Oznaki nietolerancji mleka u niemowląt zwykle pojawiają się około 30 do 60 minut po karmieniu. Rozpoczyna się bólem brzucha, a następnie pojawia się grymasy i niepocieszony płacz. Często dziecko zaczyna się wić z powodu dyskomfortu. Objawy te zwykle pojawiają się dopiero po procesie karmienia, ale ogólne zamieszanie najprawdopodobniej będzie się utrzymywać przez cały dzień.
Nietolerancja mleka u niemowląt rozwija się z powodu niezdolności do prawidłowego trawienia laktozy znajdującej się zarówno w mleku ludzkim, jak i zwierzęcym, z nadprodukcją gazów powodujących ból. Nie jest to jednak alergia na mleko, która jest reakcją alergiczną na białko mleka krowiego. Objawy alergii na mleko są różne i ograniczają się do skóry i układu oddechowego. Z drugiej strony oznaki nietolerancji mleka są zwykle widoczne w okolicy brzucha.
Niemowlęta z nietolerancją laktozy zwykle wykazują objawy, takie jak wzdęcia, ból brzucha i biegunka. Najczęściej wokół odbytu pojawi się czerwony pierścień z niestrawionego kwasu mlekowego, który się utworzył. Następuje nadmiar gazu. Niektóre dzieci mogą również doświadczać egzemy, kolki i wymiotów.
Biegunka spowodowana nietolerancją mleka ma inny wygląd niż normalny miękki, żółty stolec. Zwykle jest dość ciemny i bardzo rzadki, często pojawiający się w ciągu dnia. To, w połączeniu z wymiotami, może powodować odwodnienie dziecka po utracie dużej ilości płynów. Rodzice mogą skonsultować się z lekarzem w sprawie zapobiegania odwodnieniu u niemowląt.
Możliwe jest również, że nietolerancja mleka u niemowląt wywoła wybuch egzemy. Wyprysk można na początku odróżnić od maleńkich białych guzków, które pokrywają niewielką część dziecka i są otoczone ciemniejszym czerwonym obszarem. Cięższy wyprysk powoduje, że skóra staje się czerwona i łuszcząca się, zdolna do pokrycia znacznie większej powierzchni ciała dziecka. Może to prowadzić do swędzenia i dyskomfortu u niemowlęcia, co skłania do wysiłku, aby podrapać obszar.
Nietolerancja mleka u niemowląt jest rzadka i staje się bardziej powszechna wraz z wiekiem osoby. Niemowlęta, które niedawno doświadczyły infekcji wirusowej wywołującej biegunkę, mogą przejściowo odczuwać nietolerancję mleka. Lekarze zwykle odradzają wprowadzanie produktów mlecznych zaraz po takiej infekcji. Niemowlęta urodzone przedwcześnie również mogą mieć nietolerancję mleka.