Inwentaryzacja ujemna jest zwykle wynikiem różnicy między rzeczywistym stanem magazynowym a stanem wirtualnym, monitorowanym i obliczanym przez system komputerowy. Zwykle dzieje się tak, gdy popełniono błąd lub systemy nie są prawidłowo aktualizowane, i wskazuje, że sprzedano lub przeniesiono produkty, których nie powinno być. Problemy z zapasami mogą również wystąpić, gdy produkty zostaną utracone, a następnie zapasy zostaną skorygowane w celu usunięcia utraconych produktów, a następnie zostaną znalezione bez ponownej korekty zapasów.
Termin ten może na pierwszy rzut oka wydawać się sprzecznością, ponieważ sugeruje, że firma może mieć mniej niż zero produktu, ale jest to rozsądna konsekwencja zarządzania zapasami. Zasadniczo oznacza, że firma sprzedała produkty, których w rzeczywistości nie ma, lub sprzedała produkty, które nie były częścią rejestru zapasów. Może się to zdarzyć z powodu braku komunikacji między systemami. Jeśli firma produkcyjna sprzedała towar przed jego wyprodukowaniem, możliwe jest, że system zapasów może pokazywać ujemne zapasy do momentu wyprodukowania produktu i skorygowania liczby.
Ujemne zapasy mogą również wystąpić w wyniku nieprawidłowego liczenia zapasów lub odejmowania produktów z niewłaściwej lokalizacji w firmie. Jeśli liczba dostępnych pozycji w komputerze wskazuje, że sklep powinien mieć 12 sztuk określonej pozycji, ale pracownik nie jest w stanie znaleźć tych 12 pozycji, mogą one zostać odjęte od zapasów sklepu. Zazwyczaj zakłada się, że jest to spowodowane jakąś formą kurczenia się i może być związane ze złymi praktykami przyjmowania lub kradzieżą. Jeśli wszystkie 12 przedmiotów zostanie znalezionych i umieszczonych na półce do sprzedaży, bez dostosowania zapasów sklepu, ich sprzedaż może utworzyć ujemny stan zapasów dla tego sklepu.
Chociaż ujemne stany magazynowe niekoniecznie są katastrofalne dla firmy, mogą prowadzić do złego prowadzenia ewidencji i utrudniać kontrolę zapasów. Sklep w powyższym przykładzie stracił zyski z powodu braku towaru na półce i może skończyć ze zbyt dużą ilością produktu, ponieważ nowe towary są wysyłane do sklepu, a brakujące elementy znajdują się. Sytuacja może również wystąpić, jeśli firma niewłaściwie śledzi ten sam przedmiot w wielu lokalizacjach. Jeśli na przykład jest 50 towaru w lokalizacji A i 100 towaru w lokalizacji B, wówczas 100 sprzedaży w lokalizacji B niepoprawnie udokumentowanych jako pochodzące z lokalizacji A spowoduje powstanie ujemnych zapasów w lokalizacji A.