Wewnętrzna struktura organizacyjna to szczególny sposób, w jaki organizacja, taka jak firma, grupa charytatywna lub szkoła, jest zorganizowana w celu osiągnięcia swoich celów. Ta struktura organizacyjna obejmuje przydział zadań, strukturę nadzoru, hierarchię i inne kwestie mające wpływ na sposób działania organizacji. Może się różnić w zależności od charakteru i celów organizacji, a także może różnić się w zależności od preferencji i ideałów osób odpowiedzialnych. Na przykład jeden wewnętrzny system strukturalny organizacji może opierać się na ścisłej hierarchicznej strukturze kontroli, podczas gdy inny może obejmować znacznie mniejszy nadzór. Celem pierwszego jest prawdopodobnie stabilność i wydajność, podczas gdy drugi prawdopodobnie kładzie nacisk na kreatywność i elastyczność.
Wewnętrzna struktura organizacyjna większości organizacji opiera się przede wszystkim na organizowaniu i grupowaniu personelu do realizacji zadań. Na przykład silnie zhierarchizowaną strukturę charakteryzują „szefy”, w których przełożeni kierują działaniami swoich podwładnych na cele firmy. Osoby wyższego stopnia nadzorują i przydzielają zadania swoim podwładnym. Ta struktura wspiera podstawowy sposób, w jaki realizowane są zadania, które ostatecznie przyczyniają się do realizacji celów firmy.
Niektóre organizacje posiadają działy, które są specjalnie dedykowane do utrzymania i egzekwowania wewnętrznej struktury organizacyjnej poprzez zapewnienie dodatkowego nadzoru nad pracownikami oraz śledzenie zadań, które nie są bezpośrednio związane z celami firmy. Na przykład dział kadr lub dział płac może nie przyczyniać się bezpośrednio do produktywności fabryki, ale pomaga w utrzymaniu sprawnego działania wewnętrznego systemu organizacji. Takie działy mogą zajmować się ważnymi problemami logistycznymi, więc ci, którzy są bezpośrednio zaangażowani w utrzymanie lub poprawę wydajności danego przedsięwzięcia, nie będą przez nie rozpraszani.
Wiele różnych form wewnętrznej struktury organizacyjnej, innych niż organizacja hierarchiczna, okazało się całkiem skutecznych w osiąganiu różnych celów instytucjonalnych. Na przykład niektóre organizacje opierają się na małych „zespołach”, które mają znaczny stopień autonomii i nie muszą stale podlegać przełożonemu. Niektóre pozwalają nawet na dużą autonomię osobistą, chociaż pewien stopień odpowiedzialności jest prawie zawsze konieczny. Internet umożliwił rozwój struktur organizacyjnych, które istnieją przede wszystkim w sieci. Ogólnie rzecz biorąc, najlepsze struktury organizacyjne opierają się przede wszystkim na celach organizacji.