Kobiety przechodzące menopauzę, okres życia, w którym kończy się cykl menstruacyjny, produkują estrogen w znacznie niższym stężeniu niż w okresie płodnym. Ponieważ spadek estrogenu i innych hormonów reprodukcyjnych powoduje zmiany w organizmie, niektóre kobiety decydują się na suplementację estrogenem w celu złagodzenia objawów związanych z menopauzą. Niestety, tradycyjne suplementy estrogenowe są syntetyczne, przetwarzane w laboratorium z substancji obcych dla ludzkiego organizmu i wiążą się z wieloma niebezpiecznymi skutkami ubocznymi, w szczególności z rakiem piersi. Naturalna terapia zastępcza estrogenem to nowsza opcja, którą wiele kobiet i lekarzy uważa za bezpieczniejszą i delikatniejszą dla organizmu. Należy zauważyć, że menopauza jest naturalnym etapem życia, a nie chorobą, i nie każda kobieta wymaga hormonalnej terapii zastępczej w okresie menopauzy.
Najczęściej przepisywaną formą zastępowania estrogenów jest skoniugowany estrogen koński, który jest syntetyzowany z moczu ciężarnej klaczy. Jest używany od lat pięćdziesiątych. Oprócz trzech form estrogenu naturalnie występujących w ludzkim organizmie — estradiolu, estronu i estriolu — sprzężony estrogen koński zawiera również ekwilinę, cząsteczkę estrogenu specyficzną dla koni, której wpływ na organizm człowieka jest nieznany. Możliwe skutki uboczne sprzężonego estrogenu końskiego obejmują zawał serca, udar, rak piersi i zakrzepicę żył głębokich.
Naturalny estrogen, zwany również estrogenem bioidentycznym, pojawił się ostatnio jako alternatywa dla sprzężonego estrogenu końskiego i innych syntetycznych preparatów. Zawiera wyłącznie naturalnie występujące ludzkie cząsteczki estrogenu estradiol, estron i estriol. Podczas gdy syntetyczne suplementy estrogenowe są najczęściej przyjmowane doustnie, naturalny estrogen jest częściej podawany w postaci plastra przezskórnego lub w postaci kremu. Wielu zwolenników naturalnej estrogenowej terapii zastępczej uważa, że wiele skutków ubocznych związanych z tradycyjną hormonalną terapią zastępczą może być spowodowanych przyjmowaniem suplementów doustnie. Estrogeny doustne niosą ze sobą również większe ryzyko powstawania zakrzepów krwi niż estrogeny przezskórne.
Podczas gdy niektóre badania sugerują, że naturalny estrogen nie niesie ze sobą takiego samego ryzyka jak skoniugowany estrogen koński, taki jak skrzepy krwi, naturalny estrogen jest stosunkowo nową technologią, a z badań dostępnych jest mniej informacji. Największym problemem związanym z naturalnymi suplementami estrogenowymi jest to, że nie są one obecnie regulowane przez amerykańską Agencję ds. Żywności i Leków (FDA). Wiele twierdzeń farmaceutów dotyczących ich naturalnych produktów estrogenowych jest bezpodstawnych. Naturalny estradiol i progesteron, inny hormon reprodukcyjny często stosowany w hormonalnej terapii zastępczej, są jednak dostępne w produktach zatwierdzonych przez FDA.