Jaja ekologiczne to jaja produkowane przez kury karmione specjalną, ekologiczną paszą. Definicja produktów organicznych zależy od agencji, która je definiuje i może się to różnić w zależności od miejsca. Można powiedzieć, że większość jaj ekologicznych zwykle pochodzi od kur, którym nie podaje się hormonów, nie otrzymują rutynowo profilaktycznych antybiotyków (aby zapobiec infekcji) i które jedzą paszę hodowaną ekologicznie. Oznacza to, że pasza, którą zwykle jedzą, nie jest poddawana chemicznym pestycydom ani nawozom.
Mogą istnieć inne wymagania, aby jaja były uważane za ekologiczne. Wiele jaj znoszonych ekologicznie pochodzi również od kur, które nie są zamknięte w małej klatce. Kury te, zwane chów wolnowybiegowy, mogą swobodnie wędrować i mogą codziennie wychodzić na zewnątrz. Jednak kury z wolnego wybiegu nie zawsze produkują jaja ekologiczne. Z pewnością są one rynkiem zbytu zarówno dla jaj z wolnego wybiegu, jak i jaj ekologicznych, a praktyka hodowli kur, które będą pasować do obu kwalifikacji, szybko rośnie.
Kupujący w sklepie spożywczym zauważą wzrost cen za jajka ekologiczne, a nawet te oznaczone jako chów z wolnego wybiegu. Dzieje się tak, ponieważ kury, które nie są karmione hormonami, naturalnie produkują mniej jaj, a kury z chowu wolnowybiegowego mogą składać jaja na ziemi, które mogą nie być legalnie sprzedawane w niektórych krajach. Ponadto w przypadku kur z chowu z wolnego wybiegu, które mogą być częścią definicji ekologicznej w niektórych krajach, potrzeba więcej miejsca, aby pomieścić mniej zwierząt. W związku z tym produkcja jaj jest zazwyczaj niższa, a cena paszy ekologicznej również ma znaczenie, ponieważ jest droższa niż pasze uprawiane, które nie spełniają norm ekologicznych.
Ci, którzy są zwolennikami ekologicznych metod uprawy, uważają, że niewielki wzrost ceny jest opłacalny, aby uzyskać ekologiczne jaja. Na przykład wielu twierdzi, że skoro kurczaki ekologiczne mogą być całkowicie karmione zbożem, chociaż nie zawsze tak jest, produkują jaja o niższej zawartości tłuszczu, a zawartość żelaza w żółtkach jaj ekologicznych może być wyższa. Innym powszechnie przytaczanym argumentem jest to, że w jajach ekologicznych brakuje niektórych substancji chemicznych obecnych w jajach produkowanych innymi sposobami i że niemożliwe jest oszacowanie szkodliwości regularnego spożywania pestycydów, hormonów i pozostałości antybiotyków. Ponadto, kiedy nioski na wolnym wybiegu produkują te jaja, wielu twierdzi, że takie zwierzęta są hodowane w sposób całkowicie wolny od okrucieństwa.
Ta ostatnia kwestia nie jest uzgadniana przez działaczy na rzecz praw zwierząt, takich jak ci należący do People for Ethical Treatment of Animals (PETA). PETA twierdzi, że hodowla ekologiczna może nie zapewnić hodowli wolnej od okrucieństwa, szczególnie w Stanach Zjednoczonych, i że nawet jaja na wolnym wybiegu mogą nie oznaczać, że kurczaki włóczą się bez opieki na świecie. Organizacje takie jak PETA uważają, że te etykiety pozostawiają zbyt wiele luk, które mogą być nadużywane przez hodowców zwierząt, i że oszukują konsumentów, by myśleli, że nie wspierają okrucieństwa wobec zwierząt, podczas gdy być może tak nie jest.