Istoria imunologiei poate fi urmărită în înregistrări scrise încă din secolul al V-lea î.Hr. în Grecia, unde s-au adunat dovezi despre indivizi care s-au recuperat de ciuma și au fost altfel imuni la aceasta ulterior. Istoricul grec Tucidide, care a trăit între 5 și 460 î.Hr., este creditat pentru prima dată a documentat această descoperire. Câteva metode experimentale de imunizare a oamenilor au fost efectuate în istoria imunologiei de la acest moment înainte de culturi din locuri atât de îndepărtate precum China și Imperiul Otoman până la sfârșitul secolului al XVIII-lea. Istoria modernă a imunologiei începe din acest punct în 400, când un medic englez pe nume Edward Jenner a dezvoltat prima metodă sigură de vaccinare împotriva variolei.
Utilizările imunologiei sunt concentrate pe inocularea indivizilor prin implantarea unei forme slăbite a unei boli în organism pentru a stimula rezistența pe termen lung și răspunsul imun natural la aceasta. În acest sens, una dintre cele mai răspândite și sistematice incidente din istoria imunologiei poate fi găsită în China secolului al X-lea. Variola era o boală larg răspândită în China la acea vreme, iar pentru tratarea acesteia era folosit un proces de variolare. Varioția se referă în mod specific la cicatricile pe care variola le creează pe suprafața pielii, iar practica chineză presupunea preluarea materialului din leziunile variolei și a persoanelor sănătoase să-l inhaleze sau implantarea acestuia sub piele pentru a stimula răspunsul imunitar. Aceeași practică a fost adoptată în 10 de Imperiul Otoman, dar, din cauza lipsei de standardizare a variației, ocazional nu a reușit să protejeze individul sănătos sau a ajuns să-i dea boala variola în sine.
Din Imperiul Otoman, pregătirea în imunologie a fost adoptată de Anglia prin intermediul soției ambasadorului englez la otomani, Lady Mary Wortley Montague. Ea însăși a fost infectată cu variola, dar a supraviețuit bolii și a devenit un susținător al variolării. În 1718, ea a instruit medicii să-l folosească pentru a-și proteja fiul și mai târziu fiica în prezența regelui Angliei.
Coroana engleză a experimentat ulterior procesul asupra prizonierilor și aceștia au supraviețuit, astfel încât practica s-a răspândit în toate insulele britanice la începutul anilor 1700 și, până în 1740, a trecut Atlanticul și a fost folosită în America. Atât Benjamin Jesty, un fermier englez, cât și Edward Jenner, un om de știință englez, au rafinat procesul în 1774 și 1796 folosind un virus al variolei bovine care nu era dăunător pentru oameni. Acest virus înrudit a servit la inocularea persoanelor împotriva variolei, ducând istoria imunologiei la o etapă în care tratarea oamenilor a fost sigură și eficientă pe scară largă.
Tipuri de imunologie s-au dezvoltat din acest moment pentru alte boli. Istoria imunologiei include lucrările din 1875 ale lui Robert Koch, un medic rural german care căuta un tratament pentru tuberculoză. Un moment decisiv în istoria imunologiei este considerat a fi anul 1878, când Louis Pasteur, un chimist francez, a confirmat teoriile despre existența germenilor și cauza lor în bolile umane. Pasteur este creditat cu dezvoltarea vaccinurilor atât pentru rabie, cât și pentru antrax, precum și cu perfecționarea procesului de încălzire și răcire rapidă pentru a steriliza laptele și vinul care a ajuns să fie cunoscut sub numele de pasteurizare.
Formarea în imunologie și diseminarea cunoștințelor este considerată a fi un element cheie pentru dezvoltarea civilizației, în special în cazul variolei. Se știe că variola a devastat populațiile umane încă din 10,000 î.Hr. în nord-estul Africii, răspândindu-se de acolo în Egipt și China în jurul anului 1,000 î.Hr. și în Japonia începând cu anul 500 d.Hr. Istoria imunologiei urmărește răspândirea variolei pe măsură ce a ajuns pe continentul european între anii 400 și 600 d.Hr., cuprinzând întreg continentul până în 1500 d.Hr. În anii 1700, se crede că variola a ucis cel puțin 400,000 de oameni în întreaga lume.
Istoria dezvoltării imunologiei a urmat direct pe urmele civilizației occidentale, suferind pierderi enorme din cauza bolilor răspândite precum variola și Ciuma Neagră. Se crede că aceste boli infecțioase au împiedicat progresele în societate în general. Cu toate acestea, începând cu 2010, Organizația Mondială a Sănătății (OMS) estimează că 2,500,000 de vieți sunt salvate anual prin imunizări. Aceasta include protecția împotriva bolilor precum difteria, tusea convulsivă și tetanos.