Każde umyślne działanie podjęte z zamiarem wyrządzenia sobie krzywdy bez popełnienia samobójstwa, takie jak przecięcie lub przypalenie skóry, jest uważane za samookaleczenie. Chociaż wiele różnych czynników może prowadzić do celowego samookaleczenia, choroba psychiczna jest wysoko pośród najczęstszych przyczyn samookaleczeń. Inne przyczyny samookaleczenia mogą być związane ze środowiskiem społecznym, pochodzeniem genetycznym lub innymi kwestiami związanymi z historią rodziny. Różne przyczyny samookaleczeń mają również związek z wysokim poziomem stresu lub dysocjacją emocjonalną, które mogą prowadzić do tendencji do samookaleczenia. Ci, którzy krzywdzą siebie z powodu stresu, zwykle czują się spokojni i opanowani, podczas gdy ci, którzy krzywdzą siebie z powodu emocjonalnego dystansu i dysocjacji, czują się bardziej żywi i związani.
Choroby psychiczne, takie jak depresja i choroba afektywna dwubiegunowa, są częstymi przyczynami samookaleczeń, ponieważ mogą prowadzić zarówno do wysokiego poziomu stresu, jak i do poczucia dysocjacji i emocjonalnego odrętwienia. Wiele osób nie wie, jak radzić sobie z burzliwymi stanami emocjonalnymi, które często wynikają z chorób psychicznych. W niektórych przypadkach ból fizyczny zapewnia tymczasowe schronienie przed bólem emocjonalnym, więc ludzie dokonują samookaleczeń, starając się odwrócić uwagę od swoich burzliwych stanów emocjonalnych. Samookaleczanie może jednak prowadzić do dalszych niepokojów emocjonalnych, ponieważ większość ludzi nie ma jednoznacznie pozytywnych odczuć dotyczących samookaleczenia.
Niektóre przyczyny samookaleczeń mogą wynikać również z problemów środowiskowych, takich jak znęcanie się ze strony członka rodziny lub wojna w pobliżu domu. To, w jaki sposób takie różne sytuacje prowadzą do samookaleczenia, różni się w zależności od przypadku. Znęcanie się rodziców może na przykład sprawić, że ktoś poczuje się nieodpowiedni, więc może zranić się z powodu poczucia wstrętu do samego siebie. Ewentualnie życie w rozdartym wojną środowisku może pozostawić kogoś emocjonalnie surowego i zdysocjowanego oraz czuć, że ma nad czymkolwiek niewielką kontrolę. W takim przypadku może zaangażować się w samookaleczenie, aby przywrócić poczucie kontroli nad swoim życiem i stanem emocjonalnym.
Istnieje wiele innych przyczyn samookaleczeń, które są słabo związane z chorobą psychiczną lub czynnikami środowiskowymi. Na przykład niektóre schorzenia genetyczne są powiązane ze zwiększonymi tendencjami autodestrukcyjnymi. Podobnie niektóre formy nadużywania substancji, uzależnienia i objawy odstawienia mogą prowadzić do rozwoju tendencji do samookaleczenia.
W rzadkich przypadkach samookaleczenie może być zamierzonym i wyrachowanym działaniem. Można zrobić sobie krzywdę, aby zwrócić uwagę na ukryty ból emocjonalny w nadziei na znalezienie pomocy. Alternatywnie można użyć samookaleczenia w celu manipulowania działaniami innych ludzi. Chociaż taka manipulacja może wydawać się złośliwa, sama w sobie jest często dowodem ukrytego emocjonalnego cierpienia.