Istnieje wiele sposobów marynowania grzybów, więc wybór najlepszej marynaty grzybowej będzie zależał od tego, do czego grzyby będą używane i jaki rodzaj marynaty jest pożądany. Dwie metody obejmują klasyczne marynaty na zimno, które polegają na umieszczaniu grzybów w płynie na wiele godzin, oraz marynaty gorące, które gotują grzyby w płynie. Grzyby, które będą grillowane, mogą wymagać mocniejszej marynaty niż te, które są pieczone. Niektóre grzyby mają bardzo subtelny smak i natychmiast przyjmą charakter marynaty, podczas gdy inne mają własny, wyraźny smak, który należy wziąć pod uwagę. Z najlepszej marynaty grzybowej wytworzy się potrawa, w której smak oryginalnej marynaty został zintegrowany z grzybem w sposób, który nie jest ani zbyt ostry, ani zbyt subtelny.
Jeśli grzyby mają być użyte do sałatki lub innego dania bez ugotowania, to dobra marynata grzybowa nie powinna być zbyt mocna. Zamiast tego powinien bardzo przypominać dressing do sałatek, ponieważ można go jeść i nie przytłaczać jedzenia, do którego się przygotowuje. Użycie marynaty przeznaczonej do gotowanych grzybów jako marynaty do niegotowanych grzybów stworzy potrawę, która jest zbyt mocna i ma nierozwinięty, surowy smak.
Czasami pomaga ugotowanie grzybów w wodzie przed umieszczeniem ich w marynacie. Dzieje się tak, ponieważ grzyby lepiej wchłaniają smaki marynaty, jeśli są ciepłe. Niektóre rodzaje, takie jak pieczarki białe, mogą bardzo skorzystać na gotowaniu przez kilka minut przed umieszczeniem ich w marynacie.
Najlepszą marynatą do grzyba, który ma być użyty jako dodatek, może być taka, która jest gotowana. Te marynaty zawierają takie składniki jak ocet, olej, czosnek i przyprawy, takie jak oregano. Pomysł polega na ugotowaniu marynaty grzybowej na patelni razem z grzybami przez okres od 20 do 30 minut. Może to pomóc złagodzić wszelkie ostre smaki – takie jak ocet – jednocześnie szybko zmiękczając grzyby. Całą mieszankę należy następnie schłodzić lub pozostawić do osiągnięcia temperatury pokojowej przed podaniem.
Marynata grzybowa do grilla jest zwykle znacznie silniejsza w smaku niż inne. Stosowane grzyby mogą być również bardziej aromatyczne, takie jak grzyby Portobello. Podczas grillowania składnikami marynat mogą być sos do steków, ostry sos, a nawet sos barbecue. Płomień z grilla pomoże przyrumienić marynatę i zmiękczyć grzyba. Wiele osób uważa, że grillowane grzyby z marynatą mogą być odpowiednim dodatkiem nawet do najcięższych grillowanych mięs.