Jądra podstawy to symetryczny zestaw struktur w centralnym obszarze mózgu, które kontrolują ruch. Składają się z konglomeratu jąder głęboko w korze mózgowej. Wszystkie czuciowe i ruchowe obszary zewnętrznej części mózgu wysyłają sygnały, które są kierowane przez jądro ogoniaste, a także przez skorupę w części anatomii jąder podstawy zwanej prążkowiem. Ogon przetwarza sygnały związane z zachowaniem i motywacją, a skorupa przetwarza wzorce funkcji czuciowych i motorycznych. Struktury typu jąder podstawy znajdują się w mózgach ssaków, ptaków, gadów, ryb i płazów.
Większość bodźców czuciowych przechodzi przez prążkowie, które służą jako główny obszar wejściowy z innych części mózgu. Większość projekcji nerwowych pochodzi z kory ruchowej i przedczołowej. Przyśrodkowy jądra ogoniaste i inna część anatomii jąder podstawnych, zwana jądrem półleżącym, zbierają sygnały z kory czołowej i obszarów limbicznych mózgu, dzięki czemu kontrolowane jest połączenie między myślą a ruchem. Istnieją również połączenia między jądrem ogoniastym, skorupą i istotą czarną, a wyjście z tych obszarów prowadzi do kuli bladej.
Istnieją dwie sekcje, które składają się na globus pallidus. Funkcje motoryczne są kontrolowane przez wzgórze, ale sygnały utrudniające tę funkcję są kontrolowane i wysyłane do wzgórza przez gałkę bladą zewnętrzną. Druga część globus pallidus, zwana globus palidus interna, pomaga w kontroli postawy poprzez komunikację z śródmózgowiem. Sygnały są pobierane w gałce bladej z jądra ogoniastego i skorupy, a oba te obszary kierują informacje do jądra podwzgórzowego.
Ścieżki neuronowe są albo bezpośrednie, albo pośrednie. Ścieżka sygnałów z kory do jąder podstawy, do wzgórza i z powrotem do kory jest drogą bezpośrednią, natomiast droga pośrednia prowadzi z kory do prążkowia, gałki bladej zewnętrznej, jądra podwzgórzowego, gałki wewnętrznej pallidus oraz do wzgórza i kory. Ścieżki bezpośrednie są pobudzane przez dopaminę, a pośrednie są przez nią hamowane, tworząc infrastrukturę do zrozumienia wzorców pozytywnego i negatywnego sprzężenia zwrotnego.
Anatomia jąder podstawy jest złożona i obejmuje różne ścieżki sygnałów nerwowych, które docierają do i z innych części mózgu. Zarówno claustrum, jak i ciało migdałowate są również powiązane z ogólną strukturą, ale nie kontrolują ruchu. Uszkodzenie dowolnej części jąder podstawy prowadzi do zakłóceń ruchu, takich jak choroba Parkinsona, zaburzenie obsesyjno-kompulsyjne, porażenie mózgowe i inne.