Η κρεμμυδόσουπα μπορεί να γίνει με διάφορους τρόπους, αν και συνήθως ξεκινά με καραμελωμένα κρεμμύδια. Κοτόπουλο και ζωμό βοείου κρέατος χρησιμοποιούνται συχνά για την παρασκευή του ζωμού, συνήθως με λευκό ή κόκκινο κρασί που προστίθεται για να ολοκληρωθεί η σούπα. Ένα μεγάλο κομμάτι φρυγανισμένου ψωμιού σερβίρεται συνήθως στη σούπα, το οποίο προσφέρει κάποια αντίθετη γεύση και δίνει επιπλέον υφή καθώς απορροφά τον ζωμό κατά τη διάρκεια του φαγητού. Η κρεμμυδόσουπα συνήθως ολοκληρώνεται με τυρί, συχνά γραβιέρα, και τοποθετείται κάτω από ένα κρεατοπαραγωγής για να λιώσει και να ροδίσει το τυρί.
Το ομώνυμο συστατικό στη σούπα κρεμμυδιού συνήθως χρησιμεύει ως αρχή για αυτό το πιάτο, αν και ο ζωμός ή ο ζωμός μπορεί να παρασκευαστούν μέρες ή εβδομάδες νωρίτερα για χρήση μέσα σε αυτό. Σχεδόν οποιοδήποτε είδος κρεμμυδιού μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την παρασκευή του, αν και πιο γλυκές ποικιλίες όπως το κίτρινο και το κόκκινο είναι δημοφιλείς λόγω της πιο πλούσιας γεύσης τους. Τα κρεμμύδια κόβονται σε αρκετά λεπτές φέτες, συχνά σε σχήμα μισού φεγγαριού, και μαγειρεύονται σε μια κατσαρόλα με λίγο βούτυρο. Η σωστή καραμελοποίηση αυτών των κρεμμυδιών μπορεί να απαιτήσει μισή ώρα ή ακόμα και μια ολόκληρη ώρα μαγειρέματος, για να διασφαλιστεί ότι θα αποκτήσουν μια καφέ όψη και γλυκύτητα που δίνει στη σούπα κρεμμυδιού μια βαθιά γεύση.
Αυτά τα κρεμμύδια στη συνέχεια συνδυάζονται με ζωμό ή ζωμό για να σχηματίσουν τη βάση της σούπας κρεμμυδιού. Και το ζωμό κοτόπουλου και βοείου κρέατος λειτουργούν καλά. Μερικοί σεφ προτιμούν να χρησιμοποιούν μόνο ένα από αυτά, ενώ άλλοι τα περιλαμβάνουν και τα δύο μαζί σε μια ενιαία συνταγή. Πρόσθετες γεύσεις, όπως μηλίτης μήλου, κρασί και διάφορα βότανα, προστίθενται όλα και αυτό μαγειρεύεται μέχρι η κρεμμυδόσουπα να αποκτήσει τη σωστή συνοχή και γεύση. Μπορεί να χρησιμοποιηθεί είτε κόκκινο είτε λευκό κρασί και συνήθως βασίζεται σε προσωπικές προτιμήσεις.
Το σερβίρισμα της σούπας κρεμμυδιού είναι συχνά ένα πρωταρχικό στοιχείο στην παρασκευή της, ειδικά στις παραδοσιακές υπηρεσίες, όπου η κουταλιά γίνεται σε μικρά σκεύη ασφαλή για φούρνο. Ένα μεγάλο κομμάτι φρυγανισμένου ψωμιού τοποθετείται στην κορυφή της σούπας, το οποίο αρχίζει να απορροφά την πλούσια γεύση του ζωμού. Γεμίζεται με τριμμένο ή τριμμένο τυρί, συνήθως γραβιέρα ή ελβετικό, και τοποθετείται σε φούρνο κάτω από κοτόπουλα. Το τυρί λιώνει και ροδίζει πάνω από την κρεμμυδόσουπα και το σκεύος που είναι και σερβίρεται απευθείας από το φούρνο. Η κατανάλωση της σούπας συνήθως συνίσταται στο να παίρνετε λίγο από το ψωμί και το τυρί σε κάθε μπουκιά με το ζωμό και τα κρεμμύδια, παρέχοντας ένα ευρύ φάσμα γεύσεων και υφών σε κάθε κουταλιά.