Οι παρενέργειες της ινουλίνης συνήθως αφορούν το πεπτικό σύστημα. Μερικοί άνθρωποι μπορεί να εμφανίσουν πόνο στο στομάχι και αέρια εάν καταναλώνουν υπερβολική ποσότητα ινουλίνης. Άλλες συχνές ανεπιθύμητες ενέργειες περιλαμβάνουν αισθήματα ναυτίας και διάρροιας. Συνήθως, παρενέργειες εμφανίζονται εάν οι άνθρωποι τρώνε εν αγνοία τους τροφές με προσθήκη ινουλίνης ή λαμβάνουν συμπληρώματα ινουλίνης. Είναι πιθανό η ινουλίνη να προκαλέσει αλλεργική αντίδραση σε ορισμένα άτομα.
Η ινουλίνη είναι ένα είδος υδατάνθρακα. Βρίσκεται φυσικά σε πολλά λαχανικά και φρούτα, όπως τα κρεμμύδια και οι μπανάνες. Ο υδατάνθρακας θεωρείται ένα είδος διαλυτής ίνας, καθώς δεν απορροφάται από το πεπτικό σύστημα. Αντίθετα, προωθεί την ανάπτυξη υγιών βακτηρίων στο έντερο. Δεδομένου ότι δεν είναι το ίδιο βακτήριο, αλλά έχει αντίκτυπο στον αριθμό των βακτηρίων στο σώμα, θεωρείται πρεβιοτικό.
Οι παρενέργειες της ινουλίνης εμφανίζονται συνήθως μόνο όταν ένα άτομο καταναλώνει υπερβολική ποσότητα φυτικών ινών κατά τη διάρκεια της ημέρας. Δοκιμές και μελέτες έχουν δείξει ότι οι άνθρωποι εμφάνισαν γαστρεντερικές παρενέργειες της ινουλίνης όταν κατανάλωναν περισσότερα από 10 γραμμάρια ινουλίνης την ημέρα. Οι τυπικές παρενέργειες που αναφέρθηκαν με τη χρήση ινουλίνης περιελάμβαναν κράμπες στο στομάχι, βουητό στομάχου και διάρροια. Μερικοί άνθρωποι ανέφεραν αισθήματα φουσκώματος καθώς και αέρια και μετεωρισμό.
Πολλοί κατασκευαστές τροφίμων προσθέτουν ινουλίνη σε τρόφιμα όπως τα δημητριακά ή το γιαούρτι για να αυξήσουν την περιεκτικότητα σε φυτικές ίνες χωρίς να κάνουν το φαγητό πικρό. Η ινουλίνη έχει συνήθως μια γλυκιά γεύση, επομένως η προσθήκη της στο φαγητό όχι μόνο ενισχύει τις φυτικές ίνες, αλλά μπορεί επίσης να βελτιώσει τη γεύση του φαγητού. Καθώς όλο και περισσότεροι κατασκευαστές προσθέτουν τις φυτικές ίνες στα τρόφιμα, ο κίνδυνος παρενεργειών της ινουλίνης αυξάνεται, καθώς οι άνθρωποι μπορεί να καταναλώνουν περισσότερο από το προβλεπόμενο χωρίς να το συνειδητοποιούν.
Η ινουλίνη διατίθεται επίσης ως συμπλήρωμα ή ως ένεση και έχει σχεδιαστεί για να βοηθά στη μείωση της δυσκοιλιότητας ή στη μείωση των επιπέδων τριγλυκεριδίων, καθώς εμποδίζει το σώμα να απορροφήσει τα τριγλυκερίδια. Μερικοί άνθρωποι πιστεύουν ότι μπορεί να βοηθήσει στη μείωση της χοληστερόλης ή να βοηθήσει τους ασθενείς να χάσουν βάρος. Όταν χρησιμοποιείται σύμφωνα με τις οδηγίες ως συμπλήρωμα, οι παρενέργειες της ινουλίνης είναι συνήθως χαμηλές ή ανύπαρκτες.
Μερικοί άνθρωποι μπορεί να είναι αλλεργικοί στην ινουλίνη. Τα σημάδια μιας αλλεργικής αντίδρασης ποικίλλουν, ανάλογα με τη σοβαρότητα της αλλεργίας. Οι συνήθεις αλλεργικές αντιδράσεις περιλαμβάνουν βήχα ή δυσκολία στην αναπνοή μετά την κατανάλωση τροφής που περιέχει φυτικές ίνες, ακόμη και λαχανικά που περιέχουν φυσικά ινουλίνη. Καθώς οι φυτικές ίνες προστίθενται σε όλο και περισσότερα τρόφιμα, η εμφάνιση αλλεργικών αντιδράσεων μπορεί να αυξηθεί.