Wanilia ekologiczna zazwyczaj odnosi się do ziaren wanilii uprawianych metodami ekologicznymi lub ekstraktu waniliowego wytworzonego przy użyciu takich ziaren i z zachowaniem dalszych wytycznych organicznych. Chociaż firma może potencjalnie twierdzić, że wanilia jest uprawiana metodami ekologicznymi, większość firm ma certyfikat wanilii jako organiczny wydany przez agencję rządową. Różne agencje w różnych krajach zajmują się taką certyfikacją; w USA zazwyczaj zajmuje się tym Agencja ds. Żywności i Leków (FDA). Wanilia organiczna musi być zwykle uprawiana bez użycia nawozów nieorganicznych, a stosowanie pestycydów i innych chemikaliów jest zazwyczaj zabronione w uprawie i przetwarzaniu takiej wanilii.
Każdy zainteresowany zakupem organicznej wanilii, zarówno w postaci fasoli, jak i ekstraktu, powinien rozważyć certyfikację każdej firmy sprzedającej taką wanilię. Ziarna wanilii mogą być uprawiane w wielu różnych krajach w różnych częściach świata; duże firmy zajmujące się dystrybucją ziaren wanilii lub ekstraktu często otrzymują wanilię z wielu małych gospodarstw. Może to utrudnić wielu firmom kontrolowanie i monitorowanie metod uprawy i przetwarzania takich gospodarstw. Ponieważ te farmy znajdują się również w różnych krajach, niektóre agencje rządowe, które nadzorują certyfikację organicznej wanilii, mogą nie być obecne w tych krajach.
Oznacza to, że właściwe badanie praktyk rolniczych w celu certyfikacji ekologicznej wanilii może być dość trudne, dlatego każdy, kto chce kupić taką wanilię, powinien zachować ostrożność. Większość firm podaje informacje dotyczące sposobu certyfikacji sprzedawanej przez nie wanilii, w tym rodzaj certyfikacji i nazwę agencji certyfikującej. Agencje rządowe, które certyfikują żywność ekologiczną, takie jak FDA, często dostarczają informacji dotyczących takich procedur certyfikacji przez Internet lub kontaktując się z agencją. Pozwala to ludziom łatwiej porównywać różne rodzaje organicznej wanilii, aby upewnić się, że kupowana wanilia spełnia ich oczekiwania.
Wanilia organiczna jest zwykle uprawiana wyłącznie przy użyciu produktów ekologicznych i bez dodatku chemikaliów lub ostrych pestycydów. Nawozy mogą w ogóle nie być używane do produkcji produktów ekologicznych, chociaż niektórzy hodowcy mogą używać wyłącznie nawozów naturalnych i organicznych, aby zapewnić zdrowe gospodarowanie gruntami bez wprowadzania potencjalnie szkodliwych chemikaliów. Pestycydy są często głównym źródłem kontrowersji między hodowcami a konsumentami, a większość hodowców ekologicznych nie używa pestycydów lub używa tylko organicznych pestycydów, które łatwo zmywają się z żywności. Organiczne ziarna wanilii są następnie suszone i przetwarzane bez żadnych innych dodatków nieorganicznych, a ekstrakt waniliowy wytwarzany ekologicznie wykorzystuje wyłącznie alkohol organiczny do produkcji ekstraktu.