχή να μην πέσει κάτω από ένα κρίσιμο επίπεδο και να το κάνει ευάλωτο στην αρρώστια.
Ένα ανασυνδυασμένο αντιγόνο δεν προέρχεται πάντα από εξωτερική πηγή. Το ανθρώπινο σώμα μπορεί να παράγει τα δικά του αντιγόνα μέσα στα κύτταρα, τόσο κατά τη διάρκεια της φυσιολογικής όσο και της μη φυσιολογικής λειτουργίας. Τα καρκινικά καρκινικά κύτταρα παράγουν αντιγόνα που διεγείρουν μια ποικιλία αποκρίσεων στο ανθρώπινο σώμα εκτός από την παραγωγή αντισωμάτων, συμπεριλαμβανομένης της φλεγμονής. Η παραγωγή αντισωμάτων δεν εγγυάται ότι το σώμα θα αναπτύξει μια επιτυχή άμυνα έναντι ενός αντιγόνου, και ενώ η κατάσταση μπορεί να μην είναι πάντα τόσο τρομερή όσο ο καρκίνος, τα αντιβιοτικά και άλλα φάρμακα είναι μερικές φορές απαραίτητα.
Μία από τις πιο κακές πηγές ανασυνδυασμένων αντιγόνων στο ανθρώπινο σώμα είναι τα ανθεκτικά στα φάρμακα βακτήρια. Αυτά τα βακτήρια αποτελούν σημαντικό πρόβλημα επειδή το ανθρώπινο σώμα είτε δεν μπορεί να αναπτύξει κατάλληλα αντισώματα κατά των αντιγόνων που μεταφέρουν είτε δεν μπορεί να δημιουργήσει αρκετά αντισώματα. Ένα ανασυνδυασμένο αντιγόνο σε ένα ανθεκτικό στα φάρμακα βακτήριο δημιουργείται όταν πολλαπλές πρωτεΐνες στην επιφάνεια του βακτηρίου συνδέονται μεταξύ τους με τρόπο που καθιστά ορισμένα αντιβιοτικά ανίκανα να καταστρέψουν το βακτήριο. Αυτή η αντίσταση επιτρέπει στον οργανισμό να πολλαπλασιαστεί και να εξαπλώσει περισσότερα ανασυνδυασμένα αντιγόνα γύρω από τον ξενιστή του. Καθώς παράγονται περισσότερα ανασυνδυασμένα αντιγόνα, αυξάνεται η πιθανότητα παραγωγής ενός ανθεκτικού στελέχους βακτηρίων.
Χωρίς ανασυνδυασμένα αντιγόνα, μπορεί να είναι πολύ πιο δύσκολο να δημιουργηθούν αποτελεσματικές ιατρικές θεραπείες. Η έλλειψη ανασυνδυασμένων αντιγόνων μπορεί επίσης να κάνει την καταπολέμηση των βακτηρίων πολύ πιο εύκολη, επειδή κανένας μικροοργανισμός δεν θα γίνει ποτέ ανθεκτικός στα αντιβιοτικά. Τα ανασυνδυασμένα αντιγόνα μπορούν να προάγουν τόσο την υγεία όσο και την ασθένεια, ανάλογα με το πλαίσιο, και τα πολλά πλαίσια στα οποία εμφανίζονται τα καθιστούν ταυτόχρονα εργαλείο και στόχο στη σύγχρονη ιατρική.