Στο παρελθόν, ο εμβολιασμός, ο υβριδισμός και η διασταύρωση χρησιμοποιούνταν για την τροποποίηση των χαρακτηριστικών των φυτών. Πιο πρόσφατα, αναπτύχθηκε τεχνολογία για τον άμεσο χειρισμό γονιδίων για την αλλαγή των χαρακτηριστικών ενός φυτού. Πολλοί γενετικά τροποποιημένοι οργανισμοί (ΓΤΟ) έχουν αναπτυχθεί για να κάνουν καλλιέργειες τροφίμων, όπως το καλαμπόκι και οι πατάτες, ανθεκτικές στα παράσιτα και τα ζιζανιοκτόνα. Άλλες καλλιέργειες ΓΤΟ, όπως οι ντομάτες, έχουν σχεδιαστεί με άλλους στόχους, όπως η αύξηση της διάρκειας ζωής των προϊόντων, η ανεκτικότητα των φυτών στο κρύο και η ξηρασία και η βελτίωση του θρεπτικού τους περιεχομένου.
Οι ντομάτες ήταν οι πρώτες από τις εμπορικές καλλιέργειες ΓΤΟ. Τροποποιήθηκαν για να αυξήσουν τη διάρκεια ζωής τους, ώστε όταν έφτασαν στην αγορά να εξακολουθούν να είναι σταθερά. Το καλαμπόκι έγινε άλλη μια από τις πρώτες διαγονιδιακές καλλιέργειες ΓΤΟ όταν γονίδια από βακτήρια βάκιλλου thuringiensis (bt) εισήχθησαν στο γενετικό υλικό του καλαμποκιού ως εντομοκτόνο για τον έλεγχο των εντόμων που τρέφονται με το φυτό. Έκτοτε, η γενετική μηχανική με το bt ήταν επιτυχής στη βελτίωση της αντοχής άλλων φυτών στη θήρευση των εντόμων. Οι πατάτες και το βαμβάκι είναι άλλες διαγονιδιακές καλλιέργειες ΓΤΟ που έχουν ενσωματώσει με επιτυχία την πρωτεΐνη bt που δίνει στα φυτά εντομοκτόνες ιδιότητες.
Η σόγια και το καλαμπόκι είναι οι πιο ευρέως καλλιεργούμενες καλλιέργειες ΓΤΟ. Λόγω της αφθονίας των ΓΤΟ καλλιέργειες σόγιας, καλαμποκιού και βαμβακιού, πολλά προϊόντα ΓΤΟ έχουν εισέλθει στην τροφική αλυσίδα. Αν και πολλά από τα λαχανικά που διατίθενται στο τμήμα προϊόντων του μέσου παντοπωλείου δεν είναι καλλιέργειες ΓΤΟ, ένα μεγάλο ποσοστό των επεξεργασμένων τροφίμων που πωλούνται στις Ηνωμένες Πολιτείες περιέχουν συστατικά ΓΤΟ.
Το αραβοσιτέλαιο, το σιρόπι καλαμποκιού, το καλαμποκάλευρο, το άμυλο καλαμποκιού και η φρουκτόζη περιέχουν συχνά συστατικά που παρασκευάζονται από καλαμπόκι ΓΤΟ. Το σογιέλαιο, το τόφου, το τέμπε, η λεκιθίνη και το σογιάλευρο είναι μερικά μόνο από τα προϊόντα που περιέχουν ΓΤΟ σόγια. Το φυτικό λάδι και το βαμβακέλαιο είναι προϊόντα που παράγονται συνήθως από βαμβάκι ΓΤΟ.
Η χρήση των καλλιεργειών τροφίμων ΓΤΟ είναι ένα αμφιλεγόμενο ζήτημα. Ορισμένοι ισχυρίζονται ότι είναι φθηνότερο να παράγονται τρόφιμα ΓΤΟ, καθώς η τεχνολογία ανασυνδυασμένου DNA έχει καταστήσει δυνατή την αποφυγή της χρήσης χημικών ουσιών όπως τα φυτοφάρμακα και τα ζιζανιοκτόνα. Οι υποστηρικτές πιστεύουν ότι οι καλλιέργειες τροφίμων ΓΤΟ είναι απαραίτητες για τη διατροφή του αυξανόμενου παγκόσμιου πληθυσμού.
Από την άλλη πλευρά είναι άνθρωποι που αντιτίθενται στις καλλιέργειες τροφίμων ΓΤΟ. Συχνά τα αναφέρουν ως Frankenfoods και ανησυχούν ότι η κατανάλωση γενετικά τροποποιημένων τροφών μπορεί να προκαλέσει σοβαρές αλλεργίες και άλλες δυσμενείς συνθήκες υγείας. Για όσους ανησυχούν για τα τρόφιμα ΓΤΟ, ο καλύτερος τρόπος για να τα αποφύγουν είναι να αγοράσουν τρόφιμα που είναι πιστοποιημένα ότι είναι 100% βιολογικά.