Zatrucie pokarmowe ostrygami zwykle występuje, gdy skorupiaki są skażone bakteriami, zwłaszcza rodzajem znanym jako Vibrio vulnificus, który jest powszechny w surowych skorupiakach. Lekarze generalnie radzą, że najlepszym sposobem uniknięcia zatrucia pokarmowego ostrygami jest unikanie jedzenia ich na surowo. Generalnie najbezpieczniej jest przygotowywać surową żywność w czystej kuchni, z czystymi rękami i naczyniami. Osoby chore, zwłaszcza te, które mają infekcje, które często rozprzestrzeniają się poprzez zatrucia pokarmowe, powinny generalnie unikać przygotowywania posiłków, ponieważ mogą je skazić. Zapobieganie zatruciom pokarmowym ostryg można również zapobiegać, dbając o to, aby ostrygi były jak najświeższe i kupowane od renomowanego kupca, który przechowuje je w odpowiednio schłodzonych, sanitarnych warunkach.
Uważa się, że gotowanie ostryg jest najlepszym sposobem zapobiegania przenoszeniu zatrucia pokarmowego podczas ich spożywania. Nawet jeśli ostrygi są skażone, prawdopodobnie gotowanie ich zabije czynniki chorobotwórcze. Konsumentom zazwyczaj zaleca się wyrzucanie ostryg, które nie otwierają się podczas gotowania, ponieważ mogą one najprawdopodobniej zostać skażone.
Ręce, przybory kuchenne i miejsca do gotowania powinny być zazwyczaj sterylizowane przed przygotowaniem żywności, aby zapobiec przeniesieniu zatrucia pokarmowego przez ostrygi. Gotowane ostrygi należy generalnie trzymać z dala od surowych ostryg czekających na ugotowanie. Jeśli surowe ostrygi wejdą w kontakt z gotowanymi ostrygami, wszelkie bakterie lub inne patogeny w nich mogą ponownie zanieczyścić gotowane ostrygi.
Lekarze na ogół uważają, że zatrucie pokarmowe ostrygami i innymi pokarmami, zwłaszcza skorupiakami, jest bardziej prawdopodobne w gorących miesiącach roku, kiedy te pokarmy nie są tak długo przechowywane w stałym chłodzie. Generalnie najlepiej jest kupować jak najświeższe ostrygi do spożycia, zwłaszcza jeśli mają być spożywane na surowo. Kupiec powinien odpowiednio przechowywać ostrygi przed sprzedażą. Niektóre osoby, takie jak dzieci, seniorzy i kobiety w ciąży, są często bardziej narażone na zatrucie pokarmowe i generalnie można im zalecić, aby w ogóle nie jedli ostryg. Osobom z chorobami wątroby, cukrzycą, nerkami, obniżoną odpornością lub przyjmującymi niektóre leki ogólnie zaleca się unikanie spożywania surowych skorupiaków, takich jak ostrygi, ponieważ osoby te mogą być również znacznie bardziej podatne na zatrucie pokarmowe ze skażonej żywności.